凡法律案，除憲法有特別規定者外，經兩院表決通過後便成為法律。眾議院通過的法案在參議院作出不同決議時，如經眾議院出席議員2/3以上的多數再次通過，即成為法律(在一般情況下，往往通過兩院協議會來解決)。預算案、條約、協定等經眾議院通過並提交參議院後，除國會休會期間不計外，參議院在30天內不作出決議時，即以眾議院的決議作為國會決議。國會(主要是眾議院)有權對內閣的施政方針等提出質詢，監督行政活動；在必要時可以用通過不信任案或否決信任案的方式迫使內閣總辭職。
日本國會中，眾議院有議員511席，參議院有議員252席。
內閣：日本的內閣是日本國家的最高行政機關，由總理大臣(首相)和20名國務大臣組成。總理大臣為最高行政首腦，由國會議員選舉，天皇任命。國務大臣由總理大臣任免。國務大臣半數以上必須滌國會議員中選任。國務大臣分別兼任各行政省、廳的行政長官或無任所大臣。內閣行使行政權，對國會共同負責。
內閣其餘各國務大臣均由總理大臣任命(或罷免)，但其中1/2以上必須從國會議員中選任。戰後以來，曆屆內閣絕大部分是由在國會中占多數議席的政黨(即執政黨)組成的，該黨的領袖(總裁)便成為內閣總理大臣的當然人選，其內閣成員也多半是從該執政黨所屬的國會議員(主要是眾議院議員)中任命的。
內閣除執行一般行政事務外，主要行使下列職權：負責執行法律，總理國務；處理對外關係；締結條約；掌管有關官吏的事務；編製預算；為實施憲法和法律而製定政令；決定大赦、特赦、減刑，刑罰執行的免除及恢複權利。此外，內閣還有權對天皇的有關國事行為提出建議和承認；有權建議天皇解散眾議院、召開國會；決定召開國會臨時會議、參議院緊急會議等。內閣還負責提名最高法院院長及任命各級法官，向國會報告國家財政收支情況等等。
內閣行使行政權，集體向國會負責。當眾議院通過對內閣不信任案或否決了信任案，而此後10天內眾議院又未被解散，則內閣必須總辭職。當眾議院總選舉後，首次召集國會時，原內閣也必須總辭職，然後由國會重新選舉內閣總理，由新任總理組閣。
內閣的組織機構由總理府及其下屬外局(包括各委員會和各廳)、12個行政省以及內閣輔助機構，包括內閣官房、內閣法製局和人事院等組成。
內閣總理大臣：也稱首相，是日本內閣的最高行政首腦，掌握國家最高行政權。內閣組織機構由三部分組成，即內閣的輔助機構、總理府和12個行政省。內閣的輔助機構包括內閣官房、內閣法製局、安全保障會議和人事院。內閣由首相和分管各省、廳的20名大臣組成。
法院
法院，即“裁判所”，是日本國家機構的重要組成部分。戰後，日本法院參照美國的司法製度進行了一些改革，撤銷了舊司法省(部)，使法院成為與國會、內閣在形式上平行的機構。按照《日本國憲法》的規定，“一切司法權屬於最高法院及由法律規定設置的下級法院”；所有法官“獨立行使職權，隻受本憲法及法律的拘束”，“非經正式彈劾不得罷免”。
戰後，日本法院的組織係統分為最高法院和下級法院兩類。而下級法院又有高等法院、地方法院、家庭法院和簡易法院。
日本法院采用的是“四級三審製”“四級”，指簡易法院——地方法院或家庭法院(兩者同級)——高等法院——最高法院。“三審”，指審理案件以三審為終審的審判原則，但並非每一案件必須經過三審。在一般情況下，某些輕微的民、刑事案件是通過簡易法院到地方法院(或家庭法院)再到高等法院這樣的審級程序解決的；對於一些較重大的民、刑事案件，則是以地方法院(或家庭法院)為第一審，高等法院為第二審，最高法院為終審的審級程序處理。
簡易法院是最基層的法院，通常由一名法官單獨進行審理。主要受理一般較輕微的民、刑事糾紛案件，無權判處監禁以上的刑罰。
地方法院和家庭法院，兩者同級。地方法院受理較大的民、刑事案件，以及對簡易法院處理決定的控訴案(指訴訟當事人因對其判決不服而提起的上訴)；家庭法院受理有關家庭糾紛和少年問題的案件，一般以調解為主，判決為輔，它無權判處監禁以上的刑罰。