（三）土司之間和土司內部仇殺侵擾
各個土司之間往往因為爭奪土地、人口、財產，繹常混戰仇殺，“一世結仇，幾世不休”，破壞了生產的發展和人民生活的安定。
1534年（明嘉靖十三年）容美土司田世爵指令土目田文祖、張琦、周萬雄率兵出境，殺死巴餘縣應捕劉聰、火甲羅延瑞、吳鮮九數人，擄民百餘家。1657—1662年（清順治十四年至康熙元年）四川雜穀土司桑吉朋、阿日土司巴必太與瓦寺土司曲翊之間爭鬥，互相之間劫堡斷橋，殺戮漢、羌人民，擄掠男女為奴，致使地方聲息不通。明末清初，百戶土司與卯洞土司力爭奪人口土地爭戰不息，達數十年。
1724年（清雍正二年）容美、桑植上司率士兵搶掠保靖民財，焚掠村莊60餘處，搶走男女千餘人。
1726年（雍正四年）“桑植土司向國棟恃強負固，與容美、永順、茅岡各土司尋釁仇殺，貪暴不仁，民不堪命”。容美土司向九霄每當外出，“民皆閉戶，雞犬無聲”。土司內部因爭襲之事而互相爭鬥亦累累發生。廣西恩城州上司岑欽在明弘治年間先與他的叔父田州上司岑溥相仇殺，後又殺了岑應父子，不久岑欽父子又被岑應之弟接所殺，相互爭襲仇殺多年。這種仇殺紛爭，使人民遭殃，嚴重破壞了生產。
土司製度的這些腐朽落後性，已經成為嚴重阻礙生產力發展的侄桔，引起上司統治區內廣大人民群眾的不滿和憤怒，因而各族人民對土司的統治進行了強烈的反抗，土司製度在各族人民不斷反抗鬥爭衝擊下已經搖搖欲墜了。
二、改土歸流的曆史背景
土司製度是封建王朝在某些發展不平衡的少數民族地區實行的一種民族政策，是在適應這些地區奴隸製和封建農奴製發展過程中建立起來的。封建中央王朝建立土司製度隻不過是一種權宜之計，其最終目的是先將這些少數民族地區穩定下來，然後創造條件，實行改土歸流，最後徹底廢除土司製度。隨著土司製度的發展，它的腐朽性、落後性、不適應性逐漸暴露出來，越來越不適應南方各民族社會的發展了，改土歸流的條件日趨成熟。
改土歸流是在兩大曆史背景之下進行的：
（一）土司的存在已逐漸成為統一多民族國家進一步發展和鞏固的障礙自16世紀以來，各地土司的割據、抗拒朝命，使中央王朝越來越難以製禦，這就直接影響到中央封建王朝在南方各少數民族地區統治的深入和穩定，更成為統一多民族國家行政區劃統一、完整的障礙。最初的土司統治製度是在封建中央王朝無力進行直接統治的少數民族地區采取的一種特殊的地方政權形式，其本身就具有較多的地方割據性質，隨著土司製度的發展這種割據性越發突出了。土司們“各長其長，各世其世”，“彼之官其官也，彼之民其民也”。世代領有其土其民其軍，擁有政治、經濟、軍事大權，設有自己的一套完整統治機構。如雲南車裏宣慰使司的統治機構，宣慰使（土司，傣語稱為召片領）有似皇帝，宣慰司署有如中央王朝的國務機構，設有大小官員30餘人，司署議事庭的4個官員（4大卡貞）猶如中央王朝的宰相。宣慰使的嫡親兄弟猶如親王，分封到各猛為土司（召猛）的猶如諸候，宣慰使派到各地的波郎則是欽差大臣，各猛以下的隴、火西、村的叭、鮓、先頭人則是各級地方官員，這儼然是一個獨立的封建小朝廷。“雖受王朝爵號，實自王其地”。各土司往往占有數十、數百上千裏地方，並擁兵自恃。土司便以此為資本，邀功請賞，擴大割據勢力，專事劫殺。鄂爾泰在奏疏中說：廣西“思陵州土司鄧橫，強暴恣橫，積惡多年……聚集凶徒，專事劫殺”。四川西陽土司擅自設5營、副將5人、守備5人、千總20人、把總40人，衙門大旗書寫“崇文振武”4個大字，地分12裏，恣意征派。土司抗拒朝命的事也時有發生。四川烏蒙土府“自康熙五十三年（1714）土官祿鼎乾不法，欽差、督撫會審畢節，以流官交質始出，益無忌憚”。湖北容美土司田旻如自造官室，自造武器，抵抗清軍，違抗朝命。土司為亂之事更是史不絕書。然而由於這些土司的違法行為有世襲的特權，又無革職削地之罰，更使這些上司有恃無恐為所欲為，是為封建朝廷所不容。因此土司的這種封閉性、割據性不僅成為統一多民族國家實行統一行政區劃的極大障礙，而且還嚴重地阻礙了各族經濟文化的交流和發展，很不利於國家的統一和人民生活的安定，可見廢除割據一地的土司統治已勢在必行。
（二）經濟基礎的變化促使上層建築隨之引起變革
明清以來，土司製度賴以存在的經濟基礎——封建領主經濟發生了變化，土司在本民族中的影響也在逐步消減。明代中葉以後，大量漢族地主、官吏、兵差和商人深入到土司統治區及其周圍地主經濟的強大影響，也衝擊著土司內部的經濟結構和政治製度，使土司內部的經濟結構日益發生變化，於是封建地主經濟在土司地區應運而生，迅速改變了土司地區的經濟基礎。
漢官和商人進入土司統治區後，使得土司統治區的商品經濟開始興起。最先興起的商品生產是礦業的開采，如廣西淩雲、河池、南丹等土司區的銻、銀、錫、銅、土砂（煉水銀的原料）都得到開發，漢商到此設立專門的商號來收買，運輸到外地。甚至廣西的土特產八角、田七等亦有商號經營，轉銷外地，使一部分農副產品也逐步商品化。商品經濟的發展，衝擊了土司內部的封建領主經濟。首先是土地關係的變化。明清以來曾在土司地區屯田，屯民將多餘的屯田分給土民耕種，收取屯糧以供軍需。後來還準許土民自由屯墾，每4畝納銀1兩即可。在貴州還規定軍屯以外的“餘田”，由官府招募人民佃耕，或由漢族地主承領再轉佃他人。這些佃田皆可自由買賣，政府發給田契，在廣西大新縣原8個土司區發現了大量的清乾隆年間的官發田契約執照。土地的私有和自由買賣，這就從根本上改變了過去土司壟斷其轄區內全部土地的狀況，導致土地兼並的劇烈。各地土司“往往以有糧田詭稱無糧，賣與紳衿商民”。土官亦將土地出賣，南丹土司莫氏就將400畝產田典賣與鄧姓人家，使大量土地流入漢族地主之手。乾隆年間，天柱縣關、李、龍、楊4戶大地主占地很多，僅龍姓1戶所占土地竟跨越3縣，遍及30多個村寨，年收租糧3萬餘石。安龍、羅甸、望謨等地收祖穀上千石的大地主也為數不少。在土司地區各民族內部，也出現了田連阡陌的大地主，湘西乾州廳的重阿寨苗族地主吳廷海、吳學仁占有的田地，遍布其家周圍數十裏；永緩廳紫兒寨苗族地主石季山占有土地達500餘畝之多。說明地主經濟已在土司區內逐步形成。土司占有土地的外流，這就是土司政治主權與土地所有製分離的開始，從而從根本上動搖了土司統治的基礎；其次是地租形態的變化。封建地主土地所有製的形成和發展，衝擊了領主製下的剝削關係，隨著土司地區人口的增長，耕地麵積的增加，生產力的提高，農民私田的增多，加上新興地主勢力的發展，於是原有的勞役地租形式已不能適應了，促使地租形態發生變化。各地土司不斷將過去的勞役地租改為實物或貨幣地租。有的土司開始將土地出租給農民“按穀分花”，即收取實物地租，如廣西龍州一帶，“凡租耕田，田主不出穀種，不納官糧，概歸佃戶負擔，得穀仍是均分”；淩雲縣境土司的莊田多采用征收實物的辦法；大新縣境的土司還規定可以用錢來贖買“夫役”，用實物來代替力役，甚至有的土司超經濟剝削的苛派也逐步改用實物地租來代替；再次是人身依附關係的變化。由於勞役地租逐漸向實物地租過渡，過去那種嚴格的人身依附關係不斷鬆弛，農民開始從繁重的徭役、兵役、勞役地租的剝削下解脫出來，農民可以稍許自由地支配和經營自己的土地，轉化為稍有點自由的農民，促進了生產的發展，這就為改土歸流創造了社會經濟基礎。
上述變化說明，隨著各土司地區社會政治經濟的不斷發展，土司地區的社會經濟已逐漸與內地的經濟相一致，土司製度的繼續存在已經防礙了統一多民族國家中央王朝的統治，而且在社會經濟基礎發生變生的情況下，土司製度這個上層建築就越來越不能適應新的變化的需要了。在這樣的曆史背景之下，廢除土司製度已成為一種曆史的必然了。
三、改土歸流的經過
改土歸流不是偶然發生的事件，是有其曆史背景和政治經濟原因的。首先是封建地主經濟的產生和發展，這就要求改變落後的封建領主製發展和確立封建地主製；其次是封建中央王朝也想要通過改土歸流以便對邊遠地區和土司統治地區實行直接的統治；再次是封建中央王朝經過幾個世紀與土司的鬥爭，實際上已取得了對不少土司的支配地位，並通過派遣“佐貳”、掌握承審權和對土司的各種限製，已將土司的權力大大削弱，為改土歸流掃除了一定的障礙。此外再加上明清封建中央王朝的勢力已經強大到足以對付那些不接受改土歸流土司的反抗，因此明清王朝便利用土司地區人民群眾反抗土司統治的機會，逐步實行有計劃的改土歸流。
改土歸流是明清中央王朝的既定方針，它的實施是有目的、有計劃、分步驟進行的。鄂爾泰在1726（清雍正四年）的奏疏中就對四川、貴州、雲南、廣西的改土歸流提出了具體的原則和計劃。鄂爾泰說：“雲、貴大患無如苗、蠻。欲安民必製夷、欲製夷必改土歸流”。指出改土歸流必須進行，然後提出了對4省改土歸流的計劃：將原屬四川的東川、烏蒙、鎮雄改隸雲南，相機改流設三府一鎮；廣西的土府、州、縣、峒、寨分隸南寧、太平、思恩、慶遠4府，並將牂牁江以北的普安州劃歸貴州，牂牁江以南的西隆州劃歸廣西，增州設營；雲南以瀾滄江為界，江內（瀾滄江以東）的鎮源、威遠、元江、新平、普洱、茶山等地改設流官，江外（瀾滄江以西）暫不改流，即“江外宜土不直流，江內宜流不宜土”的改流原則；貴州苗疆300O餘裏，1300餘寨的改土歸流，首先要開通黔桂道路，然後派兵深入“徧加剿撫”而後設立流官政權。關於改土歸流的原則和方法，鄂爾泰在其奏疏中也說得很清楚：“改流之法：計擒為上，兵剿次之；令其自首為上，勒獻次之”。就是“剿撫兼施”，“恩威並用”的政策。
明清王朝的改土歸流是在各種機會和借口下進行的：（1）當地各民族起來反抗，被鎮壓後借機改流，如貴州的治古、答意二長官司、施秉蠻夷長官司均是因當地苗族人民反抗被鎮壓後而，改流的；（2）土司犯罪或叛亂被鎮壓後改流，如貴州金達蠻夷長官司土官何倫父子犯死罪而被改流，還有雲南武定土司鳳氏、順寧土司猛廷瑞叛亂被鎮壓後均設流官（3）土司宗族爭襲時被改流，如雲南鶴慶土府因土司高氏宗族爭奪土官職位“伏誅”後改設流官知府；廣西的左州、利州也都是因族人爭襲而改流的；（4）土司侵掠鄰境被鎮壓後改流，如廣西養利州、永康州土司侵掠鄰境，“總兵官趙輔等擒誅之，因改流”；（5）以不係世襲為由改流，如貴州大萬山長官司申世隆死後，其繼承人因“不係世襲”而被改流；（6）土司絕嗣後無人承襲而改流，如貴州永從蠻夷長官司李瑛死後絕嗣，無承襲者而被改流；廣西上石西州、土田州皆因土司死後絕嗣改流；（7）土民請求改流，如酉陽、保靖、桑植、容美等土司地區人民“迫切呼號，蠻皆改土”而被改流；（8）土司自請改流，如貴州金築安撫司土舍金大章乞改流，遂改金築安撫司為廣順州；（9）以新建州縣或劃州並縣為由而改流，如廣西的忻城、程縣、鎮安、西林、西隆州等地流官的設置皆以劃州並縣為由而實現的。總之明清王朝是利用一切機會，隻要條件許可即實行改土歸流。