肯尼迪遇刺幾分鍾後，亨特就匆匆飛往華盛頓了，以助約翰遜一臂之力。聖誕節前夕，他回到了達拉斯，一副如釋重負的樣子，像是換了一個人。一天，他對馬德萊娜說："我們贏了戰爭。"馬德萊娜心領神會，他說的就是除掉了肯尼迪。
一個精心策劃的大陰謀
肯尼迪遇刺身亡後，約翰遜成了白宮的真正主人。一個以最高法院大法官華倫為首的七人調查委員會成立了，而華倫委員會實際上受到約翰遜的暗中操縱。盡管當時人們提出許多疑點，但在調查委員會後來提出的一份極不負責任的報告中，竟把奧斯瓦爾德行刺肯尼迪說成是一個"孤立的事件"，"沒有什麼證據證明有任何人幫助奧斯瓦爾德"。一個舉世震驚的案件就這樣畫上了句號，從而掩蓋了真正的凶手和幕後策劃者。
大量事實證明，刺殺肯尼迪是一個精心策劃的大陰謀，陰謀的背後就是野心勃勃的副總統約翰遜。肯尼迪的這次達拉斯之行就是約翰遜一手安排的。１９６３年６月５日，肯尼迪、約翰遜和得克薩斯州州長康納利在華盛頓的一家飯店開會，兩個得克薩斯人想方設法說服肯尼迪作了秋天到達拉斯來的許諾。康納利與約翰遜的關係非同一般，他的綽號就是"約翰遜的小夥計"。在刺殺案發前五個月，隻有他們三人知道總統的這個計劃。
７月，美國中央情報局前官員、新奧爾良商人克萊·肖招收了一個雇傭軍小分隊，肖正是亨特的"夥計"。雇傭軍中有法國籍的優秀射手馬克斯，該人是案發後在現場抓到的三個所謂"流浪漢"中的一個。"流浪漢"們的衣服雖然有些舊，但皮鞋鋥亮，頭發整齊。根據華盛頓的命令，他們在被捕不到兩小時便被驅逐到加拿大。此前，曾有人在新奧爾良看見馬克斯和奧斯瓦爾德在一起。
總統車隊在達拉斯的行車路線的選擇也是一個重要的線索。州長康納利強行製定了這個路線，這完全超越了他的職權範圍，他這樣做肯定是得到約翰遜同意的。
在正常情況下，總統旅行路線都是由民主黨官員傑爾·布魯諾確定的。更奇怪的是，在第一次呈送給白宮的行車圖中並沒有提到在埃爾姆街要拐彎，而拐彎就必須降低敞篷車的車速，也就給射手擊中目標提供了方便。原來是康納利的助手普特曼在１１月２０日下令改變路線的。
２２日，當車隊就要出發時，秘密警察突然改變了原先擬定的行車計劃：護送總統座車的摩托被減少了一半，向來被安排在總統座車前麵的新聞車也第一次被放在車隊尾。因此，在槍擊發生的當兒，現場竟然沒有一個記者、一架攝影機或照相機。約翰遜掌握著半數負責這次活動的秘密警察，他曾保證豁免參加這次謀殺行動的人員。
另外一個重要的情節是：從一個攝影愛好者拍攝的膠片中可以看出，槍響前的幾秒鍾，約翰遜保鏢的車門已經打開，以便提前下來保護約翰遜。
肯尼迪遇刺身亡後，約翰遜憑借手中的總統大權，控製對這個案件的調查，不僅自己逃脫了罪責，也保護了他的同謀。
１１月２２日早晨，一個鐵路職工在埃爾姆街附近發現三輛車牌被塗抹的汽車在這個已戒嚴的地區來回行駛。接近１２時１５分時，他清楚地看見三個形跡可疑的人藏在木柵欄後麵，其中一人有槍，他還以為他們是肯尼迪的保安人員。他的見證足以說明刺殺肯尼迪不是一個人幹的，而是一個行動小組。１９６６年８月，這個工人在一次莫名其妙的車禍中喪生。
案發後，當肯尼迪還在醫院搶救的時候，約翰遜就下達了清洗敞篷汽車的命令。接著，約翰遜委派他的親信將康納利州長帶血的衣服（康曾與肯尼迪同乘敞篷車）取回洗淨，並再次下令銷毀物證。肯尼迪乘坐的敞篷車一直在白宮警衛的看管下，留有彈痕的擋風玻璃１１月２５日就被更換。