如前所述，《黃帝內經》既非一時之作，亦非自一人之手，而是戰國以前的許許多多的醫學著作的總結。這不僅可以從《素問》、《靈樞》各八十一篇這一點得到證明，而且也可以從《黃帝內經》引用了大量的古文獻及《素問》、《靈樞》互引、各篇互引等現象上得到證明。
《黃帝內經》所引的古文獻大約有五十餘種，其中既有書名而內容又基本保留者有《逆順五體》、《禁服》、《脈度》、《本藏》、《外揣》、《五色》、《玉機》、《九針之論》、《熱論》、《診經》、《終始》、《經脈》、《天元紀》、《氣交變》、《天元正紀》、《針經》等十六種；僅保存零星佚文者，有《刺法》、《本病》、《明堂》、《上經》、《下經》、《大要》、脈法》、《脈要》等八種；僅有書名者，有《揆度》、《奇恒》、《奇恒之勢》、《比類》、《金匱》、《從容》、《五中》、《五過》、《四德》、《上下經》、《六十首》、《脈變》、《經脈上下篇》、《上下篇》、《針論》、《陰陽》、《陰陽傳》、《陽陽之論》、《陰陽十二官相使》、《太始天元冊》、《天元冊》等二十九種。至於用“經言”、“經論”、“論言”或“故曰……”、“所謂……”等方式引用古文獻而無法知其書名者亦複不少。
五、《黃帝內經》的學術思想
《黃帝內經》接受了我國古代唯物的氣一元論的哲學思想，將人與自然緊密地聯係在一起。人的一切正常的生理活動和病理變化與整個自然界是息息相關的。為了進一步明確這一點，擬從以下幾方麵加以闡述：
（一）“氣”是宇宙萬物的本原
《黃帝內經》認為“氣”是宇宙萬物的本原。在天地未形成之先便有了氣，充滿太虛而運行不止，然後才生成宇宙萬物。如《天元紀大論》：“臣積（稽）考《太始天元冊》文曰：太虛寥廓，肇基化元，萬物資始，五運終天。布氣真靈，總統坤元，九星懸朗，七曜周旋。曰陰曰陽，曰柔曰剛，幽顯既位，寒暑弛張，生生化化，品物鹹章。”這其實是揭示天體演化及生物發生等自然法則。在宇宙形成之先，就是太虛。太虛之中充滿著本元之氣，這些氣便是天地萬物化生的開始。由於氣的運動，從此便有了星河、七曜，有了陰陽寒暑，有了萬物。陰陽五行的運動，總統著天地的運動變化和萬物的發生與發展。
（二）人與自然的關係
《黃帝內經》認為人與自然息息相關，自然界的運動變化無時無刻不對人體發生影響。《素問·寶命全形論》說：“人以天地之氣生，四時之法成。”這是說人是稟受天地之氣而生、按照四時的法則而生長的，所以《素問·四氣調神大論》說：“夫四時陰陽者，萬物之根本也。所以聖人春夏養陽、秋冬養陰，以從其根，故與萬物沉浮於生長之門。逆其根則伐其本、壞其真矣。”《素問·陰陽應象大論》也說：“天有四時五行，以生長收藏，以生寒暑燥濕風；人有五髒化五氣，以生喜怒悲憂恐。”人生天地之間，人必須要依賴天地陰陽二氣的運動和滋養才能生存，正如《素問·六節藏象論》所說：“天食人以五氣，地食人以五味。五氣入鼻，藏於心肺，上使五色修明，音聲能彰。五味入口，藏於腸胃，味有所藏，以養五髒氣。氣和而生，津液相成，神乃自生。”
人體的內環境必須與自然界這個外環境相協調、相一致。這就要求人對自然要有很強的適應性。比如《靈樞·五癃津液別》說：“天暑衣厚則腠理開，故汗出。……天寒則腠理閉，氣濕不行，水下留於膀胱，則為溺與氣。”這明顯是水液代謝方麵對外環境的適應。人的脈象表現為春弦、夏洪、秋毛、冬石，同樣是由於人體氣血對春夏秋冬不同氣候變化所做出的適應性反應，以此達到與外環境的協調統一。如果人們違背了春生夏長秋收冬藏的養生之道，就有可能產生病變。如《素問·四氣調神大論》說：“逆春氣則少陽不生，肝氣內變；逆夏氣則太陽不長，心氣內洞；逆秋氣則太陰不收，肺氣焦滿；逆冬氣則少陰不藏，腎氣獨沉。”就是一日之內、日夜之間，人體也會隨天陽之氣的盛衰而相應變化。如《素問·生氣通天論》說：“故陽氣者，一日而主外，平旦人氣生，日中而陽氣隆，日西而陽氣已虛，氣門乃閉。是故暮而收拒，無擾筋骨，無見霧露，反此三時，形乃困薄。”
（三）人是陰陽對立的統一體
人是陰陽對立的統一體，這在生命開始時已經決定了。《素問·生氣通天論》說：“生之本，本於陰陽。”具有生命力的父母之精相媾，也就是陰陽二氣相媾，形成了生命體。誠如《靈樞·決氣》所說：“兩神相搏，合而成形，常先身生，是謂精。”生命體形成之後，陰陽二氣存在於其中，互為存在的條件。相互聯係、相互資生、相互轉化，又相互鬥爭。如《素問·陰陽應象大論》所說：“陰在內，陽之守也；陽在外，陰之使也。”《素問·生氣通天論》說：“陰者藏精而起亟也，陽者衛外而為固也。”這兩句話精辟地解釋了人體陰陽的對立統一關係。
從人體的組織結構上看，《黃帝內經》把人體看成是各個層次的陰陽對立統一體。《素問·金匱真言論》說：“夫言人之陰陽，則外為陽，內為陰；言人身之陰陽，則背為陽，腹為陰；言人身髒腑中陰陽，則髒者為陰，腑者為陽……故背為陽，陰中之陽心也；背為陽，陽中之陰肺也；腹為陰，陰中之陰腎也；腹為陰，陰中之陰脾也。”《黃帝內經》還把每一髒、每一腑再分出陰陽，從而使每一層次，無論整體與局部、組織結構與生理功能都形成陰陽的對立統一。