（二）彙總方式不同。
海關統計的報送渠道單一。其原始資料就是進出口貨物報關單，由各地海關嚴格按照海關總署規定的要求和時間，認真審核報關單上各項統計數據後，直接上報總署，為海關及時收集和編製全麵、正確的統計創造了有利條件。經貿部進出口業務統計則是由外貿、工貿專業總公司和各省、自治區、直轄市經貿廳（委）分別彙總各專業公司和本省、自治區、直轄市進出口單位報送的統計資料，然後再報經貿部彙總編製。渠道和層次較多，牽涉麵廣。
（三）統計方法不同。
1.海關統計對貿易夥伴分別記錄貿易國和原產、消費國。經貿部業務統計隻記錄貿易國，並對同香港、澳門地區的貿易作了特殊規定。
2.海關統計的商品目錄以聯合國《國際貿易標準分類》為基礎編製，所有進出口貨物均按商品目錄歸類；經貿部業務統計商品目錄是根據各公司經營的主要商品分類，進出口使用不同的目錄。
此外，在統計時間的規定方麵，兩套統計也不同。
三、海關業務統計
海關業務統計是反映海關發揮各項監督管理職能情況的重要資料，是海關了解情況、檢查工作、研究政策和製定海關法規的依據之一。新中國成立初期，海關各項業務統計由海關總署統計處負責彙總編表，並在海關統計月、年報刊物中列出對外貿易貨運量和商船噸位統計。一九五三年以後，海關業務統計分別由總署各有關處、室負責彙總，海關統計刊物中不再列出。一九八五年，海關的各項業務統計重新由總署綜合統計司歸口管理，統計報表增加到10種，包括進出口貨運統計；海關後續管理統計；違反海關監管規定統計；出入境人員統計；旅客帶進重點管理物品統計；非貿易性郵遞物品、印刷品、音像製品進出口統計；查處走私案件統計；進出口貨物減免稅統計；海關稅收繳庫統計；海關主要技術設備效能情況統計。上述10種統計均按月彙總，編印《海關業務統計》刊物，供海關各級領導和業務部門內部使用。
▓海關統計的指標體係
中國海關統計設立了一係列相互關聯的統計指標，組成了一套指標體係，可以從多方麵反映中國對外經濟貿易的發展規模、速度、比例和水平。
海關統計指標有：進出口總值，進口總值、出口總值、進出口貨物的貿易夥伴、經營單位、貿易方式、收發貨單位所在地、運輸方式、進口外彙來源以及海關驗放的實物量和價值量。
一、實物量指標
進出口貨物都按照一九八○年一月開始執行的《中華人民共和國海關統計商品目錄》規定的計量單位統計。該《商品目錄》對所列商品根據國際貿易慣例規定其計量單位。對僅統計數量不足以反映商品性能的，還規定統計“第二數量”，如發電機，除統計“台”數外，還統計其發電量“千瓦”。對統計實物量意義不大的商品，則不計量。
按重量統計時一律以淨重計算。淨重是指扣除外層包裝後的自然淨重或在零售時隨同貨物一起交付買方的含內包裝的重量。
海關統計一律以公製計量。
確定貨物的數（重）量，以海關查驗放行時的實際量為準。
自一九五六年到一九五九年，海關統計曾規定所有進出口貨物都要統計淨重量。其目的是用淨重量作為各種不同計量貨物的同度量係數來計算對外貿易的“量”，以編製指數和進行經濟分析。但是，該項資料在收集時存在很多困難，故於一九五九年又改為依照外貿習慣和實際需要，對進出口貨物有的統計重量，有的統計數量，有的不記錄實物量。
二、價值量指標
（一）海關統計金額的構成。
中國海關統計金額，進口貨物一直采用到岸價格，出口貨物一直采用離岸價格。到岸價格是指進口貨物到達中國國境時的金額，包括貨價、運抵中國起卸前的運費、保險費和其他一切費用。離岸價格是指出口貨物售予國外，離開中國國境時的價格，不包括離開中國後的運費、保險費和其他費用。
對進出口的無償援助物資和捐贈品，由申報單位比照同類貨物的到離岸價格估算填報。
來料加工裝配貿易中，外商免費提供的供加工用的原材料、零件和元器件進口時，按其實際金額計算到岸價格；加工成品出口時，按上述的進口料件費加上工繳費計算離岸價格。出料加工貿易進出口貨物的到離岸價格計算原則與來料加工裝配貿易相同。
對租賃貿易進出口的貨物，都按其實際金額統計到離岸價格。
（二）海關統計金額的計值。
自一八五九年建立海關統計到一九三一年，中國海關統計的金額均以“關平銀”（又稱海關兩）計值。從一九三二年至一九四五年，進口改用“海關金單位”計值，而出口除一九三二年仍采用“關平銀”外，均改用“法幣”。一九四三年至一九四五年，日本占領區海關統計還分別用“聯合準備券”、“中央儲蓄券”計值。一九四六年和一九四七年進出口均以“法幣”計值。一九四八年改為“金圓券”。一九四九年因大陸各地陸續解放，各地海關統計計值不一，共有人民幣、關東幣、東北幣、金圓券、美元、銀元6種幣製。中華人民共和國成立初期，為適應計劃和核算需要，海關統計以人民幣和美元雙重幣製計值。後鑒於國際上存在兩大陣營、兩個市場，社會主義國家之間的貿易商品價格固定不變，而資本主義市場的商品價格隨需求浮動，變化較大，故自一九五二年起，改為：對蘇聯和東歐人民民主國家的貿易以人民幣和盧布計值；對亞洲人民民主國家的貿易隻統計人民幣；對資本主義國家的貿易以人民幣和美元計值。綜合全國對外貿易總值時，以人民幣表示。一九八○年恢複海關統計後，一直采用人民幣和美元雙重幣製計值。
（三）海關統計金額的換算方法。
在國際貿易中，進出口貨物是用各國貨幣計值和支付的。為換算成中國海關統計規定的統一幣製，各個時期采用了不同的換算方法。
1.一八五九年至一九四二年，海關統計計值的“關平銀”和“海關金單位”，是當時中國海關征稅用的計算單位。每一兩“關平銀”等於純銀583.3格令（grain），即37.8克，按一八六四年的比價折合美金1.78元；每一“海關金單位”的含金量為0.601866克，按一九三○年的比價，折合美金0.4元。自一九四三年起，各種外國貨幣均按貨物申報日銀行外彙牌價買賣中間價換算成法幣、金圓券等海關統計規定的幣值。
2.新中國成立後，各資本主義國家貨幣對人民幣統計金額的換算方法未變。而對蘇聯、東歐及亞洲人民民主國家的貿易，盧布對人民幣的折算率為：對蘇聯、捷克、民主德國、羅馬尼亞、阿爾巴尼亞、蒙古的國家合同貿易，1盧布換算人民幣0.95元；對波蘭、匈牙利、保加利亞的國家合同貿易，1盧布換算人民幣0.8元。對上述國家的非國家合同貿易及運雜費，1盧布換算人民幣0.5元。對美元統計金額的換算方法，一九五三年前，是把人民幣統計金額按銀行牌價買賣中間價換算美元金額；從一九五四年起，為統一計劃和統計工作中對美元的換算方法，改為按照國家外彙管理部門核定的專供計劃、統計用的《各資本主義國家貨幣對美元統一折算率表》，直接將各種外國貨幣換算成美元金額。