“二辰丸”事件的經過大致是這樣的：一艘滿載著步槍和子彈的日本輪船“二辰丸”企圖私運至澳門，最後被廣東水師截獲。日本政府對此進行強烈抗議。慈禧太後非常關心此事。
根據《北華捷報》報導，在慈禧太後與醇親王及兩個皇室宗親的一次會麵中，慈禧太後針對大清的嚴峻形勢與其交談了一個多小時。交談中每當提起自己年事已高，她便潸然淚下，並告訴他們，近來她常常感覺沮喪，雖然她大權在握將近四十年，但她卻不知道該如何救自己的國家於水火之中，這是多麼失敗的一件事。記者還寫道，慈禧太後近來一直待在寢宮中，三位太醫在她身旁輪流值守，以防不測。然而，月底的時候，她宣稱身體已經完全恢複，但麵對國事仍然焦慮不安。特別是北京此時的形勢，更是讓慈禧太後無法放下心來。
在3月底的時候，京城中發生了幾起縱火事件。人們認為，此次縱火事件的元凶是孫逸仙醫生的追隨者。但是按照禮部的說法，發生縱火事件是因為火神從天宮來到了人間，一旦火神回宮，便不會再出現這樣的事情。這樣的解釋並不足以讓人信服。不安的情緒在全城蔓延，直到十四個人被逮捕。十四人中，大部分是才從日本回來的學生，人們的情緒有所平複。慈禧太後命兵部增加皇宮的駐兵，此外，京城中的兵力也有所增加。
除了北京，全國各地也陷入動蕩中。人們對即將到來的革命議論紛紛。此時，孫逸仙先生正在中國邊境徘徊，一旦他步入中國領土，必死無疑。他的同僚遍布全國，清政府的抓捕行動從未間斷。北京作為政治中心，人們的情緒已緊繃到極點。5月13日，慈禧太後與光緒帝照慣例前往頤和園消暑，這無疑減輕了人們的不安。這時，慈禧太後的身體狀況顯然十分良好，但光緒帝卻因為嚴重腰腿痛無法行走自如。
雖然已移駕頤和園，但慈禧太後卻未停止過對國事的操勞。這段時間裏還流傳著一個關於慈禧太後的傳奇故事：在慈禧太後意識到袁世凱和張之洞間產生摩擦時，雖然她極寵袁世凱，但也不願意更為張之洞遠離朝政。因此，當慈禧太後賞給袁世凱三眼孔雀翎時，也給了張之洞一個，希望他們都能夠繼續“為朝廷效力。”眼見二者矛盾日益激化，慈禧太後心生一計。在一天早朝完畢後，慈禧太後將他們召到跟前，告知他們她打算為他們的小兒子和女兒牽線搭橋。實際上，她早已將他們的生辰八字給予禮部，讓其為他們挑一個良辰吉日成婚。在此之前，慈禧太後就用這樣的方法化解了袁世凱和他死對頭兵部尚書鐵良的矛盾。在目前這樣的情況之下，袁世凱和張之洞除了順從慈禧太後意願，別無他法，他們迅速停止了爭吵，開始著手準備婚禮。
慈禧太後在頤和園消暑期間，除了崔安出宮一事，幾乎沒有什麼重大的事情發生。崔安是接手李蓮英之位的大太監，由於年事已高，身體抱恙，他卸掉一切職務，離開了皇宮。崔安是否是因為犯錯而被逐出宮，我們不得而知，但崔安作為身份地位僅次於李蓮英的太監，對於他的離開，人們多少有些猜測。
慈禧太後從頤和園回宮的時候已經是9月底了。在英國遠征軍到達拉薩後，西藏的達賴喇嘛急切地想要覲見光緒帝和慈禧太後。在得到允許後，達賴喇嘛帶上一些西藏特產來到北京。但此次對達賴喇嘛的接見，卻不如預想的那樣順利。顯然，達賴喇嘛此次進京是希望朝廷能夠妥善處理西藏之事。正如我們所知，最終什麼也沒發生。
在接見達賴喇嘛之後，北京城中一片平靜，直到慈禧太後七十大壽慶典到來。接下來所發生的一件事情，讓整個大清，甚至關心大清國事的世界各國頗為震驚。
11月初，慈禧太後對外宣布，光緒帝已病入膏肓。西醫們通過翻譯宮中太醫的藥方得知，光緒帝所患的是慢性腎炎和神經衰弱，同時還伴隨著糖尿病和坐骨神經痛。就在這時候，關於慈禧太後的一個驚人的消息傳遍全城。傳聞稱，慈禧太後也已經病危，並且有可能已經駕崩了。
在與病魔奮鬥了一些時日之後，10日時，慈禧太後的身體狀況突然好轉，據《京報》報導，12日，慈禧太後召見了軍機處大臣。此次會麵商議的主要是皇位繼承人問題，13日，慈禧太後發布了一道詔書，將溥儀定為皇位繼承人，其父親醇親王載灃攝政。這一天，各國公使收到了外務府的照會，其中說道：“慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻崇熙皇太後指派醇親王載灃為攝政王。”
下午兩點，光緒帝已經處於彌留之際，據說在光緒帝病重之時，準備移駕寧壽宮，寧壽宮有“和平、長壽”之意，希望能夠借此渡過難關。然而在長時間的昏迷之後，光緒帝於14日又恢複了意識，並堅決拒絕移駕寧壽宮。最終，光緒帝駕崩在中南海瀛台涵元殿。駕崩時，他甚至沒來得及穿上帝王去世時所穿的長袍。
光緒帝與慈禧太後的緊張關係一直持續到他生命的最後一刻，但在病榻上慈禧太後仍遣老太監去服侍光緒帝。