（一）明朝改土歸流的經過
明代的改土歸流是明朝中葉前後才開始的，在一些具備改土歸流條件的地區進行，一般改流的規模較小。
在貴州地區的改土歸流是從1413年（永樂十一年）開始，廢思南、思州二宣慰司，並鄰境之地設思州、思南、鎮遠、銅仁、石阡、黎平、烏羅、新化八個流官府；1415年（永樂十三年）因普安安撫司“土酋慈長謀為不軌”，改設普安州，歸流官管轄。1431年（宣德六年）因永從蠻夷長官司土司死後絕嗣，無承襲者而被改為永從縣。1444年（正統九年）因施秉蠻夷長官司地區苗族反抗被鎮壓後，改設施秉縣。正統年間流官勢力已深入控製了安順、普定，這些地區實際上已經改流。1497年（弘治十年）由於金容金達蠻夷長官司土官“何倫父子罪死”，改設流官。
1612年（萬曆四十年）金築安撫司土舍金大章請求改流，改金築安撫司為廣順流官州。1628年（崇禎元年）在貴州宣慰司的宋氏洪邊十二馬頭（水東地區）地區設開州（今貴州省開陽）流官州，水西地區安氏勢力已經衰落，流官實際已控製了貴州宣慰司土司地區。
明朝在四川的改土歸流是從弘治年間開始的。
1495年（弘治八年）馬湖“土知府安鼇有罪伏誅”，遂改馬湖土府為流官知府，但知府駐地以外的泥溪、沐川、平夷、蠻夷4長官司仍然是土司的勢力範圍。1573年（萬曆元年）明軍剿平山都掌地區的水都、山都後，改該戌縣為興文流官縣。
1600年（萬曆二十八年）明朝在鎮壓了播州宣慰使楊應龍的反叛後，“分播地為二：屬蜀者曰遵義府，屬黔者為平越府”，原屬播州宣慰司的2安撫司、6長官司亦同時全改設流官。
1623年（天啟三年）由於永寧土司奢氏長期侵奪鄰境，並發動叛亂，明朝在鎮壓了奢崇明的叛亂後，將永寧宣撫司改土歸流。
明朝在雲南的改土歸流是從正統年間開始的。1443年（正統八年）鶴慶土府土官高氏長期“屢逞凶惡，屠殺士庶”，並不斷發生爭奪土司職位的仇殺，於是明朝便宣布高氏領地內“戶下人口收籍當差，止令流官管事”，改鶴慶土府為流官知府。
1477年（成化十三年）由於尋甸土府土司統治勢力的衰落，土官為保其統治而發動叛亂，加上土司家族長期為爭奪土司職位而仇殺，導致土官統治的滅亡，明朝借機將尋甸土府改為流官知府。1481年（成化十七年）因廣西土知府昂貴有罪革職，改為流官知府。
1553年（嘉靖二十二年）元江土司那氏族人爭奪土司職位，被明軍鎮壓而在元江第一次設流官知府。
1567年（隆慶元年）在平定武定土知府鳳繼祖的叛亂後，改為流官知府，但又象征性地保留了土司的地位。
1597年（萬曆二十五年）順寧土知府猛廷瑞與其兄爭奪土司職位，被誣告為反叛朝廷，“官兵悉剿除之”，改為流官知府，並改大侯土州為雲州流官州，隸屬順寧府。
明代在廣西改流較早，從洪武年間就開始了。據統計整個明朝在廣西地區改土歸流共16處。1368年（洪武元年）將忻成土司改為流官知縣；1505年（弘治十八年）上思州黃姓土司“叛服無常”，被明軍討平後改設流官知州；嘉靖年間因思恩土府土官岑濬屢出兵侵掠鄰境，明朝出兵征討，殺了岑濬，改設流官知府。
明朝的改土歸流主要在貴州、四川、雲南、廣西4省進行，其它地區的改流並不突出。明代的改土歸流總的說是不徹底的，並曾遭到土司的強烈反抗，因而出現了許多反複，在許多改設流官的府、州、縣中，流官政權很不鞏固，有的土司地區設流官後，因為各種原因而出現了複流為土的現象。這是因為明代土司製度還處在全盛時期，一方麵土司製度對明王朝的統治還能起到一定的作用；另一方麵土司勢力還比較強大，可以利用群眾的力量起來反抗改流。同時明代改流的土司地區，大部分處於地主經濟興起的時期，還未能徹底戰勝領主經濟，就是說土司統治的社會基礎還沒有受到根本的破壞，明王朝也沒有力量對改流地區進行完全的控製，決定了明代改土歸流的不徹底性和反複性，改土歸流就隻有在條件完全成熟的清朝才能徹底進行。
（二）清朝改土歸流的經過
改土歸流貫通於整個清朝統治的全過程，大體可以分為3個階段：
1.初期階段。初期階段是從清初到1725年（雍正三年）。清朝初期，清軍進入南方土司地區時即對有條件改流的土司趁軍事勝利改流。1659年（順治十六年）吳三桂在鎮壓了雲南元江傣族土知府那嵩的抗清活動後，將元江改設流官知府。1664年（康熙三年）貴州水西宣慰使安坤起而抗清，被討平後，吳三桂奏分其地為4府：以大方城為大定府，以利城為平遠府，以烏撒為威寧府，以水西為黔西府，水西地區第一次改流。1665年（康熙四年）雲南新興州（今雲南省玉溪）土司王耀祖和寧州土官祿昌賢聯絡嶍峨、石屏、蒙自、陸良、彌渡、維摩、王弄山、教化等大小土官共起反抗，被吳三桂鎮壓後，廢除了這些地區的土官，改新興、寧州為流官知府，在教化、王弄山、維摩等原土司地區設立開化府，委派流官管理。1723年（雍正元年）將雲南麗江土府改流。1724年、1725年又將雲南威遠、姚安等地改為流官知府。在廣西，清朝於1663年（康熙二年）將鎮安土府改置流官通判；1719年（康熙五十八年）廢思明土司黃氏，改設流官。這是清朝改土歸流的初期階段。
2.高潮階段。
1726年（雍正四年）鄂爾泰任巡撫雲南兼雲貴總督事後，向清政府提出了全麵改土歸流的計劃，開始了大規模的改土歸流活動，改流進入高潮時期。在這一階段清政府根據不同地區、不同情況和土司的不同表現，采取了區別對待的不同策略進行改土歸流：（1）邊遠地區與內地的區別，認為在內地的土司可改流，雖在邊遠地區但實際和內地一樣的也可改流，邊遠地區則暫時保留土司統治，即先改內地條件成熟的地區，後改邊遠地區；（2）在雲南改流是以瀾滄江東西為分界線，瀾滄江以東必須改流，瀾滄江以西的土司暫予保留；（3）奉法與不法的區別，清朝對罪大惡極違抗朝命的土司首先改流，對守法的能撫綏其民的與流官州縣循良相同的土司則不改流，隻使其向化。
清朝在改土歸流的高潮時期按照剿撫相兼兵威並舉和3種不同區別的策略，采用以下幾種方式改流：
武力改流。清政府認為世代擁有土地、人民、武裝的土司，要他們“去封號、徼兵械、納土稱臣，解甲歸田，帖然受命改流，是不可能的事。故鄂爾泰受命之日，即移兵攻貴州廣順州之長寨，終於古州，首尾用兵凡五六載”清朝首先對東川、烏蒙、鎮雄3地用兵，最後改置烏蒙、烏撒、鎮雄、東川4流官知府。繼後，對雲南鎮源、威遠、恩樂、車裏、茶山、孟養等處用兵，將這些地區改設流官。1726年（雍正四年）二月鄂爾泰出兵攻貴州廣順州長寨，長寨是滇、黔兩省苗、彝雜處之地中勢力最強大的土司，故鄂爾泰在貴州改流之始首先對長寨用兵，前後用兵3年，設流官統治地區計有1298寨，5978戶，男婦35982口，地方600公裏。1727年（雍正五年）閏三月出兵謬衝，謬衝是黔、楚之交界處花苗中最強大者，鄂爾泰攻下謬衝之地後，將其地一部分歸黔省黎平府，另一部分歸廣西懷遠縣管轄。從1728年至1730年（雍正六年至八年）對貴州八寨、丹江、九股、清水江、八萬古州等地用兵，爾後將這些地區改置流官。1728年（雍正六年）清朝出兵攻下廣西八達寨改歸西隆州管轄。1731年（雍正九年）清軍又攻下廣西鄧橫寨，將其地改流。以土司“貪劣”、“不法”而改流。這種情況以廣西改流為最突出，如廣西的泗城土知府岑映宸、思城州土知州趙康祚、小鎮安土巡檢岑繩武、下龍司土巡檢趙墉等人均以貪暴專橫不奉法而被廢除，改置流官。
土司主動請求改流。這種情況多發生在湖北、湖南兩省土司中，原因是這些地區土司大都接近於內地，受到漢族地主經濟的影響較多，而清朝在雍正年間西南地區的大規模改土歸流對湖北、湖南的土司震動很大，在形勢所迫之下，大部分土司皆主動要求改流。1728年（雍正六年）永順“宣慰使彭肇槐納土，請歸江西祖籍”，遂改永順司為永順府。1727年（雍正五年）南渭州土知州彭宗和上溪州土知州張漢儒即納土，施溶州土知州田永豐亦納土，錯若峒、麥著峒、田家峒、驢遲峒等長官司土官皆納土，請求改流，清朝將以上各地歸入永順縣。同年，白岩峒長官司土官亦納土，將其地劃歸龍山縣。
以土司因互相仇殺，互爭不息而改流。湖南桑植土司向國棟，長年與容美、永順、茅岡各土司仇殺，民不堪命，於1726年將其地改為桑植流官縣，屬永順府，廣西上林長官司長官等人互相仇殺，被改設流官。
到1731年（雍正九年）改土歸流高潮結束，基本上完成了清政府予期改流任務，大部分土司地區皆改為流官統治，先後招撫討平貴州苗瑤寨2000餘，繳納廣西土司敕印和軍器2000餘件，雲南瀾滄江以東普遍設立流官知府，湖北、湖南大部分土司“納土”，故史稱“自四年至九年（雍正四年至九年）蠻悉改流，苗亦歸化，間有叛逆，旋即平定”。
3.改流的末期階段。清朝改土歸流的末期階段，是從1732年（雍正十年）經乾隆最後到清朝末年的宣統年間。這一階段是在原改流的基礎上，對尚未改流的土司繼續不斷的改流。在雲南對瀾滄江以西沿邊土司不斷改流。猛緬長官司於1746年（乾隆十一年）改設流官通判。猛猛土巡檢於公元1764年（乾隆二十九年）改設流官歸順寧府；四川、湖北、湖南在1731年（雍正九年）後改流的土司最多。四川酉陽地區土司從1734年至1736年全部改流；石柱土司區於1760年（乾隆二十五年）改流；川西的改流一直延續到清末，1775年（乾隆四十年）平定大、小金川開始改流，直到1911年（宣統三年）才最後完成大、小金川的改流；1909年（宣統元年）川督趙爾豐將德格、春科、高日、靈蔥等地土司改流；1910年（宣統二年）將巴塘、甘孜等地的土司印信收繳，改設流官，四川改流到此全部結束。在湖北，1735年（雍正十三年）唐崖長官司覃梓桂、龍潭安撫司田貴龍“納土”，將二地並入鹹豐流官縣；同年被改流的還有西萍長官司、施南宣撫司、忠路安撫司、沙溪安撫司、建南長官司等土司地區；此外東鄉安撫司、忠建宣撫司、忠孝安撫司、忠峒安撫司、高羅安撫司、木冊長官司、散毛宣撫司、大旺安撫司、卯峒長官司、漫水宣撫司、容美宣慰司等都先後在1733年至1735年改置流官。在湖南，1735年（雍正十三年）上峒長官司、下峒長官司、茅岡長官司皆“納土”改流；繼後石門天平所、慈利麻寮所相繼請求改設流官。湖北、湖南改流全部完成，“合境無土司名目”。