經過清朝3個階段的改土歸流，到1911年（宣統三年）民政部所奏各地改土歸流的情況可作為清朝改土歸流的總結，其奏雲：湖北的施南，湖南的永順，四川的寧遠，廣西的泗城，雲南的東川，貴州的古州、威寧等府州廳縣先後建置流官，漸成內地。乾隆以後征服大、小金川改流官。近幾年（宣統前後）雲南富州、鎮康，四川巴塘等處先乒奏請改土歸流，而廣西一省改流尤多，所有土州縣土司皆停襲，及撤任調省。四川尚有瞻對、察木多等處沒有改流。除湖北、湖南已全部改流官外，廣西土州縣、貴州長官司等，名雖土官，實已漸同郡縣。從整體看，大部分土司皆被改流，隻在雲南、四川偏遠之處還有部分土司未改流。
尚未改流的部分土司，到民國時期，民國政府繼續實行改土歸流。在廣西，民國初年改流的有太平土州、都安、隆山、思樂、鳳山等土司；李宗仁、黃紹竑、白崇禧統治廣西後，又繼續改流，到1929年（民國十八年）廣西改流全部結束。民國時在雲南沿邊地區繼續改流，設縣或設治局，1913年在西雙版納設“行政總局”，1925年又將“行政總局”改為“思普殖邊總辦公署”，在西雙版納地區設立車裏、佛海、五福、鎮越、象明、普文、盧山7個縣。1913年在德宏地區設行政區，次年又設潞西、瑞麗、盈江、梁河、隴川、蓮山6個設治局，將原土司置於流官縣或設治局的管轄之下。同時又在雙江、瀾滄設縣，在滄源、耿馬置設治局，雲南改流全部結束。
4.改流對土司的善後處理
清朝的改土歸流分為兩個步驟，即一為改設流官，一為對被廢土司的善後安置，“一依流官之例，倘罪應斥革，即以流官代之……然後選用循良，善加撫恤”。清朝對改流土司的善後安置極為重視，鄂爾泰雲：“今大局甫定，諸務須籌，安輯調停更非易事，若不用猛力，斷難圖成；若不具恒心，終難善後”。因此鄂爾泰建議清朝要下大力來做被革職土司的善後事宜，其目的在“要使已歸者（改流者）無舊主之思，未歸者（未改流者）生欣羨之意”。清政府對被革土司隻有少部分罪惡極大者施以重刑，對絕大部分被革土司根據不同情況采用懷柔寬大處理，以便籠絡人心，安定地方。
對以罪革職者之土司的安置。《清史稿·刑法誌二》載：“改土歸流之土司犯，將家口實行遷徙，然各有定地，亦不限千裏也。”對被遷徙的土司又視所罪之輕重區別對待，“有犯斬絞重罪者，其家口應遷於遠省安插；犯軍流者，土司於家口應遷於近省安插”。使其離開原居住地，目的是不讓改流的土司東山再起，又複生事。所遷土司有一部分在本省安置，大部分遷入內地省分，如江蘇、安徽、浙江、江西、河南、陝西等省。僅安徽1省就安置了廣西、貴州改流土司21名。對被遷土司在生活上予以照顧，規定“每十人撥給官房五間，官地五十畝”。清世宗胤禛曾敕諭各地方官吏對被遷土司給以關照，以示“皇恩浩蕩”，使其感恩戴德，消除思鄉之情。清朝的這一措施割斷了土司與原居地的聯係，對安定改土歸流地區的社會秩序起了一定的作用。
對恭順王司的安置。對自願請求改流或自動交出土司印信者，清朝政府一般均給以優厚待遇。在鄂爾泰的奏疏中即明確規定對於投獻者“但收其田賦，稽其戶口，仍量以養贍，授以職銜冠帶終身，以示鼓勵”。湖北、湖南改流土司大都得到如此待遇，不少改流土司被授予千總、把總。永順宣慰使彭肇槐還得到清政府賞銀1萬兩，被授予參將職。這樣的安置不僅安定了已經改流地區的社會秩序，而且還吸引了未改流地區土司主動請求改流。
對改流地區的統治措施。清政府對已改流地區采取各種措施加強統治：在政治上和軍事上，采取設流官、戍兵、建城、編戶籍、立保甲的辦法。清朝選派了能力強同時又較廉潔的官吏任改流地區的官員，以便緩和與當地人民的矛盾。軍事上在各地增設營汛，派兵戍衛以加強控製，同時又設保甲製度，稽查戶口。經濟上實施丈量土地，編丁納賦。文化教育上，提倡立學校，設教職，勸各民族的子弟入學，並規定各民族參加科舉的定額。這些政策的實施促進了改流地區社會經濟文化的發展。
四、改流的目的和影響
改土歸流的目的，從表現來看好像是明清政府為了解除土司對各民族人民的殘酷壓迫和剝削，然而改流的真正目的並不在此，其真正目的在於：“剪除夷官，清查田土，以增賦稅，以靖地方”。很明顯，改流的目的有三：（1）在政治上廢除土司的統治，打破土司分散割據的局麵；（2）經濟上在土司地區實行科田納糧，變土司對土民的剝削為中央王朝直接進行糧賦的剝削，以增加經濟收入；（3）軍事上解除土司的武裝和收繳土司的武器，以防止地方人民的反抗，加強對地方的直接軍事控製。最終目的就是要對土司統治的各民族地區實行直接的統治。
從改土歸流的目的來分析，改流就是在政治上除去土司的世襲製，在經濟上取消奴隸製和封建領主製的殘餘，這就是說改土歸流是土司統治地區各民族政治、經濟製度上的一種變革，對各民族地區社會政治、經濟、文化有著較大影響，歸納起來其影響有4個方麵：
第一，有利於統一多民族國家的鞏固和發展。改土歸流消除了各地土司分散割據的封閉局麵，各土司地區完全納入了中央王朝的直接管轄之下，交通道路的暢通，加強了各民族地區人民之間的來往，湖北來鳳縣“自改土後，披荊斬棘，行李往來，遂為三省之要衢，四衝之捷徑”。湖北施南地區則是“商賈多江西，湖南之人”，“川、鄂、湘交界各族人民互通有無，密切交往，湖廣、四川、江西、陝西、江、浙、閩、粵的商人和官吏皆來湖北，有的還定居下來，形成了一個多民族彙合的地區”。土司被廢除後，清政府可以對原土司統治下的人民進行戶籍清查，登記編冊，轉到清政府的直接控製之下，並將原土司的莊奴釋放為自由農民，如雲南麗江土府改流後釋放了原木氏土司的莊奴2000餘人；湖廣容美土司改流後，追釋了原被掠保靖良民500餘人。原來的那種依附關係不存在了，成為清政府的直接編民，這對緩和社會矛盾，促進生產的發展起了一定的作用，也就有利於多民族統一國家的發展和鞏固。
第二，革除了一些舊製陋規。改土歸流過程中清政府對土司地區一些舊製陋規作了一些改革。首先是革除土司的苛派和特權剝削，諸如“火坑錢”、“鋤頭錢”、“煙戶錢”、“年歲錢”、“鞋腳錢”、“修衙門錢”、“破收銀”等一律予以革除。僅泗城府、西隆州就革除土司各種苛派銀1517兩，雲南麗江府改流後革除各種苛派銀2萬餘兩。然後稅收由清政府統一管理，按畝進行征收，並在一段時間內“科糧從輕”，減輕了人民的負擔，農民的生產積極性有了提高。革除一些土司長期統治造成的流弊，對於改流前土司自定的刑律、私設的公堂一律廢除，還禁止土目擅管地方，禁止仇殺、掠搶人畜和勒索搶掠商人財物等。這些措施有利於地方的安定和發展生產、繁榮商業。革除了某些民族的陋俗，如禁革“骨種之習”。和同族婚姻，還“禁止端公邪術”、“禁乘喪訛詐”、“禁輕生”等。這些措施雖難以被當地各民族所接受，但都有利於各民族的繁榮和發展。
第三，促進了原土司地區社會經濟的發展。由於土司的廢除，使奴隸製和封建領主製得以徹底瓦解，土民從土司的束縛下解放出來，獲得了較多的自由，再加上清政府在改流過程中比較重視恢複和發展生產，土民的生產積極性就高漲起來，結果使改流地區的社會經濟有了新的發展。改流後，清政府允許土地自由買賣，鼓勵開荒和招農開墾，使大量有主土地得以耕種，大量無主土地得以開墾，耕地麵積大幅度增長。雲南麗江上府改流後的1725年（雍正三年）隻有耕地790餘頃，到1727年（雍正五年）新開墾了耕田471餘頃，1729年（雍正七年）又新開墾55餘頃，總耕地麵積增至1318餘頃，比明末清初時增加了3倍。鄂西大片荒地也被開墾，1754—1774年（乾隆十九年至三十九年），施南府墾出荒地55396畝。改流後，原土司地區的水利建設也有較大的發展，清政府根據各地的不同情況，對以往常造成災害的江河湖泊進行了治理，並修建許多新的水利工程。以雲南省為最多，僅在雍正年間昭通地區就興修水利工程10處，灌溉麵積達2萬餘畝。據乾隆《雲南通誌》卷十三水利條記載，雍正年間雲南省疏河、開渠、築堤、建閘等各項水利工程達70項之多。水利工程的興建促進了農業生產的發展。改流後，還將內地的先進生產技術和農具輸入到改流地區。鄂西地區“向來刀耕火種，不用灰糞”，因此鶴峰第一任流官知州即教民“積糞和灰”，“多收草糞”，引進鐵犁、鐵耙、鐵鐮等，使“高低田地，皆用牛耕”。其它省改流地區這種引進先進技術和農具的現象亦很普遍。改流後亦使手工業和商業有了較快的發展。對改流地區清政府鼓勵從事多種經營，鄂西地區改流後“女勤於織，戶有機聲”，木匠、銅匠、裁縫各業俱有；施南府“百工多係本地居民……有精於藝者，或居肆置物”。雲南東川的礦業也有發展，“礦產稅年收萬金”。集市貿易更為繁榮，改流後水陸交通的開通，“水道可以安穩行舟，往來商賈稱便……苗、彝土特產，借以源源輸出，外地商品，如鹽、米、布帛諸物亦得以大量輸入”。湖北鶴峰州“舟楫之往來，連絡不絕，商賈之貨殖，各種俱全；人事之繁華，已至其極”。改流地區商業的繁榮可見一斑。總之，改土歸流促進了原土司地區社會經濟的發展。
第四，促進了土司地區文化教育的發展。改流前土司往往以“恐土民向學有知，不便於彼之苛政，不許讀書”，“向來土官不容夷人應考，恐其入學，與之抗衡”。改流後清政府下令廢除“禁部中夷人不許讀書”的舊規，提倡在各改流地區廣設學校，凡有條件辦學的地方，均設立學校和教職，還規定取士名額。湖北鶴峰流官知州提出設立義館，令民間子弟上學，7歲以上兒童必須上學，父母不得阻止。為了擴大民間子女入學機會，在施南府設了府學。各縣大都設了縣學、鄉學，實行科舉考試。清政府為了籠絡人心，還在一些州縣專設苗童名額。據不完全統計，雍正改流後建立的學校；在貴州有府州4個，在雲南有府州6個縣2個，在廣西有府州5個縣1個，在湖南有府州1個縣4個，在四川有府州2個縣1個。學校的建立，使許多民族的子弟有機會上學，“文教事興，人皆向學。不獨世家巨室，禮士賓賢，各有家塾，即寒素子弟，亦以誦讀為重”。文化教育事業的發展對改流地區各民族社會經濟文化的發展有著深遠的影響。