當時采取鼓勵群眾育苗的政策。一九五六年四月林業部、財政部聯合規定，農業生產合作社培育樹苗的收入免納農業稅。對種苗特別困難的地區，由國家適當資助。對某些缺少的樹種，采取貸種、貸苗、貸苗獎勵或有價供應等辦法解決，各地互通有無。在經營管理上推廣了當時湖北省省長張體學同誌提出的育苗要“四舍得”，即舍得土地、舍得投資、舍得勞力、舍得肥料的作法。同時，派出專人或聘請輔導員進行巡回指導，在國營苗圃開辦育苗技術訓練班，並采用召開小型座談會、組織觀摩交流經驗等辦法，對群眾育苗加強技術指導。這些政策和措施對於開展群眾育苗事業，提高育苗技術，加強苗圃的經營管理起了促進作用，並且收到了良好效果。
一九五九年底全國林業廳、局長會議提出林業建設“基地化、林場化、豐產化”的方針以後，社隊林場迅速發展，為開展社隊育苗創造了有利條件。許多地方由互助組、合作社育苗過渡到生產隊、組育苗和社隊林場育苗，並逐步發展成為縣（旗）、公社、大隊、生產隊四級育苗，開始走向就地造林，就地育苗。
這個時期國營苗圃的發展方向是以鞏固、提高為主，適當發展。主要任務是供應國營造林用苗、城鎮“四旁”綠化用大苗和資助一部分群眾造林用苗，對群眾育苗進行示範和技術指導。為此，各國營苗圃采取了一些措施，加強經營管理。一是對職工加強思想教育，民主建立苗圃管理委員會，吸收職工代表參加，發揮廣大職工的積極性、創造性。二是建立分區分工責任製，做到人人有專責，事事有人做。三是製定各項作業計劃和勞動定額，建立經濟核算製度，合理地組織人力、財力、物力從事育苗生產。四是貫徹執行育苗技術規程或操作細則，開展育苗試驗和技術革新，總結交流經驗，不斷提高苗木的質量和產量。六十年代初期，東北3省和湖南、山西等省對國營苗圃試行企業管理，相應地製訂了實施辦法，多數苗圃加強了計劃、財務、技術、勞動等管理。各地出現了一些經營管理好、苗木優質豐產的先進苗圃，如吉林省江南苗圃，遼寧省章古台苗圃、北鎮苗圃，湖南省祁陽苗圃等。直到現在，這些苗圃仍然保持著優秀水平和先進榮譽。
（三）大批苗圃則撤銷、轉向，育苗處於自流狀態。“文化大革命”期間，受到“左”的思想的嚴重幹擾破壞，大批國營苗圃被撤銷或轉向，成為機關、部隊的果園或副食品生產基地。幸存下來的苗圃，規章製度被廢棄，生產管理混亂。全國則撤銷、轉向的苗圃占原有苗圃數的30%以上，經營虧損的苗圃占一半以上。社隊育苗流於形式，處於無人過問的自流狀態。一般育苗保存麵積不到60%，出圃的合格苗木隻有額定產量的一半左右。
（四）振興發展，集約經營，建立育苗基地。黨的十一屆三中全會以來，黨和國家為發展育苗事業作了一係列指示和決定。一九八○、一九八一年中共中央、國務院先後發布《關於大力開展植樹造林的指示》和《關於保護森林發展林業若幹問題的決定》，一九八二年國務院發布《關於開展全民義務植樹運動的實施辦法》，明確提出一定要按照造林計劃選育良種，培育壯苗。要挑選熱愛林業的積極分子辦好社隊苗圃。國營苗圃要繁殖、推廣優良樹種，指導社隊育苗。為確保全民義務植樹所需苗木，各地應努力辦好現有的國營苗圃和集體苗圃，安排必需數量的土地和專業人員。凡是有條件的單位，都要積極自辦苗圃。
為了貫徹執行這些指示，發展育苗事業，一九八○年十一月林業部在湖北省鹹寧地區召開全國林業育苗經驗交流會，提出了“采用良種，培育壯苗，因地製宜，建立苗木生產基地，為植樹造林提供足夠的苗木”和“以社隊育苗為主，積極搞好國營育苗，鼓勵各行各業和社員個人育苗”的任務。會議評選出15個育苗先進縣、市和25個先進國營苗圃。一九八一年三月林業部、財政部聯合頒發《國營苗圃經營管理試行辦法》，對國營苗圃的性質、任務、經營方向、管理製度等作了明確規定，要求國營苗圃貫徹執行“以育苗為主，開展多種經營”的方針。國營苗圃的主要任務是：繁育推廣優良樹種，培育當地植樹造林需用的壯苗；開展科學實驗，提高育苗技術水平，並指導社隊育苗；在完成育苗任務的前提下，利用苗圃的有利條件，開展多種經營，增加收入，把苗圃經濟搞活。
各地國營苗圃通過整頓，明確了經營方向，健全了領導班子，重新建立了各項規章製度。到一九八一年底被撤銷的苗圃基本得到恢複，被迫轉向的苗圃也扭轉、端正了經營方向，有的省、自治區還根據需要新建了一批國營苗圃。遼寧省對國營苗圃推行“事業單位企業管理”和“財務包幹成本核算”的辦法，使大部分苗圃扭虧轉盈，提高了經濟效益。福建省69個國營苗圃中已有47個實現扭虧增盈，盈利36萬元；12個苗圃擴大育苗地525畝。建立時間不長的山東省肥城苗圃、冠縣苗圃和河北省臨西苗圃艱苦創業，以育苗為主，積極開展多種經營，實現了經費自給有餘。