(3) 配送中心的功能不全
連鎖配送中心應承擔起采購集貸、加工保管、配貨送貸、信息處理等功能。目前，不少企業的配送中心還未達到這個功能，導致連鎖店的庫存無法減少，連鎖店的貨物不能及時供應，商流、物流不暢，資金周轉不靈，影響整體經濟效益。
(4) 連鎖規範不夠
有的連鎖店很不規範，有的甚至連集中進貨這個連鎖經營必須具備的條件都不具備，隻限於統一使用店名，實際上呈散兵遊勇狀態，難稱其為真正的連鎖經營，也談不上規模效益。
(5) 信息網絡不配套
由於受企業實力的影響，有的連鎖企業信息網絡無法配套，沒有快捷、準確的信息傳遞，連鎖總部也就無法掌握準確的市場動態，實現高效的采購集貸、加工、配送。
(6) 政策法規不健全
目前，國家為了推動連鎖經營的發展雖己製定了不少政策，但由於我國的連鎖經營尚處於試點推廣階段，製定的政策法規還不健全，導致實際操作起來比較困難。隨著跨地連鎖經營的不斷發展，急需在產權、稅收、貸款等方麵給予明確規定，以明確其法律地位。
(7) 專業人才缺乏
由於我國連鎖經營起步較晚，沒有培訓過專門人才，大專院校也沒有培養和輸送這方麵的學生，造成這方麵的專業人才奇缺，嚴重製約了連鎖經營的發展。
(8) 理論研究滯後
目前，我國連鎖經營已經興起，但理論研究卻起步晚，還十分薄弱。由於缺乏理論指導，致使不少連鎖經營很不規範。有的企業純粹是出於追趕時髦來實行連鎖經營的，並沒有根據本企業的實際情況來充分論證連鎖經營的可行性便盲目上馬。
(9) 地方保護主義嚴重
前不久，國家藥品監督管理局公布了50家跨省經營的連鎖試點企業，這本來對推動連鎖經營的發展大有好處，但是有的地方領導觀念還比較陳舊，認為外地企業進入本地，會影響本地經濟的發展，因此，對於跨地區連鎖經營不是大力扶持，而是人為地設置障礙，阻礙了連鎖經營的發展。
3、新趨勢與新方向
（1）製藥巨頭涉足連鎖藥店
我國現有的醫藥零售藥店中，大部分企業規模偏小，難以進行有效的大規模擴展，也沒有足夠的實力去控製迅速擴張的異地網絡，而一些製藥巨頭和上市公司卻具備這個優勢，他們有實力向醫藥連鎖業進軍。
三九集團根據國家經貿委《關於深化醫藥流通體製改革的指導意見》，與有關政府部門做了大量溝通與協調工作，在規範寧波、長沙、衢州、太原、臨沂、青海等6家醫藥商業並購企業的52家零售藥店的同時，以三九係列名牌藥品為拳頭，以中藥電子調配中心為龍頭，依托三九醫藥貿易公司規模龐大、實力雄厚的銷售網絡，開始著手在全國大中城市籌建將同時包括免煎係統和煎藥係統在內的獨具特色的新型中藥配售中心的經營網絡，從而為廣大消費者提供完整齊備的現代化中藥銷售服務。與此同時，努力將網絡產業和中醫中藥現代化結合起來，包括三九中藥配售中心在內的三九大型連鎖藥店建成和擴展。三九全球中醫網絡醫院的建成開通，將為人仍提供中醫診斷服務、用藥治療服務和配套服務，給人們帶來極大的方便。三九又組建了醫藥連鎖股份公司，擬投入10億元，擴展5000～10000個連鎖藥店。
麗珠集團擬在5年內投入2億一3億元資金發展藥品零售連鎖經營，並組建珠海麗珠藥房連鎖經營有限公司，以珠海為總部，走向全國，目標是設立600家，目前在珠海已開了6家直營連鎖藥店。同時，他們還利用今年加入美國連鎖藥店協會的機遇，在藥品零售連鎖管理比較成熟與規範的美國尋找合適的技術軟件供應商，把信息化管理作為發展現代藥品連鎖業的關鍵環節來謀劃。
複星實業表示，公司將開通e9191網站，實現網上醫藥銷售和連鎖零售店相結合的醫藥連鎖經營戰略；還將以拓展連鎖藥店為基礎通過控股、參股、加盟等方式，發展網絡會員，健全全國性藥品配售中心。在形成會員體係過程中，先期將大量投資收購或參股一些傳統的醫藥流通企業和零售業。加速建立全國範圍的醫藥流通網絡和連鎖經營體係。
複星實業拉開醫藥銷售和超市經營相結合的幃幕。前不久，公司所屬的上海複星藥業有限公司與聯華超市有限公司合作，正式成立了“上海聯華夏星藥品零售連鎖經營有限公司”，主營中西藥品銷售，並將進一步推進在傳統商務基礎上發展電子商務的連鎖新業態。
作為全國最大的連鎖超市經營公司，聯華超市目前在上海及外省市己擁有600多家超市網點，銷售總額70多億元，並保持快速發展的良好勢頭。而複星實業自身則在醫藥產品經營及專業人才方麵具有優勢，機製靈活高效。雙方強強聯手後，聯華複星連鎖公司將按照國家醫藥管理的規定，積極發展醫藥連鎖經營，尤其是加快開拓外地醫藥市場，把上海的“藥房”開到華東乃至全國其他中心城市，使上海的醫藥資源向全國範圍輻射。
北京同仁堂也揮師南下，除了通過經銷網絡將其產品銷往各地外，其垂直的自建零售店銷售體係也己於2000年3月和6月分別在上海和深圳開設零售藥店。
我國東北製藥特大型企業已進軍醫藥連鎖經營，他們製定的發展目標是：“走出沈陽，在全省範圍內成立29-50家分店，率先實現省內醫藥連鎖經營”。迄今為止，東北大藥房己在沈陽及周邊地區建立了97家連鎖店，其中21家專營店，76家加盟連鎖店。2000年其連鎖店的藥品銷售量己占沈陽市藥品銷售總量的30%以上，銷售額將近6億元。東北製藥集團不僅有強大的工業優勢，其商業優勢也在近兩年內迅速發展，他們提出建立“百億集團”的目標，把發展醫藥商業連鎖經營作為主要的舉措之一，預計在2001年拓展連鎖網點200家。
（2）中國連鎖藥店走出國門
美國國會於1994年10月25日通過的《飲食補充劑健康與教育法》以更加完善靈活的態度來對待包括中藥產品在內的尚無法列為還式藥品的天然植物類健康用品，至少承認了這類產品可以用於預防和治療疾病這樣一個客觀事實。這類產品也可以說是介於食品與藥品之間的一種特殊產品，雖然不能標明具體的適應症，但可以注明其保健作用。此外，美國還將頒布《植物藥研究指南》，以有別於化學藥品標準來審批中藥類產品。 美國對中藥產品在政策上的開放，不僅有助於天然植物藥產業的發展，也有利於促進其它西方國家對中藥產品 “態度’的轉變。
深圳“一致”與日本能率協會達成企業管理谘詢合作意向，該協會是國際一流的跨國谘詢機構，參與過“豐田”、“索尼”、“鬆下”等跨國公司的發展策劃，著名的“麥當勞”品牌在中國大陸的湧現，也出自能率協會之手。該協會副會長近藤修司說，此次與“一致”的合作，就是要讓“一致藥店”像麥當勞一樣紅遍大江南北，並藉此提升“一致”的綜合管理水平，與國際接軌。
吉林省首家國有醫藥連鎖試點單位吉林大藥房，與美國世界博愛藥業集團簽訂了在美國開設吉林大藥房連鎖店的合同。這是吉林大藥房走出國門，向海外拓展的新起點。
美國世界博愛藥業集團與吉林大藥房簽訂的合同內容是：在美國加州開設兩個吉林大藥房的連鎖店，主要經營吉林長白山名貴中藥材、吉林省明星製藥有限公司的產品和吉林大藥房總代理的國內廠家的產品，凡符合美國FDA標準的中國藥品、保健品均可由吉林大藥房在美國經營。雙方還商定在2-3年內在美國西部；東部再開設若幹個吉林大藥房連鎖店。
一家專業經營中國傳統中藥飲片和中成藥的“華仁堂大藥房”己在阿聯酋開了兩家連鎖藥店，經營中國傳統中成藥、中藥飲片以及適用於女性的中國天然保健產品。連鎖藥店整個外觀裝修采用中國傳統的門樓式，店內設中式的紅木家具，櫃台裏整齊有序地擺放著各種包裝精美的國產中成藥和保健品，櫥窗中透明的玻璃罐裏則陳列著各種優質的中藥飲片，整個藥店極宮中國傳統特色，華仁堂大藥房在阿聯酋成功地開設連鎖店，初步形成了開拓中國傳統醫藥產品市場的連鎖經營網絡格局。
還有深圳的海王星辰早在1996年就加入了美國零售連瑣藥店協會(NACDS)，珠海的麗珠集團也於2000年加入了美國零售連鎖藥店協會(NACDS)，並聘請了美國零售連鎖藥店協會(NACDS)的顧問作為連鎖經營公司經理，這意味著他們的連鎖經營已開始向世界進軍。