精氣神為人身三寶。精，包括精、血、津、液；氣，指宗氣、榮氣、衛氣；神，指神、魂、魄、意、誌。《靈樞·本髒》說：“人之血氣精神者，所以奉生而周於性命者也。”精和氣是構成人體的基本物質，氣和神又是人體的複雜的功能，也可以認為氣為精之禦，精為神之宅，神為精氣之用。
（二）病機學說
研究疾病發生、發展、轉歸及變化等等之內在機理的學說稱病機學說。《黃帝內經》所說“審察病機，無失氣宜”、“謹守病機，各司其屬”（《素問·至真要大論》）皆為此學說之內容。現從病因、發病和病變三方麵加以敘述：
1．病因：引起人發病的原因很多，《黃帝內經》將其歸納為二類。《素問·調經論》：說：“夫邪之生也，或生於陰，或生於陽。其生於陽者，得之風雨寒暑；其生於陰者，得之飲食居處，陰陽喜怒”。風雨寒暑實為“六淫”的概括；陰陽喜怒乃“七情”的概括；飲食居處即“飲食勞倦”。可以認為這就是後世三因說之濫觴。
2．發病：正邪雙方力量的對比，決定著疾病的發生與發展。《靈樞·百病始生》說：“風雨寒熱，不得虛，邪不能獨傷人，卒然逢疾風暴雨而不病者，蓋無虛。故邪不能獨傷人，此必因虛邪之風，與其身形，兩虛相得，乃克其形。”這就是“正氣存內，邪不可幹”之意。《素問·上古天真論》所說“精神內守，病安從來”，《素問·評熱病論》所說“邪之所湊，其氣必虛”等，都論證了這一點。
3．病變：疾病的變化是複雜的，《黃帝內經》概括病變也是多方麵的，有從陰陽來概括的，如《素問·陰陽應象大論》：“陽受風氣，陰受濕氣”；“陽病者上行極而下，陰病者下行極而上”；“陰勝則陽病，陽勝則陰病。陽勝則熱，陰勝則寒”；“陽受之則入六腑，陰受之則入五髒”。《素問·宣明五氣篇》亦有“邪入於陽則狂，邪入於陰則痹；搏陽則為癲疾，搏陰則為喑；陽入之陰則靜，陰出之陽則怒”。
用表裏中外歸納的，如《素問·玉機真髒論》：“其氣來實而強，此謂太過，病在外；其氣來不實而微，此謂不及，病在中。”又如《素問·至真要大論》有“從內之外”、“從外之內”、“從內之外而盛於外”、“從外之內而盛於內”及“中外不相及”等病變規律。
用寒熱歸納的，如《靈樞·刺節真邪》：“陽盛者則為熱，陰盛者則為寒。”又如《素問·調經論》：“陽虛則外寒，陰虛則內熱，陽盛則外熱，陰盛則內寒。”
從虛實而論者，如《素問·通評虛實論》：“邪氣盛則實，精氣奪則虛。”又如《素問·調經論》：“氣之所並為血虛，血之所並為氣虛。”實指邪氣盛，虛指正氣衰。有正虛而邪實者，有邪實而正不虛者，有正虛而無實邪者，有正不虛而邪不實者。
（三）診法學說
望聞問切四診源於《黃帝內經》，如《素問·陰陽應象大論》說：“善診者察色按脈，先別陰陽，審清濁而知部分，視喘息、聽音聲而知所苦，觀權衡規矩而知病所主，按尺寸、觀浮沉滑澀而知病所生。以治無過，以診則不失矣。”又如《靈樞·邪氣髒腑病形》說：“見其色知其病，命曰明；按其脈知其病，命曰神；問其病知其處，命曰工。”《黃帝內經》論診法者甚多，謹按望聞問切之序列舉如下：