10月2日，由十字軍扶植的耶路撒冷國王和統帥沙提翁出戰失利被俘，薩拉丁揮師進入聖城。
薩拉丁一進入耶路撒冷，便傳下命令：“不得隨便殺人放火，毀壞民宅，搶劫財物，違者嚴懲。對基督教徒，應允許他們來去自由，凡願意走的，允許帶財產離去，凡願意留下的，要讓他們安居樂業，不受歧視。”
然後，他又著手處理戰俘問題。對於絕大多數俘虜，他都予以寬大處理，當場釋放。他還親自為被俘的耶路撒冷國王律西安鬆綁，並尊其為貴賓，但對少數罪大惡極者，他絕不放過。敵首領沙提翁平日做惡多端，多次背信棄義，挑起事端，是此次戰爭的罪魁禍首，而且被俘後態度仍然十分驕橫。薩拉丁親手將其殺死，以儆效尤。
薩拉丁占領耶路撒冷的消息，使西歐大為震動，教皇烏爾班三世驚懼而死。於是，西歐又組織了由德、英、法三國大封建主和騎士參加的第三次十字軍。由德皇紅胡子腓特烈一世、英王獅心理查和法王腓力二世親自率領。德皇懷著吞並拜占庭的野心，和拜占庭的勁敵愛科尼阿姆蘇丹結盟，又與剛脫離拜占庭的保加利亞和塞爾維亞談判聯合反對拜占庭。拜占庭則與薩拉丁聯盟，共同對付十字軍。
第三次十字軍東征一開始就不順利。1190年3月，德皇率領的3萬德國十字軍進入小亞細亞。6月，由於德皇在小亞細亞的一條小河落水淹死，德國十字軍即折返國內。英、法兩國十字軍分頭出發的時間略晚於德國，中途在西西裏島又耽擱半年多，直到1191年春末才到達敘利亞，旋即參加東方十字軍正在進行的阿克城圍攻戰。
阿克城早在1189年便被西歐軍隊圍困著，一直攻打不下來，英、法十字軍加入戰團後，又經過兩年才在付出沉重代價之後占領這座城市。
攻克該城後，英、法兩國的國王鬧別扭，法王腓力二世一氣之下率軍返回歐洲，隻留英王獅心理查在東方。英軍孤軍深入，薩拉丁決定趁機將其殲滅。雙方多次激戰，最終在耶路撒冷城外擺下戰場。
英王理查身材高大，肌肉強健，生性殘暴，酷愛戰爭，人稱“獅心王”。這個“獅心王”理查果然名不虛傳，在戰鬥中哪有危險，就往哪裏衝，經常連盔甲也不穿。在他的指揮下，十字軍與薩拉丁的軍隊展開了殊死的搏鬥。但麵對薩拉丁的頑強抵抗，他再也無法前進半步。漸漸地，他開始意識到這次是真的碰上了強硬的對手。
訴諸武力不行，他又采取收買拉攏的手段。一會兒要把自己的妹妹嫁給薩拉丁的弟弟為妻，一會兒又要授予薩拉丁騎士爵位，變著法的想讓薩拉丁放棄聖城。但薩拉丁始終堅持原則，寸土不讓。獅心理查力戰不敵，向薩拉丁乞和。薩拉丁也覺得憑借自己的武力，無法將其殲滅，便在耶路撒冷與其講和。
1192年9月，理查與薩拉丁簽訂和約：十字軍保有從泰爾到雅法的沿海地帶，耶路撒冷仍歸埃及，但三年內基督教徒可自由進入耶路撒冷。
薩拉丁為整個阿拉伯民族贏得了和平之後，緊接著又積極投身於大規模的和平建設，幹了許多實事，進行了多方麵的改革。可惜他僅享受了幾個月的和平生活。由於長期鞍馬勞頓，南征北戰，他積勞成疾，終於一病不起。不久，與世長辭了。
為了緬懷他，人們在大馬士革給他建造了一座巨大的陵墓。直到今天，這座陵墓仍是敘利亞最有名的古跡和遊覽勝地之一。
薩拉丁死後，阿尤布王朝發生分裂。薩拉丁之弟阿迪勒經過兼並戰爭，大體恢複了阿尤布王朝的統一。1218年，阿迪勒死後，其子卡米勒繼任蘇丹，領有埃及本土，其他地區分別由阿迪勒其他諸子控製，阿尤布王朝再次分裂。
1250年，蘇丹突蘭沙在宮廷遇害身亡，女王舍哲爾與突厥將領艾伊貝克聯合當政，阿尤布王朝結束。
不久，奧斯曼土耳其將埃及納入自己的獨立範圍。
奧斯曼帝國對埃及實行軍事統治，總督獨攬經濟、政治、軍事大權，依靠駐軍和官吏向埃及人民勒索貢賦。土耳其統治埃及的280年內更換了100個總督。每個總督當政時都忙於搜刮，造成水利不修、災疫頻繁。10世紀末葉埃及的人口有600萬人，到18世紀隻有250萬人了。