在正集及《天步真原》中，最引人注意的是五星部分所采用的宇宙模式。不同於明末清初《崇禎曆書》中介紹的托勒玫（Ptolemy）本輪、均輪地心體係和第穀（TychoBrahe）的行星繞日，日繞地球運行的宇宙圖形，它在計算行星經度時，使用了獨立於行星運動軌道的日地圓，這一模式具有N．哥白尼（Copernicus）日心體係的特點。進一步的分析表明，該模式采用了日心說的計算過程，但又在保持原日心說圖形中日地相互間角度不變的同時，做出了地球在中心，太陽繞地球轉動的說明。這一變動導致最後求得的行星視經度不是相對於地球、而是相對日地軌道上與太陽相距180°的一點，如此結果顯然是有悖常理的。考慮到穆尼閣曾簡單地向中國學者透露過日心說，他本人也比較傾向於接受這一學說，而當時的教會是反對傳播哥白尼宇宙理論的，那麼采用這種日地位置變動的圖形就能得到較為合理的解釋。由此可以推論，《曆學會通》中所采納的五星計算圖形與哥白尼的日心體係有著一種淵源關係，從這一點上說，它比《崇禎曆書》前進了一步。不過由於書中介紹過於簡略，致使內容難以被人理解，又由於其中對太陽繞地球運動的說明，使它很容易僅被人們當作另一種地心體係因而在當時未能產生很大影響。
《曆學會通》天文曆法之外的各學科知識主要包括在致用部分及正集的另三卷中，涉及數學、力學、水利、火器、兵法、樂律、醫學及占驗等方麵。數學部分有傳自穆尼閣的《比例對數表》、《比例四線新表》、《三角算法》、《正弦》各1卷，其中前兩卷分別是1至2萬的常用對數及三角函數對數表，薛鳳祚在纂錄後者時將度分改成了中國傳統的百進位製。這是對數方法在中國的首次介紹。另據研究，《三角算法》中所介紹的平麵三角與球麵三角法比《崇禎曆書》介紹的更為完整。平麵三角多是配合對數計算，球麵三角除《崇禎曆書》中所介紹的正弦與餘弦定理外，還有半角公式、半弧公式及德氏比例式等。《曆學會通》中的力學、水利、火器及兵法內容，分別收載在中外重學部1卷、中外水法部1卷、火法部1卷和中外師學部2卷之中，它們有一個共同的特點，就是所介紹的知識在當時都是較為新穎的。此外其他各卷還有：樂律1卷，與占驗有關的命理1卷、選擇2卷、中法占驗4卷，及與醫學有關的各卷。