他發現蘄蛇常在石南藤上活動。石南藤的葉子是橢圓帶尖的，嫩葉是紅色的，開白色小花，嫩葉和花都是蘄蛇喜歡吃的東西。每當捕蛇人發現蘄蛇，就先在它身上撒一把沙土，蛇就會馬上盤曲起來，伏在地上不動。這時，捕蛇人就用叉子叉住它，用繩吊起來，破腹去腸，再用清水洗淨，再用竹架支起來，最後把蛇盤成一團，紮縛好，用火炕幹。
李時珍還發現蘄蛇獨特的形態特征。蘄蛇身上的顏色是黑的，有白色花斑，肋下有二十四個斜方格的花紋，腹部還有佛珠似的塊斑，嘴裏有四個長牙。蘄州產的白花蛇即蘄蛇與其它地方所產的白花蛇不同：蘄地產的白花蛇炕幹後眼睛睜著，藥用效果高；別處所產的白花蛇幹後閉著眼睛，藥用效果不及蘄蛇。
就這樣，李時珍不畏任何艱難險阻，不斷進行實地考察，獲取了大量的第一手材料，這是許多人所無法比及的，也是他醫術高明的主要原因之一。
另外，李時珍非常善於思考問題，尤其遇到書籍中的論說與事實不符合時，還有幾本書論說有差異時，他會首先思考哪一個提法更合理？為什麼會各言其事？差別到底在哪裏等問題，然後展開實地考察，或到各地搜集資料，進行分析論證。
這樣，同樣一味藥，李時珍會千方百計地分析出它治療的根據，總結出規律來，這樣再舉一反三，他便會收集大量的材料，形成許多能藥到病除的方子來。
研究一味藥，他常常先分析藥效，然後親自實驗，所以許多藥渣他都能經過再次品嚐分析出到底含有什麼藥材，而且凡是他用的藥方，都是經過他反複試驗過、有十分的把握了才用。
隨著李時珍醫名的傳開，來找李時珍的病人越來越多，他接觸到的怪病、奇病也越來越多。李時珍非常注重經驗的積累。他將平時診治的醫案——記錄下來，收集成書，這就是《瀕湖醫案》。
《瀕湖醫案》記錄的，大部分屬於危重或疑難怪異的病症，它們往往經過了許多醫生之手，在群醫束手無策，而且許多藥都沒有辦法醫治的時候，李時珍不守俗套，另辟蹊（qī）徑，意外地使患者轉危為安。
一個男子患血尿，腹部脹痛難忍，以至於他唯一希望快快死了算了。李時珍為他切過脈，看了舌苔，了解了發病過程，用藕（ǒu）汁調血餘炭（頭發燒灰存性），令其口服，每次二錢。結果三日就血止痛除。
荊穆王妃胡氏有一次吃過蕎麥麵後，因為家裏的一些事而生氣，動了肝火，怒氣衝天。事後就覺得胃堵得要命，“胃脘當心痛不可忍”。請來醫生醫治，醫生用吐下行氣化滯等藥，想使她順氣，化解胃滯。可是藥一入口，就引起嘔吐，不能奏效，大便三日不通，當他們找到李時珍時，李時珍沉思了一會兒，忽然想起《雷公炮炙論》說：“心痛欲死，速覓延胡，”於是他分析了病情，於是開出藥方，用延胡索末三錢，溫酒調服下，胡氏服下藥後，不一會兒，就覺得胃舒服了，疼痛也減弱了，而且能吃飯喝水。過不多久，大便順暢了，疼痛立即停止了。
這樣的事例很多。當時，李時珍積累下各種醫治疑、難病症的過程，寫成書《瀕湖醫案》、《（kē）所館醫案》。這裏所記載的醫案具有很重要的臨床價值。
但是，由於當時的統治者不重視自然科學、科學技術知識，對於李時珍經過千辛萬難所積攢下來的各種臨床診治經驗並未給予很高的評價，也沒能當作知識寶庫給予高度重視，結果，這兩部書籍都已失傳。人們隻能從《本草綱目》的某些記載中，看見一鱗半爪。而就這些點滴的記載，也讓人驚奇於李時珍當時處理的病有多怪、難。
李時珍從小就很聰明，雖然體弱多病，但氣度不凡。在他晚年的時候，當他首次與王世貞見麵時，這位明代後期被譽為文壇盟主的王世貞便發現他相貌不凡，氣宇軒昂，才華橫溢，稱讚他是“真北鬥以南一人”。
李時珍家雖然幾代行醫，社會地位不高，但是，李家好學善施，在宗族和鄉鄰中聲望很高，與當時蘄州四大名門之一的顧家是同裏世交。顧問、顧闕（què）兩兄弟家富而儉樸，為官但是非常講究道德，而且博學勤思，名聲很好，在官場和民間都享有很高的評價。
李言聞由於博學經史，又精通醫道，對人孝義仁德，很受顧闕的敬重。當時，顧家兄弟在蘄州崇正和陽明書院講學，常常在他們家裏聚集一些有名的儒生，談古論今，討論學問。李言聞也常到那裏參與聚會，與顧氏兄弟結下了深厚的友誼。在李言聞去世的時候，顧闕悲傷痛哭，可見，他們之間交往深厚。
李時珍與顧問特別相知，兩人常在一起吟詩做對，討論理學問題。顧問是當時的理學名家，常常在陽明書院做講演。李時珍就程朱理學的許多問題，與他們進行探討，交往日益加深。
一次，顧問夢見與李時珍對詩。顧問與李時珍二人把酒小亭，望見渺渺遠山，顧問詩意大發，吟出一句優美雅致的詩句：“遠山隔林靜”，夢中的李時珍清風秀雅，從石凳上悠悠站起，遠望與天相接的遠山，欣然應答：“明霞對客飛”。從夢中醒來，夢中的情景久久不能忘懷。
第二天，顧問與李時珍見麵後，顧問便將夢中自己的詩句說給李時珍，結果李時珍對答與夢中完全一致。
可以看出，兩人相知相交，平日裏吟詩答對，議事談非的機會一定不少。
兩人的交往一直持續到晚年，而且晚年後，二人往來更加密切，同遊共議，十分投合。
當地還有一位姓赫的鄉紳也與李時珍交往非常密切，赫家私人收藏了大量的醫學著作，使李時珍有了更多的機會廣泛閱讀醫學書籍，並與他人展開討論。
由於李時珍醫術高明，名揚遠近，因而受到當地王侯和官僚的重視。荊穆王、富順王、都昌王和府縣衙門的大小官員，都經常請他看病。李時珍不奉迎權貴，不接受分外的財物，隻是嚴格恪守醫德，治病救人。治病不分貧富貴賤，有求必應。而且他非常同情貧苦百姓，治病常常不收診費，濟困扶危。常常連藥費也不要，而且還資助那些生活艱難的窮人，幫助他們度過艱難的災荒歲月。事後他不肯讓人知道。
大約在李時珍38歲的時候，在武昌的楚恭王朱英（xiān），聽到李時珍的為人和技術，對他十分讚賞，便聘請他當了楚王府“奉祠所”（掌管祭示禮節的官署）的“奉祠正”官職。因為李時珍醫術高明，又讓他掌管良醫所的事務（良醫所是專門負責王府宗親的醫療保健的），李時珍在楚王府任職幾年，他一邊給王府的宗親們治病，同時，他又惦記著窮苦的老百姓。
有一次，楚王的長子得了急病，突然昏厥，得了“暴厥症”，用現在的話來講就是抽風病，李時珍憑著高超的醫術，當時就把他救活了。
嘉靖三十七年（1558年），大約在李時珍41歲的時候，明朝皇帝命令各地舉薦醫學人才到北京太醫院填補缺額，楚王推薦了李時珍。太醫院是掌管醫政和為宮廷服務的禦用醫療機構。李時珍曾經擔任太醫院的院判，院判是京都太醫院負責人之一，為六品。
在京都太醫院期間，李時珍能夠有機會出入“壽藥房”和“禦藥庫”。這裏堆放著民間所見不到的藥材。有各地進貢的名貴藥材，還有國外進口的形形色色的藥材，這使他大開眼界。他帶著書上所發現的問題，以極大的興趣，研究這些過去沒有機會見到的藥材，進行鑒別和試驗，做了大量的筆記。
李時珍還想通過楚王府、太醫院供職的好條件，得到明朝廷的幫助和支持，用國家的力量實現他多年來的計劃，編成《本草綱目》這部醫學巨著。可是，當他滿腔熱忱地把修訂《本草》的建議提出後，不但朝廷根本不理，還被一些頑固守舊的人斥責為“擅動古人經典狂妄之極”，遭到粗暴的打擊和惡意嘲笑。李時珍依靠國家的力量修訂《本草》的希望破滅了。他非常失望，但是他仍沒有放棄編撰（zhuàn）這部醫學巨著的計劃，他要為這個世界做點有用的事。
當時的最高統治者是曆史上出名昏淫無道的嘉靖皇帝，他為了維持自己的尊位，篤信道教，熱衷方術，一生不惜耗費大量的金錢財物，進行齋醮（jiào）活動，以求長生之術。這樣他把大量的精力都放在企求長生不老的活動中，執掌朝廷大權的，不是皇帝本人，而是善於奉承討好皇帝、欺騙人民、貪汙腐敗的嚴嵩父子。在他們專權的時候，朝廷上上下下十分腐敗，官場裏一片烏煙瘴氣，貪汙受賄、諂（xiàn）媚討好成為風氣。就是太醫院這個清水衙門也不能例外。
這種情況，對於秉性正直的李時珍來說，是難以久處的。這樣，任職一年後，李時珍就托病辭職，回故鄉了。他要靠自己的力量來完成這一對於曆史和人生意義都十分重大的事情。
大約1561年左右，他回蘄州後，搬了一次家。新居在雨湖的北岸，地名紅花園，打開沿湖的一麵窗戶，湖光山色，一覽無餘，正是著書思考的好地方。
他本字東璧，從這年起，便起了瀕湖的別號，表示他對這塊地方的喜愛。他又引用《詩經裏“考（k5）在阿，碩人之”兩句詩的意思，在自己的門上題了“所館”三個大字，就在這所“所館”裏，《本草綱目》的編寫工作，又重新開始了。這時，他的父親李言聞剛剛去世。
從這以後，李時珍開始了細致而辛苦的編撰工作，同時繼續行醫，救人民於危難之中。
三、修訂本草功績不朽
李時珍修訂本草的誌願，是他行醫不久便確定的。
我國本草學有著悠久的發展史。
我國地大物博，曆史悠久，古代文化燦爛輝煌，令世界各個國家的人們驚歎不已。藥物學方麵的遺產也豐富多采。在很久很久以前，就有神農嚐百草的傳說。相傳，神農傳下的有365種本草。神農被認為是我國藥物學的始祖。《神農本草經》（簡稱《神農本草》是我國第一部比較完備的本草學著作。據考證，《神農本草經》並不是神農所著，而是漢代人假托神農之名問世的。《神農本草經》總結了我們的祖先世世代代遺留下來的許多醫療經驗和當時認識到的藥物365種。）
從漢代到明朝的一千五百多年中，隨著科學的發展，人們與疾病鬥爭的經驗日益豐富，本草學也日益發展、完善起來，在這段時間裏，曆代醫藥家又編纂了很多新的本草，數目不下二、二百種，大大地豐富了祖國的醫藥學寶庫。
南朝齊梁時期大醫藥學家陶弘景編寫的《神農本草經集注》，是一部很有影響的著作。《集注》將《神農本草》中所收載的三百六十五種藥物加以注釋和整理，又補充了漢、晉以來新發現的藥物三百六十五種，共收載藥物七百三十種。
唐高宗顯慶四年（659年），由大臣長孫無忌、李（jī）等領銜編纂、由蘇恭實際負責編著的《新修本草》宣告完成，並由政府在全國統一頒行。《新修本草》共收載藥物八百四十四種，是我國第一部官修藥典。
宋朝編撰了許多醫學書籍，有關本草的，影響較大的有劉翰、馬誌的《開寶本草》，有掌禹錫、蘇頌的《嘉祐本草》；最值得重視的是宋神宗元豐五年（1082年）由四川名醫康慎微所著的《經史證類備急本草》，簡稱《證類本草》。《證類本草》是我國當時最完備的本草學著作，一共收載藥物一千四百五十五種，同時附有藥方三千多個。
李時珍是一個喜歡讀書並善於思考的人。當他二十三歲科考失敗後，便一頭紮進書屋，研讀了大量的書籍，象《神農本草》、《新修本草》、《證類本草》這些醫藥類名著他都仔細地讀過。
後來，李時珍經過自己的行醫實踐以及所見所聞，漸漸地感到我國古來的本草同明朝當時的用藥的實際情況不完全符合，舊本草不隻是品種不全，而且還有許多錯誤。
就拿唐慎微的《證類本草》來說吧，這是當時醫藥界公認的“全書”。李時珍也非常讚歎唐慎微學問實在廣博。《證類本草》彙集了名家本草的藥物和民間許多的單方、驗方，使這些民間和古來的用藥經驗能夠流傳下來。這些功勞都是不可磨滅的。但是，李時珍也發現《證類本草》這部權威書籍存在著一些錯誤。
“本草”就是中藥。由於絕大多數中藥來源於植物，其中又以草類最多，所以中藥書都以“本草”命名，其實“本草”中包含有蟲、魚、鳥、獸、礦物等不同的種類。
可是，在《證類本草》中卻劃分的很混亂，生薑、山藥是兩種菜疏，《證類本草》卻把它們列入草部；檳榔、龍眼是兩種果子，《證類本草》又把它們列入木部。
還有《證類本草》有的地方把兩種甚至幾種藥混淆了。如把葳（wēi）蕤（ruí）、女萎二種藥草並為一條使用，這就是個差錯。葳蕤是一種矮小的多年生草本植物，開白色的鍾形小花，葉子象竹子，所以又名玉竹，是一種常用的滋補強壯藥。女萎，也稱萬年藤，莖長數丈，是止痢消食藥。可見，這兩種藥外觀與作用都是完全不同的，是完全不能混淆的。
其他本草書籍也有類似的錯誤。
如硝石與芒硝。硝石也稱火硝，它的主要成份是硝酸鉀。芒硝又名水硝，它的主要成份是含水硫酸鈉。但是曆代各家本草對硝石和芒硝的成份差別都弄不清楚，錯加注釋。
五倍子是一種用途廣泛的藥品，有收斂止血的作用，可治久痢脫肛、水火燙傷，也是當時的一種常用的解毒劑。但是五倍子究竟是怎樣形成的，大家都不是很了解。宋朝的《開寶本草》中說五倍子是草部；《嘉祐本草》的作者看到五倍子生在鹽膚木上，所以認為它是鹽膚木的果實，又把它歸入木部。李時珍發現了這兩種說法，發現它們都有一個不可回避的缺點，那就是，五倍子到底是怎樣形成的這一問題，哪一本書都沒有搞清楚。他對現有的答案很不滿意，認為不能因為這兩部本草都是很有名的就去盲目相信，而應該根據事實得出正確的結論。於是他花了許多時間觀察到了五倍子的形成過程。
他發現，五倍子是“（bèi）窠（ké）也”。蟲就是蚜蟲，五倍子是蚜蟲寄生於鹽膚木上而形成的。五倍子蚜蟲很象螞蟻，每年五、六月就開始在鹽膚木上活動，並漸漸在葉子間形成蟲癭（yǐng），也就是一些蟲囊，這些蟲癭開始時很少，漸漸長得堅硬起來。大的象人的拳頭一樣，小的象菱角，形狀有的圓、有的長，不很規則。開始時呈黃綠色，時間一長就變成紅黃色。綴在枝葉間，不細看，確實很象樹木結的果實。但是敲開它那又薄又脆的殼，就可以看到裏麵有許多小蟲。由此可見，它並不是樹木的果實。山區的老百姓采來五倍子以後都要先蒸熟，再保存、用藥等，防止時間長久了，蟲子會穿殼而出或者五倍子腐敗。
有的本草認為“黃精即鉤吻”，“旋花即山薑”。黃精是一種補藥，無毒，鉤吻卻有劇毒；旋花與山薑也是兩種不同的植物，分別屬於旋花科和薑科。這些東西怎麼可以互相混淆呢？
在曆代諸家的本草書中，這樣的錯誤不勝枚舉。李時珍越讀書，越發現這個問題的嚴重性，也便越想及早修訂《本草》，編撰出一本讓人信得過的《本草》來。
藥搞錯了，盡管醫生處方開得再好也還是不能治病，甚至會因此引起醫療事故。
李時珍的眼前時常浮現出那位漁夫老龐和他的妻子的樣子，因為藥局把“虎掌”和“漏籃子”兩味藥弄混了，差一點兒搞出人命來，幸虧李時珍發現的及時，才救了那位窮苦人的性命。而造成這樣事故的原因就是，藥書上說，漏籃子又名虎掌。把本來不同的藥等同起來。
李時珍想起有些方子治死人的慘痛教訓。一次，有個醫生給患癲（diān）狂病（即精神病）的人開了方子，其中有一味防葵，不料病人服後馬上就死去了。又有一個醫生給病人開了一種叫黃精的補藥，結果也吃死了。原來，藥書上把防葵和狼毒、黃精和鉤吻等同起來，而狼毒和鉤吻都是毒藥，這樣不僅不能鎮靜和大補，相反卻會導致人死去。
李時珍記起自己二十歲時的那場病，骨蒸病糾纏了他很久，而按照藥書上說，柴胡和麥冬可以潤肺治寒熱，父親為了止住他咳嗽發熱，就曾用了不少這樣的藥，結果都不見效，還是後來父親改用黃芩（qín），才治好了他的病。而黃芩為什麼能治這種病？藥書上並沒有提到。
這樣看來，老是照藥書上說的去用藥，不是要出更多的亂子嗎！
李時珍深知病人們的痛苦和期盼，他立下宏願：我一定要把古代傳下來的藥書，好好整理一下；把其中的錯誤改正過來，把沒有提到的補充進去。他認為隻有這樣，才無愧自己行醫多年獲得的名醫稱號，才對得起信任自己的諸多病人，才能讓自己這顆善良的心平靜下來。
考訂本草，這是李時珍深思熟慮之後確定的主攻方向。由於李家的家庭環境和個人的切身經曆，他深感“本草一書，關係頗重”（李建元《進本草綱目疏》），它不僅影響醫生的技術發揮，更重要的是關係到病人的健康和生命安全。而且本草的各種錯誤代代相傳，危害大，李時珍出於對國家和民族的高度責任感，更堅定了他考訂本草的信心。
這一年大約是明朝嘉靖二十三年以後，李時珍三十歲左右的時候。
李時珍把自己的想法告訴父親，父親驚奇地說：“你是想重修‘本草’嗎？這可不是件簡單的事啊！”
重修“本草”的艱難程度，李時珍當然是知道的。編修一部新的“本草”，必須要改正舊的，補充新的，而且要保證編修的正確性，不知要花多少人力、財力。
李時珍又問父親：“唐慎微他們是怎樣編修‘本草’的呢？”
李言聞說：“那是經朝廷批準的，不然的話，誰有力量去做呢？”
李時珍說：“我們也可以請求朝廷批準啊！”
李言聞苦笑著反問：“朝廷能批準我們這樣的人來修訂‘本草’嗎？”
明知山有虎，偏往虎山行。李時珍發現修訂“本草”這件事，實在是困難重重，可是，他太了解修訂“本草”這件事的實際價值了，無論如何，他也不能任憑錯誤百出的“本草”再世代相傳，誤傷百姓了。
於是，他開始了漫長而艱難的編修“本草”的準備工作。
他一邊行醫，一邊大量閱讀與“本草”有關的各種書籍，以豐富自己在醫學方麵的學識。
為了提高自己的閱讀、寫作能力，他還讀了大量的經史百家名著，做劄記，談認識。他還讀了許多前人未加注意、未曾引用的書，企圖從古代學術寶藏中挖出更多有價值的東西。如王維的《敕賜百官櫻桃》詩，告訴他蔗漿是寒的，使他更了解蔗漿瀉除中熱的功用。他還從蘇轍的“客來為說晨興晚，三咽徐收百玉漿”兩句詩中，得知了栗子的妙用。他用之於臨床治療，也發生了效力。
有一次，他讀過《楚辭》中的“將與雞鶩（wǖ）爭食乎”，“將泛泛若水中鳧（fú）乎”兩句。立即發現了陶弘景、寇宗爽等人把鳧與鶩混淆的說法，嚴格地辨明了二者的區別。認為古“鳧”看做野鴨，而“鶩”則是一個家鴨。
李時珍也不輕視稗官小說，這使他收益很大。他利用行醫的空閑時間，把握一切可讀書的時機，閱讀了好幾百種象《泊宅編》、《兩山墨談》那樣的筆記。劉貢父的《芍藥譜》、沈立的《海棠譜》、範成大的《菊譜》、戴凱之的《竹譜》、葉廷珪（guī）的《香譜》、蘇易簡的《紙譜》等等，他也都細細地閱讀、研究。在後來他為編撰《本草綱目》而對各種藥物進行考證時，這些譜錄式的作品給了他很大的幫助。
對於邊遠地方的藥物生產情況，他不大容易了解。因此，李時珍對於象《南方草木狀》、《桂海虞衡誌》、《涼州異物誌》這類書下過一番功夫。
明朝永樂、宣德年間，鄭和等人七次下西洋。跟隨他們去的一些人，如馬歡、費傳、鞏珍等人，回來後都寫了書，敘述沿途經曆和各地風俗材料，李時珍便利用他們所供給的材料研究外國藥。
在讀書的過程中，李時珍總是細心地分析、研究、思考。他一方麵肯定書中正確的方麵，同時，對書中的矛盾的地方、有疑問的地方，都—一摘錄下來，以便核實和更改。
在閱讀各類書籍的過程中，李時珍發現“本草”書遠遠不能囊（náng）括醫家的豐富經驗。從《證類本草》問世到李時珍生活的明代，已經過去四個多世紀了。這四百多年來本草學仍然在繼續向前發展。
隨著醫家與各種疾病的頑強鬥爭中，一些醫生積累了大量的、有價值的經驗，在古代醫學的基礎之上，又有了新的收獲。
金、元時期有四大醫家聞名於世，他們是：主張用寒涼藥的劉完素，他針對宋代的古板的醫務製度——規定醫生處方用藥必須使用官方頒布的方劑，使用成藥也不許任意變化配方——主張處方用藥要注重實際，因人而施。病人的生活狀況、所處環境及病情各不相同，用藥也應該有差異，不能強求一律。常用攻下藥的張子和，敢於用峻激的瀉劑和吐劑，廣泛應用“攻病三法”（即發汗、催吐、瀉下），注重攻法，慎用補法。擅長用補養脾胃藥的李東垣，研究滋陰降火藥的朱丹溪。劉完素、張子和、李東垣（yúan）、朱丹溪四家，即所謂：“金元四大家”，提出了不應當盲目搬用古方的觀點，指出了舊醫書和本草的許多訛誤不足之處。他們研究新藥理，推廣新藥效，發現新藥物，討論如何組成新的有效方劑，出現了良好的爭鳴氣氛。他們的學術爭鳴對李時珍的思想產生了深刻的影響，更增強了他重新修訂本草的意願。
另外，宋元時期海陸交通日益發達，對外貿易超過了唐朝。1973年，考古人員在福建省泉州灣發現了一艘宋元時期沉沒的海船，船艙中除有大量的古銅錢和瓷器外，還發現許多藥物，如沉香，檀香、水銀、朱砂、胡椒等。由此可見，那時我國與國外醫藥學交流已經相當發達。那麼，宋元時期引進的一些藥品就沒有歸入“本草”書中，需要在書上填補新內容。
元朝時，由阿拉伯邀來了醫生，在北京開設了“回回藥物院”，並且翻譯了阿拉伯醫藥書籍《回回藥方》。
明朝時，鄭和七次奉命下西南洋，最遠航行至非州東岸，後來，隨行人員不僅記錄了旅行經曆，還帶回了蘆薈、乳香等外國藥材和許多國外的醫藥學知識。
隨著本草知識的日益豐富、發展，舊本草早已經不夠用了。應當早日有一本新的本草問世，來全麵總結祖國本草學的新認識、新經驗，以提高醫藥學的水平，更有效地為人們治病。
研讀了大量書籍，探討了新知識後的李時珍，修訂“本草”的決心更大了。
一邊行醫、一邊讀書、一邊做筆記的李時珍，讀了許許多多的醫藥書籍，記下了好幾櫃子筆記。明嘉靖三十一年（1552年），三十五歲的李時珍認為自己做了充分的準備工作，開始編寫修訂“本草”了。
他把這部著作取名為“本草綱目”，加上“綱目”兩字，是因為他設想將這部書作新的歸類，使它綱目清楚，查閱方便，便於使用。因此體例上一定要條例清楚，提綱挈領，細目分明，因而取書名《本草綱目》。