傳統觀念以為，杏仁核隻能倚賴新皮質的指令以決定情緒反應，這觀念已不攻自破。現在我們知道，即使在杏仁核與新皮質之間同時發出平等的訊號，杏仁核仍可搶先決定回應方式。
情緒記憶的專家
這種無意識的意見便是情緒記憶，其儲藏庫則是杏仁核。長期以來被邊緣係統主要構造的海馬回，似乎與知覺能力的關係比情緒反應更密切，海馬回的主要功能是提供明確的情境記憶，舉例來說，對人而言，動物圈裏的熊與自家後院出現一支熊所以會有不同的意義，便要歸功於海馬回。
漲馬回記憶的是客觀的事實，杏仁核則為事實增添情緒的意涵。假設我們在公路上差點撞上車道的來車，海馬回會記住這個事件的所有細節，包括當時路況、同車的人、對向車的車型等，但使我們以後每次碰到類似的狀況都會產生焦慮感的則是杏仁核。有人舉了一個例子：“海馬回幫助我們以後房親戚的臉，杏仁核則提醒你這是個討厭的家夥。”
人腦利用一個簡單而聰明的方法使情緒記憶深印腦海：麵臨危機時我們的神經化學警示係統會促使身體做出打或逃的反應，並將這一刻鮮明地留下印記。在麵臨壓力、焦慮甚至狂喜時，自腦部通往腎上腺的神經，會激發腎上腺素與正腎上腺素的分泌，促使身體做出危機應變措施。這些荷爾蒙會激活迷走神經的接收器，迷走神經接收腦的訊息以調節心跳速率。同時因應腎上腺素的刺激將訊息傳回腦部——主要是傳到杏仁核，激活杏仁核的神經元以通告其他部位強化當時的記憶。
杏仁核的參與似乎使得具情緒意涵的記憶格外深刻，也許正因如此我們總是特別記得第一次約會的地點，聽到太空挑戰者號爆炸的新聞時正在做什麼等等。杏仁核受到的刺激愈強烈，烙印的刻痕愈深，生命中最恐懼最刺激的經驗部是最難抹去。可見人腦有兩套記憶係統，一套記憶一般事物，一套記憶具情緒意涵的事物。這種設計在進貨上是很有道理的，如此動物對最感威脅或喜愛的事物才會留下鮮明的記憶。不過在今天，情緒記憶卻可能產生誤導作用。
過時的神經警示係統
這種神經警示係統有一個缺點：杏仁核傳達的危機訊號有時已經過時，在瞬息萬變的人類社會尤其如此。杏仁核彷如情緒記憶的貯藏室，杏仁核會審視過往經驗，與現在相比較，其比較方式可稱為聯想式，亦即目前的狀況隻要有一項要素與過去相彷佛便算符合，在尚未完全確認以前便率爾行動，也因此常常患了草率的毛病。也許今昔之類似性極其微弱，但隻要足以刺激杏仁核，後者便會瘋狂地指揮腦部祭出很久以前試過的想法、感覺與反應。
於是乎原先在軍中任職的義士看到礦多血肉模糊的傷口而驚嚇過度。多年後有一天在家中櫥窗看到小孩丟在那裏的一片濕透的尿布，竟然湧起舊時戰埸上的反應：恐懼、厭惡、慌亂到不知所措。足見杏仁核隻需些微的相似性便可發出緊急通告，最堪憂的是我們往往也不加細察便做出不合時宜的反應。
很多深刻的情緒記憶都是人剛出生的幾年裏，透過嬰兒與父母的相處經驗建立的，這使得情緒中樞的運作更不精華，尤以幼年有過被虐待或忽略等痛苦的經驗為然，而這時主掌敘述記憶的海馬回與職司理性思考的新皮質尚未發展成熟。在記憶的存取上，杏仁核與海馬回雙手並進但又獨立不相屬，海馬回取出一項訊息，該訊息是否具有情緒意涵則由杏仁核決定。但因杏仁核發展速度極快，在出生時是比較接近成熟的。
心理分析理論的一個基本假定是：嬰兒藉由幼時與父母的互動經驗，來奠定情緒學習的基調，萊克斯更以孩童杏仁核的功能支持此一假定。他指出，這些情緒學習經驗雖深印腦海，對成人而言卻非常難以理解，因為這些未來情緒生活的藍圖，是以粗糙而非語言的形式儲存在杏仁核。嬰兒既無法以語言表達，長在後當類似的情緒刺激再度引發，腦中已無法找到對應的思想。正因為很多情緒的爆發源自世事混沌難明的懵懂年齡，長大後我們麵對激昂的情緒往往不知所措。混亂但鮮明的感受是有的，但最初形成這些記憶的語言已不再複尋。
快捷但草率的情緒
那天大約是清晨三點鍾，我在睡夢中似乎聽到有一樣龐大的東西穿透臥室天花板的一角，閣樓的東西全掉到房間裏。我一躍而起，急逃出房間，一心擔憂整個天花板會塌陷下來。沒有任何東西從閣樓掉下來。確定平安無事後，我才謹慎地探頭查看究竟發生什麼事，原來是我太太堆在角落的一疊紙箱掉了下來。沒有任何東西從閣樓掉下來。
我能在半睡中跳下床來，顯示杏仁核能夠在新皮質未完全掌握狀況之前的關鍵時刻就激發我們采取緊急應對措施；果真天花板塌下來，這一跳可救了我一命。這種從眼（或耳）經由丘腦連接杏仁核的捷徑關係重大：在危急存亡之秋可節省決策時間。不過多數感覺訊息都是行經通往新皮質的康莊大道，隻有極少數訊息經由丘腦到杏仁核的捷徑，而且多半是僅供警示的約略訊息。誠如菜克斯大林所說的：“你即使不確知危險的內容，也可感覺危險逼近。”
要知道腦部的運作是以千分之一秒計的，走捷徑當然有助於分秒必爭。老鼠的杏仁核可在接收訊息後的千分之十二秒之內作出反應，從丘腦繞道新皮質再到杏仁核則要增加一倍的時間。人腦的確切運作時間尚未測得，兩者的比例大約不出於此。
從進化的觀點來看，這條捷徑當然極具生存價值。如此所爭取到的千分之一秒很可能挽救了無數人類始祖的性命，以致今天所有哺乳類（包括你、我）的腦部都保留此一設計。對人類而言。這條捷徑也許作用不大，對於鳥類、魚類、爬蟲類來說，可是發揮了關鍵性的功能；不斷幫助他們在瞬間判斷逼近的是獨人或獨物。萊克斯指出：“哺乳類這種原始細微的腦部設計，卻是非哺乳類的重要裝置，使其在極短的時間內調控情緒。問題是這個過程雖然快速，卻不太精確。”