烏迪諾、麥克唐納和旺達姆接連遭致慘敗，再次表明如果沒有拿破侖本人對作戰行動的積極控製，他的整個指揮係統就會徹底癱瘓。他的部屬充其量都不過被訓練為一部機器上的齒輪，自然也就毫無獨立行動的能力。
德累斯頓會戰前兩天發生了一個意外事件，動搖了拿破侖對其德意誌邦聯各部隊的可靠性的信心。威斯特伐裏亞國王熱羅姆送給大軍團作為貢禮的兩個輕騎兵團，途中攜帶全部武器、馬匹和團運輸工具投敵。這雖然還不是根本性的軍事災難，但它不祥地預示著更嚴重的倒戈事件就會到來。
由於未能打垮在德累斯頓與之列陣對抗的敵軍，昔日從莫斯科撤退後所曾麵臨的戰略問題如今又擺在了拿破侖的麵前。夏季眼看就要過去了，每一個星期的消逝，就意味著更多的增援的俄軍生力軍的到來。而拿破侖的兵力問題則日益嚴重。他早已將1814年度新兵征召入伍，而烏迪諾、麥克唐納和旺達姆造成的人員和火炮的損失又是無法彌補的。他僅有的預備隊是奧熱羅的第九軍，正守衛著通過巴伐利亞的交通線。8月30日拿破侖在德累斯頓回顧其戰略形勢時曾口述了一份冗長的備忘錄，其中部分內容對於展示拿破侖心理上的變化是頗有意味的：
我必須在兩項作戰計劃之間作出抉擇：其一是利用戰勝奧地利的有利形勢向布拉格挺進，但我難以先敵抵達布拉格，而且這是一個堅固的設防城市，我不可能攻克它；另外，如果波西米亞發生叛亂，我勢必陷入一種極其困難的境地。我雖可以據守布拉格至海岸一段的易北河，但它太長了。隻要有一點被突破，就敞開了通往威斯特伐裏亞的大門，並將迫使我退入我的版圖內最薄弱的部分。
其二是：進軍柏林。這樣我就可以立即取得一項重大成果。可以保護漢堡到德累斯頓一線，而我將居於這條防線的中心，能在五天之內抵達防線兩端；並可以救援什切青和庫斯特林，還可馬上把俄奧兩軍分割開來；可在柏林找到大量食物，尤其是馬鈴薯，這樣就可把這場戰爭打下去。這場對奧戰爭隻能以十二萬人在德累斯頓和霍夫之間采取守勢，這將給我軍提供一個整編的機會。
對形勢的這一坦率評論，展示了拿破侖的戰略觀念中的一套新思想：他不再醉心於以蒙特諾特、耶拿、弗裏德蘭和奧斯特裏茨諸戰役的方式無情地摧毀敵人的軍隊；他思想上已迷戀上了地理目標--布拉格、柏林。更糟糕的是，在這次戰役中，他已放棄了那些他迄今一直嚴格遵循並經常不斷地向部下強調的基本作戰原則："集中你的兵力"，"切勿將它們分割開來"，"保持相互支援的距離，以縱隊行軍"，"無情地追擊敵人"，所有這些訓示都已置諸腦後。他賦予烏迪諾和麥克唐納的戰鬥目標兩者相去一百二十英裏。旺達姆被派往埃爾茨，離他最近的支援部隊(莫蒂埃的部隊)在後方二十英裏的皮爾納。營方陣的輝煌思想也已被拋到九霄雲外去了。
對烏迪諾在格羅斯貝倫的失敗拿破侖頗為不滿，遂派內伊前去挽救危局，並試圖重新進攻柏林。但他同樣演出了一場悲劇。9月6日在於特博格西南四英裏的鄧尼維茨村法軍與普魯士的比羅和陶恩岑軍遭遇。內伊在戰術上犯了一個大錯誤，以致被徹底擊潰，損失二萬四千人和八十門火炮。普軍損失約六千人。
使拿破侖更為惱怒的是麥克唐納在卡茲巴赫為布呂歇爾所敗。他氣急敗壞地大發了一頓雷霆。9月5日他親往包岑，企圖以生力軍控製和挽回局勢。然而布呂歇爾小心翼翼地撤走了。兩天後拿破侖又返回德累斯頓。其後數周，大軍團一直采取守勢。在德累斯頓與埃爾茨之間的平原上兩軍彼此對峙，雙方均派出了強大的偵察部隊以探悉對方的意圖。拿破侖親赴前線視察，對部隊的警戒狀況極為不滿。9月19日，他發布了如下軍令：
朕對輕騎兵團執行警戒勤務的狀況十分不悅。戈布爾赫將軍指揮的第一騎兵軍，負責掩護全軍翼側，卻沒有布置警戒，所有戰馬均無管束。按照軍法這種玩忽職守的行為可以處死。
朕發現一個騎兵警衛班長在皮爾納附近執行警戒任務時鬆韁放馬，陛下命令該班長降為普通士兵。
凡駐部隊翼側的騎兵將領如違反現行命令，忽略派出警戒，使部隊暴露在敵人的突然襲擊之下，一律送交軍事法庭審判並處以死刑。
下一步到底應該如何行動，拿破侖依舊舉棋不定。在其後的數周裏，他曾下令調動某些部隊，但隨後又取消了這些命令。他開始意識到，盡管他贏得了三場會戰的勝利，但他已經輸掉了整個戰役。戰爭的主動權已經轉移到了聯軍手中，他們的資源比他遠為豐富。他很難決定到哪兒去過冬。一月份易北河即將封凍，哥薩克騎兵和普魯士槍騎兵可以暢行無阻。駐漢堡、馬格德堡和維滕貝格的法軍以及什切青、庫斯特林和法蘭克福各處奧得河上的橋頭陣地都將有被切斷的危險。德累斯頓東部地區的補給日益短缺。部隊的口糧減少到每人每天僅八盎司麵包、八盎司肉和三盎司大米。9月23日拿破侖寫信給庶務總長說：
軍中無可食之物，要找點東西出來簡且是幻想。
這些困難的存在促使拿破侖考慮從德累斯頓撤住供應狀況較好的萊比錫。同時他還開始為自己的退卻線的安全而擔憂。9月17日他派遣一名軍官給維爾茨堡的奧熱羅送去一份密碼文件，要求奧熱羅立即將第九軍推進到科堡和耶拿一帶以掩護薩勒河上的渡口。
正當拿破侖在各種行動方案之間躊躇不定的時候，聯軍卻發起了攻勢行動。布呂歇爾在其精明能幹的參謀長格奈森諾的支持下，極力說服三國君主，使他們確信發動巨大的鉗形攻勢，包圍大軍團的時機業已成熟。布呂歇爾本人率六萬五千人，與易北河平行向西北方向前進，在維滕貝格渡過易北河後，揮師南下，直指萊比錫。在他的右翼，貝爾納多特於德紹渡過易北河後也向南運動；施瓦岑貝格則構成這把鐵鉗的南牙，殺出埃爾茨山，從東南方向挺進萊比錫。這是一個明智穩妥的作戰計劃，在軍事思想上，頗有拿破侖的風格特點。
9月26日布呂歇爾開始運動，10月3日在維滕貝格上遊十英裏處的瓦爾滕貝格渡過易北河。逐退了貝唐德的第四軍，雙方均受到相當大的損失。貝爾納多特率七萬人，在德紹渡過易北河下遊，未遇抵抗。到九月底，施瓦岑貝格率十三萬人也穿過埃爾茨山，向克姆尼茨開進。
9月27日，拿破侖開始對聯軍行動有所覺察。他下令派出強大的偵察部隊，同時命令在易北河左岸再增修一倍的碉堡。這樣在皮爾納至維滕貝格之間，每兩英裏半便能有一座堡。但是，他動手太晚了！聯軍已經渡過了易北河。如今他生活在自欺欺人的陰暗氣氛之中。當驚惶不安的謠言從四麵八方傳來時，他還於10月3日斥責貝爾蒂埃：
一個人決不應為一點雞毛蒜皮的事大驚小怪，決不能讓妖魔鬼怪嚇得喪魂落魄。一個人必須意誌堅定，明察秋毫。
10月6日拿破侖終於開始意識到問題的嚴重性，他不顧一切將打擊力量集中於邁森，邁森對麵之敵似乎正在集結威脅著他通往萊比錫的主要退卻線。翌日，他離開德累斯頓，偕同薩克森國王與王後，前往邁森。但他仍舊拒絕承認正在放棄薩克森首都。他留下聖西爾的第十四軍防守該城，並在邁森給聖西爾下達了一份語無倫次的指示：
我希望誘使敵人會戰。10月8日全天務必守住皮爾納前麵的陣地。我將於明天最後作出決策。如果還有誘使敵人交戰的一線希望，我的意圖是堅守德累斯頓。準備好麵包，加修工事，撤走一切可以後送的傷員。連德累斯頓的水果車也可用來運送傷員。請民眾放心，告訴大家我從未考慮過撤離德累斯頓，你有五萬人在守衛它。
隨即，拿破侖將大本營後移四十英裏，設在通往萊比錫的公路上的烏爾岑，在這裏又向部隊發出了一係列矛盾百出的命令。此後，他再也沒有返回德累斯頓。
10月10日拿破侖又將大本營移至萊比錫以北二十英裏的杜本，宣稱他的意圖是率主力在維滕貝格渡過易北河，殲滅布呂歇爾的軍隊。他甚至考慮放棄萊比錫向馬格德堡和柏林北進。但是就在同一天，他又告訴繆拉在打敗西裏西亞軍團後，他很可能於13日返回萊比錫。他的敵人現正在從三個方向朝他逼近，就連畏首畏尾的貝爾納多特也小心謹慎地從德紹推進到了哈勒，切斷了拿破侖與馬格德堡的聯係。10月12日拿破侖最後斷定他必須集中全部兵力於萊比錫進行一場決戰。繆拉奉命在該城東南的山丘上阻擊施瓦岑貝格，內伊則退至東北方向陶哈附近陣地迎戰布呂歇爾。10月14日拿破侖將大本營從杜本回移至萊比錫東北方不到兩英裏的一個小村莊羅伊德尼茨。
在德意誌領土上進行的這最後一場激戰，拿破侖所選擇的戰場是再糟不過了。事實上，他是被驅趕到這裏來的，因為他固執己見，自欺欺人，總以為可以發動一係列攻勢行動打敗敵人。兩個月前當聯軍還極其分散的時候，他也許可以這樣做，但現在已為時太晚了。他率領的十九萬人馬，連日長途行軍，饑渴頓踣，被三十萬聯軍無情地圍進了一個狹窄的圈子裏，毫無機動餘地。當年的萊比錫和現在一樣，是一個繁華的商業城市，位於艾爾斯特河、普來澤河和帕爾他河交彙處的淺沼低窪地的中央。從北麵、東麵、南麵向萊比錫會聚的七條大道均被聯軍封鎖。西南方向上尚敞開著一條唯一的退路，經過一座石橋，穿過艾爾斯特沼澤地，沿上薩勒河穀可達埃爾富特、戈塔和美因茨。
10月16日，聯軍發動向心攻擊，"民族會戰"開始了。拿破侖將其兵力的大部分包括第二、第五、第八、第九、第十一和第十二軍，部署在萊比錫東南五英裏的一座低矮的山脊上，正麵抗擊施瓦岑貝格的進攻。在其後則是近衛軍和繆拉的騎兵軍。防禦圈的北麵均歸內伊統一指揮。馬爾蒙的第六軍被布呂歇爾逐回距萊比錫約兩英裏的默克恩。馬爾蒙的右鄰是雷尼埃的第七軍和蘇漢的第三軍。所有通往西南方向的出口均由位於林德瑙村的貝唐德第四軍把守，古雷的一個奧軍師正對其發動猛攻。天氣寒冷，薄霧蒙蒙，驟雨陣陣，施瓦岑貝格在南麵的進攻開始發展順利，法軍被逐出瓦肖和馬克勒堡等村莊。拿破侖急忙趕到那裏，集中了大量炮火，粉碎奧軍的進攻。此後，繆拉還率萬名騎兵發起一次蔚為壯觀的衝擊，但是法國騎兵失去了凝聚力，被聯軍的反擊逐回。北麵戰場同樣發生了一場激戰，布呂歇爾將馬爾蒙驅出默克恩，繳獲了五十三門火炮。一天過去，勝負難分，交戰雙方各傷亡約二萬人。
17日，雙方喘息休整。拿破侖請求休戰，並以此作為和談的預備性步驟。但聯軍未予理睬，因為他們對於拿破侖的外交伎倆早就領教夠了。但他們也不急於重新開戰，因為本尼格森率四萬俄軍生力軍即將到達，科洛雷多率領的奧軍也正在途中，勉強從命的貝爾納多特看到會戰勝利在望，終於將其六萬人馬在萊比錫東北方的陶哈一帶展開。與貝爾納多特的部隊一起的還有一支英國皇家乘騎炮兵的火箭隊，裝備有康格雷夫火箭。
10月18日戰鬥繼續進行。拂曉前，拿破侖視察了戰場各個地段。上午七時，聯軍發起攻擊，法軍盡管頑強抵抗，但終因眾寡懸殊漸漸被迫退守萊比錫郊區。下午雷尼埃指揮的薩克森和符騰堡部隊投向聯軍。法國炮兵幾乎把所有炮彈都消耗光了。這一天，雙方損失都在二萬五千人左右。夜幕降臨時，拿破侖被迫放棄戰鬥，下令向西南撤退。這一天恰好是拿破侖莫斯科撤退的一周年。
幸好貝唐德將古雷從林德瑙趕走，從呂岑到魏森費爾斯和薩勒河穀的退路尚未封閉。19日，大軍團開始撤退，但是一路上險象叢生，各種災難接踵而至。狹窄的道路擁塞不堪。由於一位工兵少尉的錯誤，艾爾斯特河上的一座石橋在後衛部隊得以通過之前就被炸毀了。在一片混亂之中，兩天前剛剛被封為法蘭西元帥的波蘭親王波尼亞托夫斯基落水而死。另外兩名軍長勞裏斯頓和雷尼埃連同三萬三千名官兵和二百六十門火炮全部落入聯軍手中。假如施瓦岑貝格不是隻派一個奧軍師去封閉林德瑙這個出口，而是將本尼格森的整個軍都派到林德瑙去，那麼拿破侖本人以及全部法軍就可能都已成為階下囚了。
拿破侖殘部奪路逃往萊茵河，聯軍並沒有十分積極地對其襲擾。10月30日，快接近法蘭克福時，拿破侖發現雷德指揮下的四萬名巴伐利亞軍擋住了他的去路，此時，巴伐利亞國王已經轉而效忠聯軍方麵。德勞特指揮五十門火炮投入戰鬥，將對方打退。11月2日拿破侖抵達美因茨，留下馬爾蒙率三個軍為後衛，自己則於7日啟程回巴黎。
萊比錫的慘敗應由拿破侖本人負責。他出於維持易北河一線以此作為帝國東部邊疆的政治需要，固執地無視這一事實，即麵對在數量上占優勢的聯軍，要在軍事上堅守易北河一線是不可能的。他的棋盤已經鋪得太大了，而他思維的靈活反應能力卻正在衰退。從漢堡到德累斯頓的直線距離為二百四十英裏，而江河線則更是長得多，隻要下決心，許多地方都可越過。然而拿破侖卻讓最優秀的軍長達武率領三萬之眾坐守漢堡孤城。在這條線的另一端他同樣讓聖西爾和穆頓率三萬人閑居在德累斯頓。假如拿破侖能像威靈頓那樣選擇適當的防禦陣地予以占領，將上述六萬人充分利用起來，並由精明強幹的將領指揮，那麼他很可能會贏得萊比錫會戰的勝利。但事實不是這樣，他把自己推入了絕境。拿破侖的軍事天才最終為其政治野心所葬送。