微生物和疾病
巴斯德對人類的一個更偉大的貢獻，是發現了微生物和疾病的關係。
在巴斯德那個時代之前，瘟疫經常奪去成千上萬人的性命。例如14世紀的一場黑死病，就曾使歐洲1／3的人喪命。
可是過去，人們不知道疾病的原因，以為生病是鬼魂附體或上帝的懲罰。就是在一些發達國家，醫生們能做的也不外乎是讓病人多加休息，加強營養，呼吸新鮮空氣。外科醫生們能給人擠出膿血，接好骨頭，可是許多病人手術雖然成功了，卻死於感染。
那麼，巴斯德是怎樣發現細菌致病的呢？
1865年，一種奇怪的病威脅著法國南方的養蠶業，農民們養的蠶不知為什麼紛紛病了，蠶的身上長滿了黑色的斑點，不吃桑葉，也不吐絲做繭，成批成批的死亡。
農民們聯名給政府寫信，請求派專家來拯救瀕臨破產的養蠶業。巴斯德拯救了法國的釀酒業、製醋業，這次人們又把希望寄托於他。巴斯德的老師杜馬也寫信請巴斯德幫助他家鄉的農民製止這場災難。
巴斯德雖然從未接觸過蠶，但他的信條是“幫助人類”。他帶著顯微鏡來到南方蠶區，向農民們學習養蠶的知識，仔細觀察蠶的生長過程，千方百計尋找蠶得病的原因。
巴斯德把病蠶碾成粉加水，取出一滴放在顯微鏡下觀察，他看到在病蠶的體內有一粒粒橢圓形的棕色的微生物，而健康蠶體內卻沒有這種微生物。巴斯德還發現，健康的蠶如果吃了被病蠶糞便汙染了的桑葉，也會傳染上這種病。事情很清楚，正是這種微生物侵入蠶體使蠶生病的。
酒可以加熱殺死其中的微生物，怎樣消滅藏在蠶的身體內讓蠶得病的微生物呢？巴斯德教給農民一個辦法，那就是等雌蛾產完卵後，把雌蛾碾成粉，放在顯微鏡下觀察，如果有細菌，就把雌蛾連同卵子一起燒掉，如果沒有細菌，就把卵保存下來做種。
巴斯德奮鬥了6年，終於製服了蠶病。
細菌能使蠶得病，那麼人類的傳染病又是怎樣引起的呢？為什麼人類得傳染病時也是一批批地發病，得同一種病的人症狀都差不多呢？巴斯德反複思考著這些問題，他提出人類的傳染病也是這種肉眼看不見的微生物在作祟，細菌從有病組織轉移到健康組織，健康組織也就會得病。
巴斯德公布了他的細菌致病理論。
其實，早在巴斯德之前，有一個維也納醫生澤梅爾魏斯也在尋找致病的原因，並向細菌發起了攻擊，隻不過他並不知道他進攻的就是細菌。
澤梅爾魏斯在一個婦產科醫院當醫生。當時醫院中有許多產婦死於產褥熱。奇怪的是，那些在家裏生孩子，由不懂醫術的助產婆幫助接生的產婦反倒很少得產褥熱。
一次，醫院裏有一位醫生，在解剖屍體時不小心割破了手指，結果得了很像產褥熱的病症而死去。澤梅爾魏斯懷疑，是不是醫生們在解剖屍體時，把屍毒帶了出來，傳染給了產婦們。
於是，他要求醫生、護士進產房前必須用漂白粉水洗手。一年之內，他所在的產科病房產婦患產褥熱的死亡率大大降低。
但是，澤梅爾魏斯的做法卻激怒了他的同事們，他們認為讓他們洗手是對他們莫大的侮辱，因為這意味著醫生們是“殺人犯”。他們借口澤梅爾魏斯是匈牙利人把他趕出了這家奧地利的醫院。後來，澤梅爾魏斯在一次手術中，手意外被割傷，不幸得了敗血症而死亡。
巴斯德的細菌致病理論為澤梅爾魏斯開創的滅菌防腐法提供了科學依據，掃清了障礙。英國醫生李斯特在巴斯德理論的啟發下，首先用石碳酸給一位骨折病人的傷口消毒，過去像這樣嚴重的傷口幾乎都會化膿感染，這次病人卻順利地痊愈了。
在這次成功之後，李斯特要求醫生們用石碳酸噴灑手術室、洗手和浸泡工具，手術的感染率大大降低了，許多病人被救活了。李斯特專門寫了一封信給巴斯德，誠摯地感謝他指出了細菌腐敗的真正原因，從而自己才找出了防腐的方法。
巴斯德本人也積極倡導消毒無菌法。1870年普法戰爭爆發，巴斯德是一位熱忱的愛國者，他主動到醫院工作，命令醫生們用開水蒸煮所有的工具、紗布繃帶，大大減少了戰地感染，拯救了許多受傷士兵的性命。
緝拿殺人凶手
巴斯德指出了細菌是使人致命的凶手，但第一個拿到確切證據，證明一種病是由一種細菌引進，並捉拿到這個殺人凶手的是德國醫生、現代細菌學的奠基人之一羅伯特·科赫。
科赫是一位礦工的兒子。他在哥廷根大學讀書時，受到他的老師亨勒的影響，對微生物發生了興趣。大學畢業後，科赫在邊遠的沃爾斯頓當了一名鄉村醫生。