衛氣營血和三焦辨證的不同之處主要是：前者是以人體衛氣營血的生理作用為主要依據，突出了在溫邪作用下人體內衛氣營血功能的失常和實質的損害
，後者的病機和證候，是從三焦所屬髒腑的病理變化，來了解病程及其傳變規律的；衛氣營血揭示了溫病發生發展的客觀存在的先後四個不同階段，這四個階段既有內在聯係又有本質區別，它反映出溫病輕重不同的四個層次，是從發生發展的橫向來認識溫病的。而三焦辨證是從上、中、下之縱向的異常變化來闡述發病機理的，它與三焦所屬的髒腑關係極為密切，這樣就把溫病的發生發展規律概括為三個階段，以此作為溫病的辨證綱領。
大體上講，衛分的病變關係著上焦手太陰肺；氣分病變的範圍不僅涉及太陰肺，尚包括中焦陽明胃腸、足太陰脾等；營分病變與上焦厥陰心包相聯係，血分病變也與上焦厥陰心包相關連。腎藏精，精生髓，精髓化血，故精血同源，正如《張氏醫通》說：“氣不耗，歸精於腎而為精，精不泄，歸精於肝而化清血。”可見血分病變與足少陰腎及足厥陰肝也有一定關係。衛氣營血的病機層次變化，不可避免地會涉及到相關髒腑的功能失調；重點揭示髒腑的功能失常及其損傷的三焦辨證，常不能超越衛氣營血辨證所示的病變層次和範圍。
以具體病變而言，衛氣營血辨證和三焦辨證所歸納出的各種病證類型，相互之間既有聯係而又有區別。上焦手太陰肺的某些證候類型，相當於邪在衛分，但邪熱壅肺而無表證者，則屬於氣分範圍。上焦手厥陰心包的病變，雖然可歸屬於營分範圍，但其病機變化與營分證不完全相同，前者主要是邪熱內陷，痰熱阻閉機竅，心神逼亂，後者則是營熱陰傷，心神受擾；中焦足陽明胃和足太陰脾的病變雖都屬氣分範圍，但氣分病變不僅限於陽明胃腸及足太陰脾，氣分病變甚廣，涉及髒腑較多，隻要溫邪不在衛表，又未深入營血，皆屬於氣分範圍；下焦足少陰腎、足厥陰肝等病變，與動血耗血，瘀熱互結的血分病變其證候表現及病機則有顯然區別，前者是熱傷腎肝真陰精血，其證屬虛，
後者病變以熱盛迫血為主，病變不限於下焦，其證屬實或實中有虛之候。
衛氣營血辨證與三焦辨證各有長處，若以為可用“三焦”代“衛氣營血”或者用“衛氣營血”“賅三焦”皆不可行。因為上中下三焦不能沒有衛氣營血的分辨，而衛氣營血也不能離開上中下三焦而單獨存在，隻有把二者有機的結合起來才能更準確地指導臨床辨證施治。
總之，衛氣營血辨證與三焦辨證這二種辨證方法是經緯相依，相輔而行的。二者縱橫交錯，密切相關，互相滲透，互為補充，各有特點，但有雷同。在臨床運用時，須將二者有機地結合起來，才能更全麵地指導溫病的辨證施治。
第六節 六經辨證與經絡辨證
六經辨證方法在運用三陰三陽分證的同時，並沒有舍棄《內經》中經絡分證等內容，而是巧妙地把這些內容溶入自己的辨證體係中。六經雖非專主經絡，也不能排除經絡，是大概念與小概念，廣義與狹義的關係。
關於六經辨證與經絡辨證的關係，《傷寒論·自序》中說：“經絡府俞，陰陽會通，玄冥幽微，變化難及，自非才高識妙，豈能探其理致哉”，指出了經絡在人體中的重要性。朱肱《類證活人書》說：“治傷寒先須識經絡，不識經絡，觸途冥行，不知邪氣之所在，往往病在太陽，反功少陰，證是厥陰，乃和少陽，寒邪未除，真氣受斃。”朱氏並繪出足六經經絡圖，隨圖解釋六經病證。許叔微《傷寒九十論》說：“蓋張仲景三陰三陽，就一證中又有偏盛偏寡，須是分名辨質在何經絡，方與證相應，用藥有準。”
六經與經絡關係十分密切。六經的每一經可分為手、足二經。如太陽經可分為手太陽小腸經，足太陽膀胱經，故實際上為十二經。十二經根源於髒腑，運行於全身，正如《靈樞·海論篇》所說：‘夫十二經脈者，內屬於髒腑，外絡於肢節。’因此，六經辨證不能脫離這些有機的聯係。就經絡的病理反映而論，例如足太陽經起於目內毗，上額交顛，下項挾脊抵腰至足，循行於人體之背部，故太陽經受邪，則見頭項強，腰脊痛等證；足陽明經起於鼻梁凹陷處兩側，絡於目，並從缺盆下行經胸腹，循行於人體之前麵，故陽明經受邪，則見目痛，鼻幹、麵垢等證；足少陽經起於目外毗，上抵頭角，下耳後，入耳中並從缺盆下行胸脅，循行人體之側麵，故少陽經受邪，可見胸脅若滿”、兩耳無所聞、目赤、胸脅若滿等證。三陰病屬裏證，其經絡所反映的證候雖不像三陽經那麼顯著，但其所表現的某些證侯，如太陰病的腹滿痛；少陰病的咽痛、咽幹；厥陰病的頭項癰等，均與其經絡循行部位有關。
六經辨證與經絡辨證又有所區別，經絡辨證，主經是根據《靈樞·經脈篇》所載十二經脈的病證。六經辨證之“經”字除了代表六經所係髒腑及其陰陽、氣血、營衛外，還代表六經之“經絡”，六經辨證是綱，經絡辨證為目，經絡辨證是六經辨證的物質基礎之一。六經辨證的經絡辨證，大多是髒腑或營衛病理變化於臨床上的反映，並未完全著眼於經絡循行路線上的經絡發生病理變化。如：“經脈動惕”、“筋惕肉瞤”、“肺俞、肝俞”等。六經辨證為經絡辨證奠定了理論基礎，經絡辨證之法可遵六經辨證之理。按照六經統八綱的準則，審辨經絡病證的寒熱虛實；按照六經統髒腑的法則，審明經絡病證所係的髒腑。可見，六經辨證理論可使經絡辨證更加完備。六經辨證與經絡辨證是所統所隸之關係，而不是等同的概念，《傷寒論條辨》說：“六經之經與經絡之經不同，……猶部也。若以六經之經，斷然直作經絡之經看，則不盡道，惑誤不可勝言，後世謬化，蓋由乎此。”
第七節 病因辨證與六經辨證
病因辨證方法，在六經辨證的內容中，設計範圍相當廣泛。《傷寒雜病論》提出疾病發生的原因，“一者經絡受邪入髒腑，為內所因也；二者四肢九竅，血脈相傳，壅塞不通，為外皮膚所中也；三者房室、金刃、蟲獸所傷”。在強調“遭邪風之氣，嬰非常之疾”的外因說同時，更注意強調內因，認為“不固根本，忘軀殉物，危若冰穀”。而其三因說則奠定了病因說的基礎。對於外在六淫之邪的辨證，六經辨證中已具備了後世病因辨證的雛形。起到了承前啟後的作用。
現在的“辨證求因，審因論治”的病因辨證，隨著病因學說的發展而有所發展。宋·陳無擇在仲景病因學說的基礎上，重新論定了“三因說”。隋·巢元方的《諸病源候論》對病因學說也做出了巨大貢獻，因此，現在的病因辨證，不僅有係統的六淫辨證，而且充實了情誌勞逸飲食等內容，是在六經辨證上逐步發展而臻於完善的。