值得探討的是，專利複審委員會在一審判決後放棄了上訴權，能否據此認為其同意原審判決而與上訴人發生實質對抗關係，從而應將專利複審委員會列為被上訴人？答案是否定的，專利複審委員會並不因為其放棄了上訴權就與專利權人發生實質的對抗關係。
從實踐上看，專利複審委員會放棄上訴權的原因是複雜的。第一種情況是，專利複審委員會放棄上訴權，隻是出於經濟利益方麵的考慮，並不意味著其就服從一審判決。在一些情形，專利複審委員會放棄上訴權是其同原審第三人協商的結果。如前所述，專利複審委員會與上訴人的訴訟利益往往是一致的，它們通過協商由一方上訴，就可以減少一半訴訟費用的風險。也正是因為專利複審委員會放棄上訴權是其與上訴人協商的結果，而不是其真心服判的結果，所以，沒有理由認為未上訴的專利複審委員會與原審第三人之間已經產生了實質的對抗關係並因此而將其作為被上訴人對待。在另一些情形，原審第三人提起上訴而專利複審委員會放棄上訴權是它們相互博弈的結果。之所以往往是原審第三人提起上訴，主要是因為原審第三人較專利複審委員會有更多利益糾纏其中，而不是專利複審委員會真心服從一審判決。
第二種情況是，專利複審委員會放棄上訴權，是其真心服從一審判決的結果。我們認為，此時同樣不能將專利複審委員會作為被上訴人。司法審查的對象是行政機關的具體行政行為是否合法，法院在本案中審查的是專利複審委員會已經完成的有關無效審查決定的具體行政行為是否合法。在這個具體行政行為中，專利複審委員會維護了上訴人的利益，在司法審查程序中，專利複審委員會與上訴人的利益是一體的，即都希望該無效審查決定能夠被法院維持。但一審法院撤銷了專利複審委員會的無效審查決定，即使專利複審委員會因此而改變了其作出原無效審查決定時的態度，也不能改變其在作出該具體行政行為時支持上訴人這一客觀事實，同樣不能改變其在一審時與上訴人利益一體化的客觀事實，而正是這些客觀事實（而不是專利複審委員會在二審時的態度）構成了二審法院審理的基礎。這也正是行政訴訟案件特殊性的體現，專利複審委員會並不因為其服從一審判決就獲得了與上訴人實質對抗的地位，更不能因此被列為二審被上訴人。
最後，第四種觀點是比較恰當的。作為原審第三人的專利權人的上訴目的是希望二審法院駁回原審原告的訴訟請求。因此，二審中實質對抗的雙方是原審原告和第三人，故應將原審原告列為被上訴人。由於專利複審委員會與上訴人始終沒有形成實質的對抗關係，按原審地位列明即可。
如果法庭上直接對抗的雙方沒有行政機關，會不會影響本案行政訴訟的性質？我們認為這種擔心是不必要的。首先，以原審被告身份出現在二審中的專利複審委員會依然是當事人之一。其次，不將專利複審委員會列為被上訴人是出於當事人之間的實質對抗關係考慮的。實質上不具備對抗關係的當事人不能被列為直接對抗的訴訟當事人。和上訴人有實質對抗關係的是原審原告，專利複審委員會和上訴人之間不存在本質上的對抗關係，因此，將原審原告列為被上訴人，而將專利複審委員會列為原審被告，應當說是恰當的。