雷荻認為，是蒼蠅在肉上產的卵，變成了蛆。用顯微鏡，人們果然發現了蒼蠅卵。自然發生說被擊敗了。
可是不久，微生物被發現了。自然發生說又複活了，許多人相信，至少這種看不見的微生物是自然產生的。
意大利博物學家斯帕蘭紮尼不同意這種觀點，他堅信，微生物像其他動物一樣，也必有母體。
斯帕蘭紮尼準備了兩組瓶子，都盛有肉湯，一組開口，可以讓空氣進入，一組煮沸，把各種微生物都殺死後再密封起來。頭一組瓶子中很快長滿了細菌，而第二組瓶子存放很長時間，始終沒有細菌。
斯帕蘭紮尼還巧妙地把一個微生物趕到清水中，在顯微鏡底下，看到這個杆狀細菌中間慢慢變細，分裂成兩個細菌，若幹分鍾後，這兩個細菌又分裂成4個……這清楚地表明，微生物也有母體，微生物來自微生物。
但是，許多生物學家還是不服氣。不管采用什麼方法煮沸的湯，隻要一接觸涼爽空氣，要不了多久，裏邊就會有許多微生物，也許微生物是借助空氣中的化學物質生成的。
整整一個世紀，生物學家們為此爭論不休，直到1862年，這個問題才由現代微生物學的創始人路易斯·巴斯德解決了。
巴斯德製作了一個有橫著放的S形長頸的瓶子，空氣能通過S形瓶頸出入瓶子，可是塵埃顆粒卻無法通過彎曲的長頸，都聚集在瓶頸彎曲部分的底部。巴斯德將瓶子中的肉湯煮得冒了氣，這樣瓶子和瓶頸中的微生物都被殺死了。幾個月過去了，盡管新鮮空氣能不斷接觸到瓶子中的肉湯，湯中也沒有長出微生物。
自然發生說被徹底埋葬了。正像小鳥是由鳥下的蛋孵化而成，蒼蠅是由蒼蠅卵變成的，微生物也隻能來自另一個同類的微生物。
揭開發酵的秘密
隨著顯微鏡的進步，人們發現的微生物的種類越來越多了。可是，微生物究竟與人類有什麼關係，這種幾乎無處不有的小生命在人類生活中起著什麼樣的作用呢？第一個完整揭示微生物奧秘的就是剛才提到的巴斯德。
巴斯德1822年出生在法國東部的多爾鎮，他的父親是個製革匠。由於家境貧寒，他曾被迫停學和半工半讀，21歲時考入巴黎師範學校。受到著名化學家杜馬的影響，巴斯德走上了化學研究的道路。這個有著火一般求知欲、狂熱工作熱情的年輕人，很快就做出了驚人的成績。
他揭開了酒石酸有不同旋光性之謎，提出同樣化學成分的物質所以旋光性不同，是因為有不不同的分子結構，這就是同分異構現象。
1854年，小有名氣的巴斯德出任裏爾大學理科係主任。
釀酒業是裏爾的重要工業。可是當地的釀酒廠卻遇到了一個難題，他們釀造的酒不知什麼原因常常變質發酸，隻好一桶桶倒掉。不僅裏爾，整個法國每年都有大批酒因變質發酸而蒙受巨大的損失。
年輕的化學家的到來，使這裏的釀酒廠廠主似乎看到了救星，因為當時人們都認為釀酒是一個化學過程，他們請求巴斯德幫助他們解決酒發酵的問題。
巴斯德來到釀酒廠，仔細觀察研究整個釀酒過程。他取了幾滴酒放在顯微鏡下觀察。酒裏邊有許多圓形、橢圓形的微生物，有的邊上還長出小芽。原來是這些酵母菌使糖變成了酒精。
可是酒為什麼會變酸呢？他將好酒和變質的酒分別放在顯微鏡下觀察。在那些變酸了的酒中，小球狀的微生物不見了，取代它們的是杆狀微生物，正是這些產酸的菌使酒變酸了。
症結找到了。巴斯德向釀酒廠的廠主們建議，當酒釀好以後，用文火緩緩加熱，到約60℃，殺死其中的細菌，然後把酒密封起來，這樣酒就可以保存很長時間不變質了。這種用緩緩加熱殺死微生物的防腐方法就叫巴氏消毒法，現在還廣泛用以消毒牛奶、啤酒等。
大批的酒得救了，酒廠的老板們對巴斯德感恩不盡。
法國政府獲悉巴斯德發明的這一方法後，特地派了一艘巡洋艦，裝了6500升用巴氏消毒法處理過的酒和500升未經處理的酒，從法國啟航，遠渡重洋，駛向非洲。當幾個月後到達目的地時，人們驚異地發現，凡是用巴氏消毒法處理過的酒都醇香撲鼻，風味依舊，而那些沒有處理過的酒都酸得不能喝了。從此巴氏消毒法不脛而走，傳遍全世界。
接著，法國中部的人要求巴斯德挽救他們的製醋業。因他們釀造的醋，時間一久就失去了醋味。
於是，巴斯德又奔往圖爾。他在漂在醋缸上的醋垢中發現許多短棒狀的菌，這就是醋酸杆菌。經過仔細研究，巴斯德搞清楚了，這些醋酸杆菌一開始使酒精變成醋，可是當全部酒精變成醋後，它們繼續發酵，使醋又變成了二氧化碳和水，於是醋味就消失了。
巴斯德建議，在醋剛剛釀好後，加熱殺死這些醋酸杆菌，醋就不會變質了。
是的，早在幾千年前人們就在利用微生物的發酵產物釀酒製醋，但人們並不知道這是微生物的功勞，是巴斯德揭開了這個秘密。今天，人們在現代發酵罐中，利用微生物生產各種各樣的生物製品，追根溯源，我們還應當感謝巴斯德呢，難怪有人把他稱作生物工程之父。