萬曆十七年〔1589年〕正月，總督劉繼文發兵征討，雖然李茂被擒，但其餘黨卻“揚帆入海，襲破清瀾城，又犯萬州、陵水，毀民居及兵船商舶”。雖然明廷以強大兵力殲滅了李茂一夥，但海南海盜活動並未平息。僅崖州一處，萬曆三十一年〔1603年〕二月，有賊突入大蛋港，燒毀兵船二隻，劫掠民財。直到崇禎十五年〔1642年〕，閩人林八等作亂，不僅攻劫崖州港番人塘等村，甚至崖州州守瞿罕亦在途中遭林八伏劫。
明朝倭寇犯瓊17次之多
倭寇。從字麵上解釋，倭寇是指來自日本的侵略者。前期的倭寇，是以日本人為主體，故被稱為“真倭”。然而後期倭寇所指的已包括由日本人和南方中國人所組成的海盜集團。
在明朝兩百多年的時間內，犯瓊倭寇活動見於《瓊州府誌》記錄的有17次之多，如：1378年4月，倭寇侵犯儋州沿海鄉村；1386年5月，侵犯儋州、新英、洋浦等港；1387年，侵犯海口；1411年，侵犯昌化；1433年，侵犯儋州；1434年，入據清瀾；1491年，侵犯陵水；1503年，劫掠東路洋麵；1517年，又侵犯澄邁、臨高，為明軍擊退；1558年，侵犯澄邁調陳等港；1571年，侵犯臨高、海口；1572年初和海盜一起進犯；1573年，倭寇從海北抵新浦，為明軍所獲。上述倭寇的活動以永樂九年（1411年）的侵犯特別慘重：“倭攻陷昌化，指揮徐茂領軍戍守，千戶王偉戰歿，軍士死傷甚眾，城中人口、食糧、軍器皆被劫掠”。
番寇。特指來自東南亞一帶的海盜。明清時代，從南洋來的番寇也不斷侵入海南騷擾。其時番寇經常登陸地點是崖州、萬州、清瀾等處。如：“弘治七年〔1494年〕，番賊於東三所擒擄人船”。此東三所，就是指明朝在海南駐軍的清瀾千戶所、萬州千戶所和南山千戶所。尤其崖州之榆林港，每當“東南風發，時有大泥（在今泰國南部）諸番沿海登岸搶奪濱民”；正德十四年〔1519年〕，“勃泥（在今文萊國一帶）番入寇，登榆林港。知州陳堯恩，指揮穀正春等督軍，斬獲羅朝田等二十四人”。
此外，安南番寇也常劫掠海南，如成化七年〔1471年〕六月，“有交人駕使雙桅大船越過海南偷撈珠池，劫掠客貨，及濱海瓊、雷等府亦各奏，海賊不時登岸殺掠人畜”，等等。
據海南地方誌記載，從清朝至民國初期，侵擾海南沿岸及周邊海區的海盜活動依然猖獗。《瓊州府誌》記錄發生在順治八年〔1651年〕至嘉慶十五年〔1810年〕間，海南各地發生的海盜事件就有24起。《崖州誌》記載從1658年至1865年間，僅崖州地區發生的海盜事件就有10多起。