辨病位，即確定疾病現階段證候重心所在的位置，其中又可分為空間性病位和層次（時間）性病位。大約病位概念有表、裏（以及半表半裏）、心、心神（或稱腦）、肺、脾、肝、腎、胃、膽、小腸、大腸、膀胱，以及胞宮、精室、咽喉、口齒、鼻、耳、目、肌膚、筋骨、經絡、胸膈等，皆為空間病位概念。層次（時間）性病位如衛分、氣分、營分、血分，太陽、陽明、少陽、太陰、少陰、厥陰，上焦、中焦、下焦等，皆有淺深層次的含義。
在辨證體係中，定位分析具有舉足輕重的作用，隻有弄清了病變部位，才能了解病在表在裏、在髒在腑、在經在絡。“其在皮者，汗而發之。”“中滿者，泄之於內。”邪氣在表，藉汗而驅之；病變在裏，溫清補泄，因證而施。病在表而誤下，傷陽損陰，變生寒熱虛實諸證；病在裏而誤汗，徒耗氣津，於病毫無裨益。表裏分六經，六經有陰陽，陰陽治法不同；胸腹分三焦，三焦有上下，上下治法互別。氣血津液、衛氣營血、髒腑經絡，各有內外上下表裏的區分，其辨證治療則截然不同。
六經辨證中的定位分析，是對疾病層次的分析。人體在自然環境中，是一個大的層次，而這個大層次中有小層次，小層次中還有小層次。因此，定位分析，首定病在三陰三陽、在表在裏，次定病在上在下，繼定病在髒在腑，繼定病在氣在血。所以表裏、上下、髒腑、經絡、氣血的定位分析，不是割裂的平行的單體，麵是相互結合，相互補充的整體。
六經表裏之橫，橫中有縱，三陽為表三陰為裏是其橫，而手足陰陽經絡通行上下是其縱；三焦上下之縱，縱中有橫，心肺宜降、肝腎宜升是其縱，而心與肺、肝與腎平居是其橫；脾胃同居中焦是其橫，而脾氣升清、胃氣降濁是其縱。因此，在定位分析時，隻有把表裏橫的層次，三焦上下縱的層次，以及與髒腑、經絡縱橫交錯的層次相互結合，才能精確地審定疾病發生的部位。
除上述而外，定位分析中還有“熱入血室”、“胸中實”、“膈上有寒飲”、“冷結膀胱關元”、“水結在胸脅”等具體的定位，亦屬辨證定位分析的內容。
病位有在表、在裏、在髒、在腑、在氣、在血，其中以五髒為主體，中醫理論就是以五髒為中心建立起來的，所以辨病位即髒腑辨證，在辨證論治中占有極其重要的地位。中醫最早的內科學《金匱要略》其基本論據就是髒腑經絡學說，髒腑辨證是認識內髒在病理狀態下的矛盾，因為一切臨床證候的出現，都是髒腑功能性或器質性病變的反映，都是內髒在病理狀態下的矛盾的反映，故髒腑辨證實為中醫辨證施治的核心。清·唐容川說：“業醫不明髒腑，則病原莫辨，用藥無方”。已故名醫秦伯未也強調：“中醫的理論以髒腑為核心，在臨床上辨證施治，歸根到底都是從髒腑出發”，因為辨別出病性，還沒有解決病位問題。比如虛證，究竟是脾虛，還是腎虛？隻有通過髒腑辨證才能確定。又如熱證，究竟熱在何處？是胃熱，還是肺熱，也必須采用髒腑辨證的方法，若病情複雜，幾個髒腑同時發生病變時，更是如此。
三、定因分析
疾病的原因，既有內因和外因，又有發病之因和傳變之因，在定因分析的過程中，既要分析外因，又要分析內因，分清內外因的主次關係，安內攘外，扶正祛邪，標本明辨，方得其要。大抵內因多為正氣不足或素有宿邪，如衛陽不固、營衛不和、血弱氣盡或素有痰飲瘀血，而外因則多為太過不及的非時之氣，這些內外因的作用，導致了疾病的產生。對於病因的分析，是通過脈、症逆料病因，“以外邪之感，受本難知，發則可辨，因發知受。”是一種倒果求因的方法。
疾病的傳變是體質、治療、正邪雙方相爭等多種因素影響的複雜過程，在紛繁的現象中，確定其傳變的原因，是治療的前提和關鍵。其傳變的因素，同樣有內因、外因的不同，稟賦強弱、體質剛柔、髒腑陰陽是決定疾病傳變的關鍵；邪氣盛衰、伏邪有無，失治、誤治是疾病傳變的條件。內因既決定疾病傳至何經何髒，又決定疾病傳變後的寒熱、虛實屬性。故爾同一疾病，可傳至不同經髒。反之，不同疾病病，可傳至同一經髒，在辨證過程中，確定疾病的傳變因素，對救治疾病具有指導性作用。
中醫很早就提出內因、外因、不內外因三因學說，事實上病因可分根本原因和外在原因兩方麵。根本原因在人體內部，主要表現為正氣和精神因素。中醫認為，正氣不足是疾病發生的內在因素，外因是構成疾病的重要條件，外因通過內因才能發生疾病，所以在發病學上，中醫特別強調人體的內在因素，即重視人體的正氣，精神因素也很重要，過度的精神刺激如憂愁，思慮驚恐，惱怒等可以致病，而積極樂觀的精神狀態，可以提高人體的抗病能力。
一切臨床證候，都是髒腑經絡病變的反映，但它是在病因作用下產生的，任何疾病都有病因，因此，隻是辨病性和辨病位，而不追究病因，是不可能全麵了解疾病的內在矛盾的。任何病證，都具有其病因、病位、病性，病位和病性綜合就是病機。由於各髒腑的生理特性與生理功能不同，因而有關病證的臨床表現各有其特點。如肺係疾病，因為肺為嬌髒，外合皮毛，所以感冒、咳嗽，喘證等肺係疾病除本髒病變外，其發病多與感受外邪有關。如喘證的病機是肺氣上逆，而導致肺氣上逆則有兩種情況，一是肺氣壅實，二是肺氣虛，引起肺氣壅實的原因最常見的是外邪，外感風熱之邪或風寒之邪，風熱犯肺，衛氣鬱閉，亦使肺氣壅實不降而逆，因而出現呼吸急促，呼吸困難，一般風熱犯肺的喘證比風寒犯肺的喘證病勢較急，但風寒內鬱化熱，導致肺氣壅實，其病勢也很急，造成肺氣壅實的另一個原因是痰濁上壅於肺，使肺的清宣肅降功能失常，以致肺氣壅實而上逆，痰濁產生於中焦，即脾胃受傷，運化失常，停濕生痰，這種痰濁起於飲食不當，過食肥甘，生冷，嗜酒等。肺氣壅實的原因，還可由於氣機鬱結，發生衝逆犯肺，使肺氣不得肅降，肺氣亦為之壅實而上逆氣喘，這和前二者不同，屬於精神刺激，情誌失調，憂思不解則氣結，鬱怒太過則肝鬱，肝鬱氣結發展到一定程度就會向上衝逆，肺為嬌髒，首當其衝。肺氣壅實另一病機是肺氣虛，中醫學認為：“肺為氣之主”，肺氣虛不能主氣，也就不能正常地肅降，因而上逆氣喘，肺虛多是由於久病，如久咳傷肺，肺氣腫，肺心病日久，肺氣必虛。肺虛固然是喘證的重要因素，而尤其重要的是腎虛，中醫學又認為：“腎為氣之根”，肺氣虛可以累及腎，導致腎虛，而腎氣虛就不能幫助肺進行呼吸活動，所謂“腎不納氣”，“氣失攝納”都是指此而言，造成虛的原因，除肺虛及腎虛外，主要因為久病，久咳，久喘和其他肺係疾患日久不愈所致。
又如泄瀉發生的基本原理是清濁不分，並走大腸，清和濁是應當分開的，清濁不分的原因在於脾的功能障礙，脾主運化，脾又主升清，胃主降濁，脾的功能失常，清氣不升，就出現清濁不分，混雜而下成為泄瀉。引起脾的功能障礙，其原因是多方麵的，最常見的原因，外感濕邪，脾的特性喜燥怕濕，濕邪最易傷脾，《內經》中有“濕勝則濡瀉”之說，而濕邪又常常和寒邪或暑邪相結合而致脾的功能障礙。其次是飲食停滯，無論是暴飲暴食，或多食油膩，生冷不潔食物，都能停滯而損傷脾的功能，導致清濁不分，情誌刺激也是引起脾的功能障礙的因素之一，情誌受到刺激，肝氣便不條達而發生橫逆，肝氣犯脾，導致脾的功能失常。除了上逆，濕邪，傷食，情誌等因素外，脾的本身陽氣不足，是引起功能障礙的成因，因為脾的運化和升清功能，全靠陽氣充足，脾陽不足就不能腐熟水穀，而勞倦內傷，久病不愈均能導致脾陽虛衰。因為後天陽脾靠先天腎陽的溫養，所以腎陽虛也是導致脾陽虛的一個重要原因，即所謂的火不生土。