對成於戰國以後的少數篇章須做如下說明：《素問》的第七卷亡佚已久，唐王冰據其先師張公秘本而補入的《天元紀大論》、《五運行大論》、《六微旨大論》、《氣交變大論》、《五常政大論》、《六元正紀大論》和《至真要大論》，實際上是另一部醫書《陰陽大論》。以其用甲子紀年，便可斷定必在東漢章帝元和二年（公元85年）頒布四分曆之後。以其曾被張仲景撰寫《傷寒雜病論》時所引用，因此它一定得在張仲景之先。
《靈樞》中也有個別篇章晚出，如《陰陽係日月篇》有“寅者，正月之生陽也”句，故可斷定成於漢武帝太初元年（公元前100年）頒布太初曆之後。
《素問》中的第七十二篇《刺法論》和第七十三篇《本病論》，在王冰次注《素問》時已是有目無文，宋劉溫舒著《素問入式運氣論奧》時卻將該二篇作為《素問遺篇》陳列於後。因此可以認為這兩篇當係唐宋間之偽作。
三、《素問》、《靈樞》的書名和傳本
《素問》之名最早見於張仲景《傷寒雜病論·自序》。他說：“撰用《素問》、《九卷》、《八十一難》、《陰陽大論》、《胎臚》、《藥錄》。”迄今一千七百多年，《素問》之名未曾改變。為什麼叫《素問》？林億、高保衡等人的“新校正”說：“所以名《素問》之義，全元起有說雲：‘素者本也，問者黃帝部歧伯也。方陳性情之源，五行之本，故曰《素問》。’元起雖有此解，義未甚明。按《乾鑿度》雲：‘夫有形者生於無形，故有太易、有太初、有太始、有太素。太易者，未見氣也；太初者，氣之始也；太始者，形之始也；太素者，質之始也。’氣形質具而苛瘵由是萌生。故黃帝問此太素質之始也。《素問》之名，義或由此。”隋楊上善整理《內經》，徑稱為《黃帝內經太素》，這是頗有見地的。
《靈樞》最早稱《針經》。《靈樞》第一篇《九針十二原》就有“先立《針經》”之語，無疑等於自我介紹。後來又稱為《九卷》（見張仲景《傷寒論》序），晉皇甫謐複又稱之為《針經》。再後又有《九虛》（見《高麗史書》、《宋誌》及林億引文等）、《九靈》（見《隋誌》、《唐誌》、《宋誌》等）、《黃帝針經》（見《七錄》、《隋誌》、《唐誌》及新羅國、高麗國史書等）等名。《靈樞》一名，始見於王冰《素問》序及王冰的《素問》注語中。王冰在注《素問》時，曾兩次引用“經脈為裏，支而橫者為絡，絡之別者為孫絡”這句話，在《三部九候論》中引用時稱“《靈樞》曰”，在《調經論》中引用時又稱“《針經》曰”，是知《靈樞》即《針經》也。而其他《素問》注中所引《針經》皆為《靈樞》之文，則更證明了這一點。
《靈樞》名稱的演變大略如此，至其命名之義則需具體分析。因其書主要研究針刺問題，故稱《針經》；因其卷帙為九卷，故名曰《九卷》，並因此而有《九靈》、《九虛》等名。何以稱《靈樞》呢？馬翃說：“《靈樞》者，正以樞為門戶闔辟所係，而靈乃至神至玄之稱。”張介賓則簡言之說：“神靈之樞要，是謂《靈樞》。”
《素問》自戰國時代成書到齊梁間全元起作《素問訓解》時，一直保持九卷的舊製。隻是到全元起注《素問》時，《素問》的第七卷已經亡佚了。王冰認為是“懼非其人而時有所隱，故第七一卷師氏藏之”的緣故。王冰自謂“得先師張公秘本”，“因而撰注，用傳不朽，兼舊藏之卷，合八十一篇二十四卷”。由於王冰補入了《天元紀大論》、《五運行大論》、《六微旨大論》、《氣交變大論》、《五常政大論》、《六元正紀大論》和《至真要大論》等七篇大論，並將《素問》全文廣為次注，所以才從原來的九卷大大地擴展為二十四卷了。從而成了至今行世的《黃帝內經素問》。當然世上還存在有元代胡氏“古林書堂”十二卷刊本和明代正統年間所刊五十卷《道藏》本，但其內容、篇目次第並無變動，一仍王冰之舊。
至於《靈樞》，雖有《九卷》、《九虛》、《九靈》和《針經》等幾個傳本係統，但隋唐帝內經》書影（金以後卻都亡佚了。宋臣林億、高保衡等校正醫書時亦因其殘缺過甚而欲校不能。南宋史崧氏所獻的《靈樞經》雖與王冰所引之《靈樞》及王唯一所引之《靈樞》在內容上均有所不同，但畢竟是現今行世的唯一版本。史崧之所以將《靈樞》改成二十四卷，也隻是為了與王冰所注之《素問》卷數相同而別無深意。因為原本這兩部書都是九卷，現在則都成二十四卷。元代胡氏“古林書堂”刊本將《靈樞》並為十二卷亦是與其所刊《素問》十二卷本相匹配。至於明刊《道藏》本之《靈樞》隻二十三卷而不是五十卷，則是因為《靈樞》較《素問》文字量少之故。
總之，王冰次注的二十四卷本《素問》是現存最早、又經北宋校正醫書局校正的。史崧改編的二十四卷本《靈樞》也是現存最早和唯一行世的。
四、《黃帝內經》集戰國以前醫學大成