髒象學說是以五髒六腑十二經脈為物質基礎的。《靈樞·經水》說：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之。其死，可解剖而視之，其髒之堅脆、腑之大小、穀之多少、脈之長短、血之清濁、氣之多少、十二經之多血少氣，與其少血多氣，與其皆多血氣，與其皆少血氣，皆有大數。”當然有關解剖學之內容還遠不止此，但更重要的還是通過大量的醫療實踐，不斷認識、反複論證而使此學說逐漸豐富起來的，最終達到了指導臨床的高度。《黃帝內經》充分認識到“有諸內必形諸外”的辯證法則，使髒象學說係統而完善。正如《靈樞·本髒》說：“視其外應，以知其內髒，則知所病也。”
髒象學說主要包括髒腑、經絡和精氣神三部分。髒腑又由五髒、六腑和奇恒之腑組成。五髒，即肝、心、脾、肺、腎。《素問·五髒別論》指出：“所謂五髒者，藏精氣而不瀉也，故滿而不能實。”《靈樞·本髒》說：“五髒者，所以藏精、神、血、氣、魂、魄者也。”六腑，即膽、胃、大腸、小腸、膀胱和三焦。《素問·五髒別論》說：“六腑者，傳化物而不藏，故實而不能滿也。”奇恒之腑也屬於腑，但又異於常。係指腦、髓、骨、脈、膽和女子胞。膽即是大腑之一，又屬於奇恒之腑。《素問·五髒別論》說：“腦、髓、骨、脈、膽、女子胞，此六者地氣之所生也，皆藏於陰而象於地，故藏而不瀉，名曰奇恒之腑。”髒腑雖因形態功能之不同而有所分，但它們之間卻不是孤立的，而是相互合作、相互為用的。如《素問·五髒生成篇》說：“心之合脈也，其榮色也，其主腎也；肺之合皮也，其榮毛也，其主心也；肝之合筋也，其榮爪也，其主肺也；脾之合肉也，其榮唇也，其主肝也；腎之合骨也，其榮發也，其主脾也。”又如《靈樞·本輸》說：“肺合大腸，大腸者傳導之腑；心合小腸，小腸者受盛之腑；肝合膽，膽者中精之腑；脾合胃，胃者五穀之腑；腎合膀胱，膀胱者津液之腑；……三焦者中瀆之腑也，水道出焉，屬膀胱，是孤之腑也，是六腑之所與合者。”
經絡係統可以分經脈、絡脈和腧穴三部分。《靈樞·本髒》說：“經脈者，所以行血氣而營陰陽、濡筋骨、利關節者也。”經脈有正經十二：手太陰肺經、手陽明大腸經、足陽明胃經、足太陰脾經、手少陰心經、手太陽小腸經、足太陽膀胱經、足少陰腎經、手厥陰心包經、手少陽三焦經、足少陽膽經、足厥陰肝經。十二經脈首尾相聯如環無端，經氣流行其中周而複始。另有別於正經的奇經八脈：督脈、任脈、衝脈、帶脈、陰蹺脈、陽蹺脈、陰維脈、陽維脈。（需要說明的是“奇經八脈”一名始於《難經·二十七難》）經脈之間相交通聯絡的稱絡脈。其小者為孫絡不計其數；其大者有十五，稱十五絡脈。《靈樞·經脈》言之甚詳，這裏僅摘其要：手太陰之別，名曰列缺；手少陰之別，名曰通裏；手心主之別，名曰內關；手太陽之別，名曰支正；手陽明之別，名曰偏曆；手少陽之別，名曰外關；足太陽之別，名曰飛陽；足少陽之別，名曰光明；足陽明之別，名曰豐隆；足太陰之別，名曰公孫；足少陰之別，名曰大鍾；足厥陰之別，名曰蠡溝；任脈之別，名曰尾翳；督脈之別，名曰長強；脾之大絡，名曰大包。
腧穴為經氣遊行出入之所，有如運輸，是以名之。《黃帝內經》言腧穴者，首見《素問·氣穴論》，再見於《素問·氣府論》，兩論皆言三百六十五穴。實際《氣穴論》載穴三百四十二，《氣府論》載穴三百八十六。