特拉福特在3月份簽了合同。他的附加條件是該片必須在8月份完成，因為那時他將要去拍攝《愛女人的男人》。由於他的英語比他演《以晝為夜》中的角色時說得還差，一個翻譯的角色被加進了影片。鮑伯·巴拉班在劇本中沒有這一角色的情況下扮演了這一角色。“沒人會去讀劇本，”負責演員的導演朱萊特·泰勒認真地說。當影片中的情節發展又需要一個精通地圖的人時，巴拉班又變成了製圖員，這些無規則的變化看上去卻挺讓人信服。評論家詹姆斯·蒙納克說，《第三類接觸》的拍攝秩序混亂，錯誤百出……但它卻似乎安然無恙。”
為了這部影片的特殊效果，斯皮爾伯格再次請出道格拉斯·特朗布爾，但即使這樣仍不能完全消除斯皮爾伯格的疑慮。特朗布爾曾希望當個導演，也曾於1971年拍過一部頗受好評的影片《沉默的賽跑》，然而，當他參加了《2001年：太空旅行》的拍攝後，他就永遠被罩在了庫布裏克的傑作的陰影中。影片開招前與拍攝中，斯皮爾伯格反反複複地琢磨每一個拍攝細節，整個《第三類接觸》的工作隊伍也都同樣盡職盡責一絲不苟。按特朗布爾的話說，這裏的一切“緊張而簡單。”
斯皮爾伯格對待那些外星人就像當年庫布裏克那樣小心翼翼。他的這些大眼睛、禿頭禿腦的家夥除了特寫鏡頭外都是由戴著麵具、穿著四輪旱冰鞋的不到10歲的小姑娘裝扮的，這件事應大大歸功於庫布裏克影片結尾出現的那個太空孩子。在意大利人卡羅·拉姆貝爾迪把出現在航空母艦上的那些細長的類人動物拿來之前，這裏的人拿著洋娃娃和機械木偶足足試驗了幾個月。這些橡膠材料做的、大眼睛、無毛發、無凸出的鼻子和耳朵的外星人，是工作人員根據1974年撞落在新墨西哥羅斯威爾地區的飛碟的照片綜合加工後製成的，這些照片上有一些東西人們推測是外星人的遺骸。製作外星人的靈感還來源於一些有關外星人屍體標本的膠片，這段私下流傳的14分鍾的短片名義上是從美國軍方拍的16毫米的膠片上轉錄下來的，1995年當這個短片在全世界的電視上放映後，人們普遍認為它是偽品，然而在70年代，它卻在信仰者中享有一種近乎神聖的地位。
一開始涉及場地問題，斯皮爾伯格的腦子裏就出現了庫布裏克影片中那些立在渺無人煙的荒漠中的石頭，為了避免勾起觀眾煩人的比較心理，他把他的場地安排到了山上。德·帕爾馬勸他說：“你該找個最不尋常的山，你不能用人們一看上去就認為是自己曾到過的那種山。”經過幾番挑選，他放棄了俄勒岡的“船石”山，也放棄了一些容易被認出來的山穀。喬·阿爾威斯最後發現了魔鬼塔的拍攝地，它是位於懷俄明的一座熄滅了的火山，865英尺高。
在好萊塢，幾乎找不出能讓外星人的航空母艦著陸的半塊場地。在這裏可以圍起的最大空間就是一些用於軍事方麵的不太正規的機庫。它對劇組人員來說實在是太偏遠了。最後，喬·阿爾威斯在阿拉巴馬靠近莫比爾平坦、潮濕的海灣處找到了一處不太偏遠且還算方便的地點。在這裏最大的一座機庫是450英尺長，250英尺寬，90英尺高，它足以滿足阿爾威斯“頂峰”高速路那場戲對場地的需要。德裏福斯、迪龍和一群鐵杆兒的飛碟信仰者在這兒第一次看見了宇宙飛船，它是在魔鬼塔後麵被人們叫做“月亮背麵”的山穀中著陸的。
《第三類接觸》作為一部具有著巨大的視覺藝術魅力的影片，幾乎沒有在拍攝風格上下什麼功夫。由於這個原因，斯皮爾伯格害怕人們會拿它來與《星球大戰》相比。斯皮爾伯格說：“我的影片講的是來地球定居的事，而不是外星上的事，是關於郊外的一次極不尋常的接觸。它並沒有刻意去表現攻擊的場麵。(他在評論《侏羅紀公園》時也曾說過同樣的話：“它不是科幻，而是科學現實。”)
在當時印度的夜空下看航空母艦的外觀，似乎比它在外層空間給人的印象還要深刻。該片巨大的廣告海報的畫麵是一條通向山嶽的路，山嶽後麵有一種神奇的、不可能屬於這個世界的光芒灑滿整個夜空。海報上幾乎沒有一點兒現實生活的色彩，也沒有任何類似“我們並不孤單”的廣告台詞。《第三類接觸》和《2001年》兩部影片中最打動人的地方不是特技，而是那些對現實世界日常生活的富有想像力的鏡頭。庫布裏克使他的飛船就像美國潘興航空公司的飛機，飛行起來就像在跳著約翰·施特勞斯的華爾茲。斯皮爾伯格的飛船相比之下像個冰激琳筒，它被人們叫做“四分之一磅”，這是一種麥當勞漢堡包的名字。斯皮爾伯格經常讓外星人充當一種對現實生活的嘲弄者，他們調皮地開燈關燈，毀壞屋中的一切，強取冰箱中的食物，他們甚至像輕浮的少年車手一樣在馬路上疾駛，招致一隊隊警車在後麵追趕他們。特拉姆貝爾沒有忘記庫布裏克影片中一些技術方麵的經驗，他的影片中鮑曼在失重狀態下圍著宇宙飛船的外牆行走的鏡頭被斯皮爾伯格配上了對兒。他的作法是用“大轉筒”來表現當外星人的飛船在尼瑞頭上經過時，尼瑞瘋狂地開著汽車狂奔的鏡頭。他讓汽車和攝影機同時與轉桶中的固定物逆時針保持90’角，這樣汽車內的工具和抽屜裏的雜物便飛了出來，從而表現出了一種失重效果。後來他也將這一手法用在《搶劫約櫃的人們》一片中。
3月份，拍攝場地搬到了莫比爾，斯皮爾伯格接受了他拍《大白鯊》一片時的教訓，把特技鏡頭一直放到最後才拍，新聞界一律被嚴格地拒之門外。《第三類接觸》的拍攝情況是好萊塢保護得最好的秘密。
莫比爾成為徹底與世隔絕的密封拍攝場。演員和劇組人員工作、吃飯，有時甚至睡覺都在這個憋悶的機庫中，足以夠30多個房間使用的空調設備也無法使人適應這裏的一切。劇組時不時會出現在莫比爾較偏僻的地方。有位劇組成員歎息說：“我不是說它不是一座好城鎮，我隻是希望條件再好一些。”沒有人能在沒有證件的情況下走進現場，甚至包括斯皮爾伯格自己，如果他忘了帶證件，也會被禁止人內，他隻好住在現場外的汽車房中。劇本隻印了幾份兒，隻發給需要知道內容的人。多數演員隻能得到有關自己那部分的台詞本，其餘的台詞都被黑布遮蓋了起來。這裏還特意為拍特技的那些被蒙在鼓裏的人們留出了房間，許多次要的演員甚至不知道影片的內容是什麼，所以嗅覺敏銳的記者們經常會被某些對影片情節的議論引錯了方向，但也有些摸對路子的。
煩躁的特拉福特要求在工作場地內為他專設一間辦公室，他每天用6小時時間寫出了他的新片於《愛女人的男人》，甚至還寫出了下一部也是最後一部影片《綠房子》中的一部分。當他看到斯皮爾伯格的思路受到局限時，他就把自己那部分對白重寫一下，或給他在巴黎的朋友寫上幾封信。他坦率地對他們說，他發現斯皮爾伯格是位罕見的天才，他幽默、有耐心，而且在他身上還有一種無法遏止的熱情。“這個飛碟片對他來說至關重要”。他告訴塞格·羅賽奧，“這是他正在實現的一個童年的夢。”
另一方麵，他認為這部影片在煞費苦心的技術手段操縱下，幾乎沒有一點理性的說服力，他也忍不住跟斯皮爾伯格說過。他告訴斯皮爾伯格：“為了當好一個講故事的人，你必須要有生活，如果你的故事與生活無關，那你充其量不過是個非常好的手藝人。”很多年以後，斯皮爾伯格在這方麵有了很大進步，他認識到特拉福特是對的。特技福特觀察了斯皮爾伯格與戈裏·戈菲的合作後，又提出了一個很重要的建議：“你該拍個兒童片，”他說，“因為你自己就是一個孩子。”這番話就這樣成了《E.T.外星人》的萌芽。斯皮爾伯格大概沒有意識到這位法國先生曾經給許多人提過建議，他深深地被特拉福特的勸告所感動。鮑伯·巴拉班回憶說：“我在特拉福特身邊呆了9個月，他告訴我，作為一個導演，你最好把精力集中在你真正感興趣的東西上，因為每個電影都將拿走你生命的一部分，生命是短暫的。他說他所在乎的就是男人、女人和孩子們之間的關係。”
除了哥倫比亞董事會那些忐忑不安地一趟趟到莫比爾來監督和證實他們的錢沒被浪費的成員以外，來現場最多的還有艾米·歐文、羅伯特·劄梅其斯和鮑伯·蓋爾，他們拿著當時被叫做《升起的太陽》，後改為《1941年》的本子定期來到這裏找斯皮爾伯格商討。斯皮爾伯格參加了8天全天的拍攝導演，夜裏，他感到自己“被這個瘋狂的劇本無法抗拒地拖到了大街上。”為了調動想像力，他們幾個看了許多有關二次世界大戰的紀錄片。盧卡斯的《星球大戰》中曾用過的幾個表現太空大戰的鏡頭就是從戰時飛行紀錄片上錄製下一些動作鏡頭。這些陳舊的影片中的真實人物雖說不能完全卻也基本上都能從《1941年》中看到自己的影子。與《1941年》最相像的一部影片可算是斯坦利·克拉摩爾1963年的那部《這是個瘋狂的世界》。
朱麗婭·菲利普斯的脾氣越來越壞，並常常由於生活中的壓力和可卡因的緣故產生一種偏執妄想，她鄙夷地稱劄梅其斯為“小東西”，她絕望地感到斯皮爾伯格正默默地建起他自己的相互信任的合作圈兒。在這個圈子裏她和其它製片人將毫無位置。特拉福特也讓她生氣，她固執地認為他的耳聾是裝出來的，而他也認為她是好萊塢的妓女。朱麗姬同樣不歡迎歐文，她似乎逐漸成為斯皮爾伯格生活中不可缺少的人物，而且她在操縱個人感情方麵並不是那麼不在乎。朱麗婭猜想她一定是善於算計和耍手腕的人。她說：“每次當艾米擔心失去史蒂文時，她就會用痛哭流涕地認錯這招兒。”
斯皮爾伯格對菲利普斯就像對他事業中所有女人一樣，會不加思索地把她用做緩衝器。菲利普斯說，斯皮爾伯格甚至哄騙她說，一旦這部片子拍完，他就會忘掉與歐文同居的議協，這協議是歐文提出的建議。在這支逐漸壯大的女人隊伍中，朱麗婭屬於斯皮爾伯格圈內的人。她就是斯皮爾伯極小時候所熟悉的那種典型，就像她的母親和妹妹們，她們隻忠於他本人井全身心地保護他，使他遠離外界的傷害。她對他來說既是女人又是製片人，這些都是最最基本的關係。正是她勸說斯皮爾伯格出錢買了那套新房。他們也都欣賞朱麗婭在黑暗的車中動手動腳或是給個小吻之類的把戲，以此來活躍氣氛。斯皮爾伯格對她的責任就是盡力遏製她日益增長的毒癮。
其實重要的是朱麗婭教會了斯皮爾伯格製片，然而，如果斯皮爾伯格能把電影簡單地看做是一個事件，而菲利普斯能把電影看作一種商品就好了。就拿迪斯尼來說，好萊塢的製片廠經常乞求商業部門使用它們的名字和標識，因為這樣能促銷這部影片。《大白鯊》一片刺激了與之相關的副產品的瘋狂銷售，如T恤衫、雜誌、小說，卻沒有什麼能再付給製片工作一些回報。
菲利普斯為《第三類接觸》的相關商品簽了一份有利可圖的協議。《第三類接觸》之後，斯皮爾伯格與洛杉礬商人山姆·格羅斯曼為經營《1941年》和其他一些影片的副產品成立了“娛樂商品公司”，阿姆伯林市場部門成為最大的獲利者之一。幾年之中，他們都給所有銷售標有他們的電影名字的貨品的導演們6％一10％的折扣批發價。這些貨品有棒球帽、沙灘浴巾、塑料玩具、跳棋、漢堡包、軟飲料、糖果等。僅這類生意算起來就讓他們賺了將近幾千萬美元。連菲利普斯都為副產品的規模感到驚訝。1991年，她抱怨道：“有時我想電影幾乎快成了搭賣品了，就像麥當勞免費贈送的小物品，這些附屬品帶來的錢比電影本身帶來的還要多。”50種帶有《E.T.外星人》標識的產品被允許銷售，到了《誅羅紀公園》放映時，產品類別總數已高達上千種。
5月25日，《星球大戰》發行前，盧卡斯頑強地挺過了最後幾個星期，這段時間裏他一遍遍地給朋友們看樣片。他說：“他們一致認為它是個災難。”但斯皮爾伯格說，是盧卡斯自己對該片最抱有懷疑，“在電影公映前我和喬治一起躲了幾個星期，他預計國內市場隻能收回1500萬美元的票房。因為他想他拍了一部沃爾特·迪斯尼式的影片，將對十幾歲以上的觀眾沒有什麼吸引力。”斯皮爾伯格比德·帕爾馬更欣賞這部影片。德·帕爾馬確信它將一敗塗地。在一次重要的晚宴上，斯皮爾伯格和《時代》雜誌的賈·科克斯坐在同一張桌旁，在德·帕爾馬否定它時，斯皮爾伯格卻一直對它讚不絕口。盧卡斯在一旁處之泰然地吃著。斯皮爾伯格理解，他當時似乎對此毫無反應的原因，是由於他在心裏徹底宣判了這部片子的死刑，於是他有意在影片發行的第一個星期就帶著馬西婭到夏威夷渡假去了。
1976年8月，所有在莫爾比工作的人都走了。特朗布爾開始為他的《未來將軍》添置宇宙飛船，並操縱著特技讓稀奇古怪的色彩聚集到阿拉巴馬的半空中。斯皮爾伯格沒有用盧卡斯影片中那種尖型的飛船，而想起了1972年他拍的影片《惡魔孽種》。影片中他曾使用了一種手段，透過窗戶拍攝窗外光環中的人體，使人體外形模糊不清，輪廓朦朧難辨。從宇宙飛船發出的光芒刺目耀眼，致使當外星人出現時讓人感到眼花潦亂。這種光在巴瑞被綁架時也出現過。斯皮爾伯格為了使影片更顯恐怖又重拍了這一幕。他讓室內空調窗的鏍絲自己慢慢脫落下來，一些神秘的東西也從煙囪裏掉下來。這種事的邏輯是很難讓人理解的，但這特技效果的確令人著迷。
這陣子哥倫比亞公司一直都在慌恐不安，該片預算已高達1900萬美元，約翰·米留斯悲哀地開玩笑說：“它既是哥倫比亞最好的影片，也是哥倫比亞最後的影片。”在這部影片賺錢之前，也就是收回1。33億美元純利之前，製片廠要拿走5000萬美元的利潤。甚至在影片放映之前，他們就希望影院老板們作出支付2400萬美元利潤的保證，他們要求紐約每家電影院至少從12周一輪的門票收人中上繳15萬美元。但沒有一家影院表示同意。每家電影院為上映該片需要交納2000美元的稅。許多電影院老板出於對12周影片公映的緊張感給哥倫比亞公司施加壓力，要求11月中旬就允許他們上映該片，聖誕節前讓影片有機會形成一定的輿論。製片廠同意了，卻遭到了斯皮爾伯格的反對，他不滿地說，人們從不讓他按照他所需要的時間完成他的影片。
後來成為製片負責人的丹尼爾·邁爾尼克看完樣片後告訴斯皮爾伯格，《驅魔計》由於後來加了邁克斯·翁·希多在伊拉克沙漠中遇見魔鬼的情景作為片頭，而使票房收人大大增加了。這個片頭是很久以後才被加上去的。《第三類接觸》也同樣可以這樣。後來邁爾尼克親自去董事會要求他們拿出400萬美元去拍片頭以及更多的異國情調的鏡頭。
1977年2月，在邁爾尼克一心想著一個可能的新增情節時，斯皮爾伯格去孟買拍當地人的鏡頭去了。在那裏，斯皮爾伯格重現了當地人與外墾人的“接觸。”工作人員發現與這些群眾演員一起工作簡直是場惡夢，他們不僅記不住那5個主要音符，而且他們也無法在調查局問他們音樂從哪兒而來時，整齊劃一地用手指向天空。這次拍攝使斯皮爾伯格對需要附加的情節有了一種靈感，當他經過燈火通明的煉油廠時，一個鏡頭浮現在他的腦海中，在舊金山山穀林園的一片水域的倒影中映出無數燈光，一個外星人的航空母艦就在這裏顯現。
朱麗婭·菲利普斯吸毒的問題現在已眾所周知，加上電視台一些不負責任的記者對她顯然處於恍惚狀態下所進行的采訪愈發加重了她的痛苦。在從印度回來的路上，斯皮爾伯格不得不盯著她把那些昂貴的毒品從廁所馬桶中仲下去，他可承擔不起在她回美國的路上被抓起來的罪責。《西海岸》雜誌編輯傑弗·沃爾克在拍攝即將結束時采訪斯皮爾伯格，他無意之中提到了卡羅斯·卡斯坦達吸毒的問題，斯皮爾伯格迅速而謹慎地否認了此事，“他絕對想讓大家知道這點：他從不沾LSD，他從不吸毒，這對於他拍片子、對於他的藝術感覺都沒有好處。”
為了這個新開頭，斯皮爾伯格又寫了幾個亞馬遜印地安人在森林中發現第二次世界大戰時的飛機的鏡頭，但是在接受了許多人的勸說後，他又改變了主意，把拍攝場地定在了墨西哥的索諾拉。5月，特技福特和巴拉班再次被召集到莫哈韋沙漠米拉格湖，就在這裏勒科姆發現了若幹第二次大戰時的飛機，這些飛機奇跡般地保留著30年前它們飛向百慕大三角洲時的良好狀態。
約翰·威廉姆斯的音樂使《大白鯊》獲得了極強烈的效果，但斯皮爾伯格這次不打算過多地用他。《第三類接觸》沒有像《星球大戰》那樣采用威廉姆斯的鋼管樂器和打擊樂器，而幾乎都是些喇叭和弦樂演奏的令人迷惑不解的伯納德·赫爾曼風格的音樂，它時而由弱見強，時而嘎然而止，時而起伏跳躍，有如一個人表現出的驚喜情緒，最引入注意的音樂主題是外星人的5個音符，它們是斯皮爾伯格花了整整一天時間從威廉姆斯的鋼琴上找出來的。他不想讓它聽上去像門鈴聲，但後來仍給人這種感覺。羅傑·摩爾將它用在影片《探月號太空船》中，威爾茅斯·茲格蒙德也曾將斯皮爾伯格這種敲鍾般的音樂修改一番後放進了他的樂曲。
在這個階段，斯皮爾伯格給自己成長的曆史故事中多加了一段出彩的軟事。一天他注意到了一個順腆的13歲男孩在拍攝現場上徘徊，於是便給了他一聽可樂，並知道他叫派特裏克·萊德·喬森，來自伊利諾斯的沃茲沃斯，他不停地用8毫米的攝影機自己拍電影，他的母親出於對他這種對電影如癡如醉般迷戀的無奈，給《美國電影攝影》雜誌編輯赫伯·萊特曼寫了封信，請求他領這孩子參觀一下好萊塢。萊特曼帶著派特裏克來到《第三類接觸》的現場。斯皮爾伯格對此印象很深，他邀請他看了《星球大戰》的試映。(喬森後來成為一個特技技術員。1980年，斯皮爾伯格說迪斯尼發行了他的第一部影片《太空侵略者》。)
斯皮爾伯格對《第三類接觸》沒有因為它在某方麵與《星球大戰》相似受到幹擾而感到十分高興。這部片於愈發鼓勵他去拍那種與《星球大戰》浪漫色彩所不同的現實性影片。他有意把尼瑞和他妻子長時間爭吵的鏡頭留在影片中，還把尼瑞在他工作的發電站見到魔鬼塔的鏡頭保留了下來。尼瑞在發電站見到魔鬼塔後，魔鬼塔的樣子深深印在他腦海中，他弄亂了自己家的和鄰家的院子，在起居室裏建起了一個魔鬼塔模型。
5月，盧卡斯夫婦為了躲避《星球大戰》成敗不明的公演所可能帶給他們的死亡地般的痛苦，一起去了毛伊島。就在它大獲成功之勢逐漸明朗時，斯皮爾伯格和艾米也離開了枯燥乏味的監督特技拍攝的工作，休了一星期假。就在莫納克亞的沙灘上，他與盧卡斯商討了《奪寶奇兵》，並計劃了他們的基本商業戰略。這之後，斯皮爾伯格回到洛杉磯，回到最後也是最讓人傷腦筋的製作過程中去。再對影片做些小改動後就準備發行銷售。看過《第三類接觸》的人，沒人懷疑它是一部傑作。拍攝工作的最後一天，德裏福斯找到斯皮爾伯格，並坦白地告訴他：“這是我一生中最可怕的經曆，但是多謝你了。”