本區東部除盆地周圍山區尚保存部分天然次生常綠林外，盆地和丘陵多人工竹林及“四旁”散生樹木。許多地方天然林和人工林相間分布。常見樹種有杉木、馬尾鬆、柳杉、巴山鬆、岷江柏木等，較高山地分布有岷江冷杉、油麥吊雲杉、鐵杉、紅豆杉。闊葉樹種很多，分布較廣的有楠木、樟木、木荷、青岡、峨嵋栲等。珙桐、水青樹、連香樹等珍貴樹種為本區特產，經濟樹木、竹類和幹鮮水果尤為豐富。
本區東部曾是我國曆史上優良樹種——楠木的主要產區，也是各種優質藥材的產地。由於舊中國取用無度，逐漸衰落。近年有關部門計劃將盆地周圍山區建成一個新的用材林和特用林生產基地。
本區西部包括邛崍山係和大渡河、安寧河、雅礱江兩岸，山地切割劇烈，山高穀深，相對高差大。穀底平原一般海拔2,000米左右，上部多為5,000米以上高山。貢嘎山主峰高達7,569米，為本區最高峰。本區優勢樹種有長苞冷杉、蒼山冷杉、油杉、雲南鬆、滇青岡、高山櫟、高山栲等。天然林成熟林麵積占總麵積的49%，蓄積量占總蓄積量的79.6%。五十年代後期，國家陸續在此建立林業管理機構和森工企業，對本區森林資源進行經營管理和開發利用。
（二）雲南林區。本區包括南亞熱帶、熱帶兩個氣候帶和3個氣候區。西北部分為怒江、瀾滄江、金沙江上中遊的橫斷山脈。高山深穀與川西相似，因地勢較高，又兼受東南季風和西南季風的影響，年溫差小，夏季不熱，冬季不冷，最高溫度一般不超過22℃，最低0℃上下。年平均降水量800毫米，有明顯的幹濕季。主要針葉樹種有長苞冷杉、蒼山冷杉、油杉、雲南鬆，闊葉樹種有滇青岡、高山櫟、高山栲等。海拔3,000米左右山區的成林樹種有鐵杉、黃果冷杉、華山鬆等。3,500米以上的山區有麗江雲杉、大果紅杉等寒溫性針葉樹種，闊葉樹除櫟類外，主要有紅樺、潤楠、木荷等多種。
滇中南部年平均氣溫18℃左右，年降水量可達1,400毫米。主要樹種有雲南鬆、思茅鬆，較高山地有雲南鐵杉生長。本區通常伴生闊葉樹種有思茅栲、小苞石櫟、小果栲、元江栲、滇青岡、紅木荷等。山地鐵杉混交林中有木蓮、石櫟、紅木荷等。瀾滄江的幹熱河穀常有楹樹、火繩樹、木棉、重陽木、滇欖仁、毛麻櫟等分布。
滇南熱帶季雨林區，包括本省南部的元江、把邊江、瀾滄江下遊和西雙版納自治州。氣候暖熱，年平均溫度20—23℃，最低5℃以上。全年降水量東部達2,000毫米，西雙版納1,200—1,500毫米，地形雨充沛，雲霧多，濕度大，屬季雨林和半常綠季雨林地帶。東部金平、河口海拔1,000米以下地帶分布有以東京龍腦香為主的熱帶季雨林。西部800米上下地區分布有以望天樹為主的熱帶溝穀季雨林。西部海拔900米上下的盆穀地區還分布有高山榕、麻楝等組成的半常綠季雨林。此外，芒果、龍眼、荔枝等多種熱帶水果在本區分布廣泛。
（三）西藏林區。西藏大部分地區不能生長樹木，全境海拔4,200米以下地區隻占12%。森林資源主要分布在橫斷山脈西部和雅魯藏布江下遊的察隅、波密、墨脫、林芝、米林、朗縣、昌都、左貢、芒康等縣。這裏山勢高峻，地形複雜，水熱條件差異較大。年平均溫度—1—22℃，年平均降水量500—1,000毫米。在不同自然條件下分別分布著低山熱帶季雨林、山地亞熱帶常綠闊葉林、山地亞熱帶和溫帶鬆林、亞高山寒溫帶雲杉冷杉林、高山灌叢疏林等不同林帶。現有森林632萬公頃，蓄積量14億立方米，在我國各省、自治區中，森林麵積占第六位，蓄積量占第二位。
本區木本植物有100餘科、1,300餘種，其中裸子植物有8科、16屬、40種以上，屬於本區特產的有15種。成林樹種中以雲杉、冷杉占優勢，常見有喜馬拉雅冷杉、長苞冷杉、麗江雲杉、川西雲杉、喜馬拉雅雲杉、大果紅杉、雲南鐵杉、喬鬆、雲南鬆、華山鬆、高山鬆、巨柏（雅魯藏布江柏木）和大果圓柏，分別構成不同氣候帶森林的建群種。其他針葉樹如長葉鬆、長葉雲杉、油麥吊雲杉、墨脫冷杉、穗花杉、紅豆杉、羅漢鬆、粗榧等在局部地區呈群狀分布，或零星生長在混交林內。本區闊葉樹種十分豐富，有由楊柳科、杜鵑科、樺木科、槭樹科、薔薇科等組成的落葉闊葉林，也有由山毛櫸科、樟科、木蘭科、山茶科、楝科等組成的常綠闊葉林，還有由使君子科、龍腦香科、番荔枝科、天料木科和多種竹類組成的低山河穀熱帶季雨林。森林中有大量速生、優質的用材樹種和珍貴的經濟樹種，是我國西南地區的寶藏。
西南林區森林單位麵積蓄積量高，生產潛力大。據調查，本區每公頃林木蓄積量達158.8立方米，為全國每公頃林木蓄積量的1.7倍。每公頃蓄積量1,000立方米上下的林分，在雲南的維西、中甸和西藏林區都能見到。在西藏墨脫、察隅、波密的原始林內發現有每公頃2,000立方米的林分。據南京林學院徐鳳翔實測，波密崗鄉穀地林芝雲杉林每公頃蓄積量2,000立方米以上，最高達3,500—3,800立方米，第一林層平均樹高67米，平均胸徑110厘米，最大樹高72米，胸徑230厘米，最大單株材積130立方米。全區樹種多種多樣，珍貴樹種較多。針葉樹中的雲杉、冷杉、柏木和闊葉樹中的楠木、樟木、紅椿、鐵刀木、天料木、香椿等，都是用途廣泛的優良用材。本區林木生長迅速，雲南鬆、思茅鬆在適生地區30年成材，每公頃蓄積量可達200立方米以上。四川柏木60年就能成材。闊葉樹生長更為迅速。如察隅山地亞熱帶的榿木、樺木和幾種楊樹，20年生平均高達25米，直徑30厘米，單株材積達0.8立方米，說明本區森林具有很大的生產潛力。
本區森林資源豐富，成熟林比重大，亟待開發。據調查，在西南林區，用材林麵積占森林總麵積的77.8%，蓄積量占總蓄積量的82%。用材林中成熟、過熟林麵積占45%，蓄積量占75%，幾乎都在西藏林區。新中國成立35年來，國家雖然已在四川、雲南兩省設置林業企業40個，但是每年最多隻能生產木材500—600萬立方米，其中約有20%調出支援外省、自治區。由於這些森林資源大都集中在邊遠地區，交通困難，運輸不便，大部分沒有開發利用，而現今森林采伐隻局限於林區邊緣的交通方便地區，以致有些地方出現過伐現象。
長江、瀾滄江、怒江、雅魯藏布江等河流發源於本區，為了國家和人民的長遠利益，保護好河流上遊的水源林極為重要。七十年代中期本區一些河流上遊地區的過量采伐導致長江的含沙量增加，引起科學界的呼籲和國家的重視。
根據四川、雲南等省森林資源清查資料分析，在森林資源消耗中，計劃內消耗僅占31%，其餘69%為計劃外消耗，兩者比值為1∶2.23。以一九七九年為例，兩省共產木材600萬立方米，按出材率70%計，消耗森林資源857萬立方米。加上計劃外消耗，全年實際消耗森林資源約2,800萬立方米，超過兩省森林資源總數的1%。由於資源消耗大，采伐地區集中，兩省森林麵積在一九七六至一九八一年6年內減少101萬公頃。