總後勤部給三九集團提出了經營發展的硬指標：從1993年起，5年以後，年利稅要達到10個億，上繳5個億，跨入全國100個大企業行列。
任務是艱巨的，但是趙新先胸有成竹。經過一段時間的深思熟慮，他向集團提出了六個方麵的措施：
一是加快集團的第一大產業--製藥工業的發展，通過5年的努力，使這個基礎工業的產值達到25個億。
二是充分利用深圳市的優勢和房地產的巨大潛力，大力發展房地產行業，使其成為三九集團的第二產業。
三是從事包括現有的進出口、旅遊業在內的其他行業。
四是建立跨國公司向海外發展，把三九集團的各種產品推向國際市場。
五是建立強大的新產品基地。
六是加快集團的股份製改造和股票上市的步伐，集中和吸引更多的社會資金，用於新項目的開發。
三、不斷創新：三九集團前進的力量源泉
維持現狀、滿足現狀是懶漢哲學，最終必將被時代所拋棄，隻有不安於現狀、不斷地吸納時代的新氣息，消化各種有益的智慧，並根據自己的實際情況創造出新的知識，提出新的發展思路，才能不斷獲得前進的力量，走在時代的前列。
(一)體製創新：將企業塑造成高效
運轉的高能細胞傳統計劃經濟體製下的工廠製企業在走向市場後難以適應，表現出低能低效。要改變這種局麵，適應計劃經濟向市場經濟的轉變，保證企業經營的國有資產保值增值，必須徹底按市場經濟的要求改造企業，將企業塑造成高效運轉的高能細胞。根據這一思路，在中國人民解放軍總後勤部黨委和各級領導的關懷支持下，趙新先和三九集團努力探索了適應市場經濟要求的企業體製。
1.真正的企業家掌握了企業的經營
現代企業以其全部法人財產，依法自主經營，自負盈虧；依法享有民事權利，承擔民事責任。企業能否改變其在傳統計劃經濟條件下行政機關附屬物的地位，關鍵看是否有成熟的真正的企業家來經營企業。為此，江澤民同誌1995年在視察上海等地發表的重要講話中指出："隨著國有企業改革的深入，企業廠長、經理的地位和作用顯得更加重要。很多事例表明，在大體相同的外部條件下，企業改革和發展的成功與否，與企業廠長、經理的素質高低、能力大小有著極大的關係。一個政治思想素質好，具有開拓精神，善於決策，精於管理的廠長、經理能使一個企業由弱變強，由小變大，由虧損變盈利。"因此，《中共中央關於建立社會主義市場經濟體製若幹問題的決定》把"造就企業家隊伍"作為建立現代企業製度的一項重要任務提出來。
企業家作為企業資本的人格化，能否成為企業的指揮核心，能否真正代表企業，在企業管理中貫徹自己的管理意誌，關鍵是企業責權利的統一。
三九集團能有今天的成績關鍵是有一個開明的好"婆婆"。
總後黨委和領導一直關心、支持三九集團，三九集團一成立，總後生產管理部就明確了除管黨、國家和軍隊路線、方針、政策的貫徹，管國有資產保值增值，管上繳利潤，管重大項目審批外，隻管趙新先一個人。充分授權企業家來掌握企業的命運。三九集團總經理兼黨委書記趙新先同誌是1964年大學畢業後入伍的，經過部隊30多年培養，曾榮獲全國優秀企業家、中國經營管理大師、全軍二級英模等稱號，並獲得過全國科技實業家創業獎金獎。他有很高的素質和創新精神，有對市場敏感性和不斷進取等優秀企業家的品質。自南方藥廠成立到組建三九集團，總後的幾任領導都一如既往地支持趙新先，避免了一些國有企業頻繁更換企業領導，無法真正實現自主經營、自負盈虧的問題，保證了企業發展的連續性和持久性。
三九集團自藥廠創業10年來，不斷麵臨著新舊體製的矛盾，作為企業家的趙新先也一直處於新舊體製碰撞漩渦之中，但他堅持改革，堅持按市場經濟規律辦企業，不斷探索搞好國有資產經營之路。
三九集團成立後，也是根據市場經濟的要求，讓真正的企業家來經營企業，並建立了法人代表負責製，其核心是在企業徹底實現責權利的統一，通過委托代理關係建立起企業資本保值、增值的嚴格責任體係，比較好地解決了傳統計劃體製下國有企業內名曰集體負責實際無人負責導致企業經營困難的問題。實踐證明，這種體製是有生命力的，原來深圳三九大酒店加入三九集團前一直虧損，進入三九集團後，第一年便盈利了870多萬元，第二年盈利1790萬元，現在已擁有了16家連鎖酒店。
2.將企業建立在市場經濟的基礎上
我國經濟改革的目標是建立社會主義市場經濟體製，這就使整個社會經濟必須由傳統的計劃經濟向市場經濟轉軌，市場對企業的作用越來越重要，用趙新先總經理的話說："我們處在一個由市場決定企業生存，消費者決定企業命運的時代，因此企業必須按市場的要求來運轉，國有企業必須按市場經濟的要求來改造。"一位研究三九集團機製的專家指出：三九集團的成功，說明麵對市場競爭，企業不僅僅是推銷產品，開拓市場，更重要的是企業本身要按市場經濟的要求來一個脫胎換骨的變化，來一個機製再造，實行適應市場經濟，體現現代企業製度精神的"三九機製"。
強烈的市場意識，使三九人在建藥廠上項目之初，便以市場需求為基礎，選那些市場急需、市場容量比較大、生產成本較低的產品，走高科技、高質量、高效益的道路。在選定"三九胃泰"作為主導產品投入生產後，他們不但走出廠門去推銷自己的產品，而且瞄準目標市場作起了當時人們還不熟悉、國際上慣用的開拓市場的手段--廣告，利用人們對傳媒的關注，推銷自己的產品，取得了巨大成功。
與此同時，三九集團領導成員發現由於我國處於由計劃經濟向市場經濟的轉軌時期，市場體係正在形成中，市場中一些不規範的問題嚴重困擾企業，其中三角債是最突出的問題，由於市場風險增大和交易成本的不斷提高，企業產品銷售成本已占產品總成本的10%～15%，銷售渠道決定著企業的命運。為了進一步開拓市場、占領市場和及時把握市場的脈博，1992年，以南方藥廠經貿部為基礎組建了三九經貿公司，開始建立自己的銷售渠道，此後采取參股和控股的辦法兼並了長沙、寧波、無錫等醫藥公司建立了自己的銷售網絡，又以原三九德國公司國內貿易部為基礎組建三九商業連鎖公司，向綜合商社邁進。
建立自己的銷售網絡，使三九集團貼近了市場，了解了市場，進而大大開拓了市場，贏得了市場。1994年，三九集團通過自己的銷售網絡實現的銷售額達22億元，比其他渠道多1倍；1995年，在其他企業產品積壓嚴重、大量貨款被拖欠的情況下，三九集團的回款率反而上升，所以三九人認為南方藥廠之所以有名氣、美國默克等著名的跨國公司願意與三九集團合作，主要是看好三九機製和三九的銷售網絡。銷售網絡是三九集團在市場經濟大潮中搏擊取勝的法寶之一。
3.以名牌為中心的企業發展戰略
80年代，以市場為導向的體製改革進行著。隨著生產的發展，到90年代初，市場悄悄地發生了根本性變化，即由賣方市場向買方市場轉變，短缺市場已不複存在，那種上一個項目即可賺錢的時代已一去不複返了。正是基於對市場發展規律的認識，建廠之初趙新先總經理就提出："沒有創造出自己的拳頭產品，沒有自己的知名品牌，是不可能在市場上長久生存的，世界上可口可樂、索尼等大企業，哪一家沒有自己的著名品牌?"正因為意識到著名品牌是企業在市場競爭中取勝的法寶，是企業求生存，爭發展的銳利武器，三九集團開始實施名牌戰略。在推出第一個產品--"三九胃泰"時，首先是千方百計提高產品的科技含量，保證產品質量，同時，不失時機地進行廣泛宣傳，創牌子。通過市場創名牌，依靠法律護名牌，科技進步固名牌，嚴格管理造名牌，在國內市場創出了"999"這塊著名品牌。根據北京名牌資產評估事務所評估，截止1995年底，"999"品牌價值為34.17億，進入全國十大品牌之列。其後利用名牌效應進行品牌擴攻，不僅形成中成藥、化學合成、生物工程藥和保健品等係列產品，還形成了酒、食品等係列產品，為集團化規模經營提供了市場競爭的有利武器。
4.構建現代企業製度的內在機製
南方藥廠成立之初，麵對的就是市場，沒有任何計劃指標，有的隻是500萬元貸款。
企業要生存，就必須麵對市場，不僅要把自己生產的產品拿到市場上去推銷，而且必須按市場的要求來塑造企業自身，這就是建立區別於行政機關附屬物的傳統國有企業體製的新的現代企業體製。
三九機製的核心內容有六個方麵：法人代表負責製；通過委托代理製使企業擁有經營自主權；"四能"的動態調節機製；1∶18的分配製度；嚴格的監督製藥機製；科學的決策機製。
三九機製的關鍵是根據市場經濟的要求，以優化資源配置為目的，在企業中徹底實現責權利的統一。通過委托代理製建立起企業嚴格的責任體係，根據市場要求進行組織機構設置及人才配置，建立適應市場經濟的企業激勵機製與約束機製。
三九機製為塑造經濟的高能細胞打下了體製創新的基礎，為實現企業資本的快速增值提供了製度保證和強大動力。三九機製中一個很有名的具體管理就是"四能"的動態調節機製，這是針對80年代初傳統國有企業"四不能"提出的，而"四能"機製塑造了企業職工的動力機製和激勵約束機製。
在"四能機製"中，工資的高低由什麼決定?最直接的是工作質量、產品質量，根本依據是效益原則和效率原則，即是否有利於提高企業的經濟效益，促進企業的發展。這就把企業高效率的經營落實到了具體的運作上，每個幹部和職工都自覺地把提高效率，最終提高企業的經濟效益實現資產增值作為自己的責任。
實踐證明，"四能"機製初步使企業按市場的要求進行了資源優化配置，它不僅極大地調動了全體員工的積極性，而且保證了企業在激烈競爭的市場麵前保持高度的靈活性，及時適應了市場變化，掌握了主動。麵向市場，企業不能對自己的行為進行有效地動態調節就會失去市場主動權，就會被淘汰。
10年來，三九集團正是有了三九機製，在宏觀經濟運行中無論波峰還是波穀依然是高速發展，使資產快速增值。僅南方藥廠1987年1月投產以來，第一年創利稅178萬元，1988年創利稅1400萬元，1989年創利稅2800萬元，1991年創利稅9800萬元，1993年創利稅2.85億元，1994年創利稅4.6億元，1995年產值和利稅比1987年分別增長了198倍和247倍，人均創利稅31.3萬元。這就是高能細胞的巨大能量。
(二)管理創新：不斷贏得新的競爭優勢
企業管理工作是現代企業一切工作的基礎。人們通常說辦企業要"三分技術、七分管理"，這充分說明了企業管理的重要性。一位美國著名企業家指出，最終的分析表明，90%的企業破產是由於管理上的無能和缺乏經驗。同時，有關部門對我國近期虧損企業調查後發現，經營管理不善造成的虧損占80%以上。可見加強管理是實現高效率資產運營的重要基礎。
三九人正是看到了這一點，從80年代末開始就圍繞"抓管理，上等級，創國家二級企業"的目標，對照國家企業的升級標準，著重抓了企業的定額、標準化、計量、信息、崗位培訓等管理基礎工作和企業的計劃、技術、質量、設備、財務及營銷等管理工作，建立起了嚴格的經濟責任製，並於1990年跨入了國家二級企業的行列。這些南方藥廠打下了很好的管理基礎。
隨著藥廠的飛速發展，規模迅速擴大，人員日益增多，1991年初黨委全麵分析了南方藥廠90年代麵臨的形勢和任務，提出了用管理創新來贏得市場新的競爭優勢，繼續實行資產快速增值方針。從1991年開始三九集團圍繞加強質量管理、財務管理，人事管理，開展連續5年的"管理年"活動。
市場經濟是市場決定企業生存，消費者決定企業命運的時代。三九人深深懂得要使消費者滿意，要占領市場的關鍵是要及時地提供高質量的產品和服務。企業的一切關鍵在於質量，隻有高質量才能取信於民，隻有高質量才能贏得市場，也隻有高質量才能實現企業良性循環，資產不斷增值。因此，三九人把質量管理看作企業管理的綱，首先開展了"質量管理年"活動。
他們把抓質量管理與傳統計劃經濟的思路相區別，明確質量管理就是要圍繞實施名牌戰略，爭創名牌產品，走質量效益型的發展道路。
名牌的基礎是高質量，抓質量要以市場為導向，要與國際慣例接軌。南方藥廠從1992年開始在國內中藥生產企業率先與國際製藥業質量管理接軌，實施GMP(國際藥品生產規範)。全廠在學習全麵質量管理的同時，普及GMP知識，並成立GMP推廣辦公室，負責實施GMP工作。首先，對藥廠各車間進行GMP改造，先後投資2300萬元，對原生產車間進行GMP改造，還投資7000萬元引進先進設備進行技術改造，使改造後的衝劑、丸劑、片劑、口服液、膠囊、軟膏等生產車間全都達到GMP標準的要求。同時使藥廠生產自動化水平大大提高，保證了企業質量的技術設備基礎和市場競爭中的技術優勢。改造後藥廠生產用工人數比前一年減少65%，從而使生產成本大大降低。
高效率的資產運營在三九集團就是這樣通過不斷提高生產效率實現的。
取得技術設備上的優勢，使三九人在技術改造中一次次地嚐到甜頭。皮炎平軟膏是南方藥廠近年來的一個主導產品，過去采用半機械化生產，工人勞動強度大，產品一次下機合格率總是在90%左右徘徊。不僅嚴重影響產品質量，而且產品成本也比較高。1993年初，三九集團投資800多萬元進行技術改造和技術攻關，使皮炎平軟膏的一次下機合格率提高到98%以上，每年因此減少次品及廢品損失達數百萬元。同時，由於生產設備的現代化，勞動生產率的提高，生產用工比原來減少1/3，經測算每箱成本降低了20元，該車間改造後投產2年以來，僅直接降低成本達560多萬元。
與此同時，在軟件建設上，建立健全各項規章製度，實行全麵質量管理，嚴格按GMP標準進行生產、運輸、貯存。從生產的每一環節--人、機、料、法、環保入手保證產品質量。
藥廠抓質量管理，建立嚴格的質量責任製，把產品生產和銷售的每一過程的質量責任都落實到每個人的頭上，實行三個層次的質量保證體係，過程控製和最終檢驗相結合，嚴格行使質量否決權。對生產不合格產品的職工，查明原因，屬責任事故的不僅扣除當日的工資和全月的獎金，還要部分賠償因產品報廢導致的原材料損失，並對職工進行過失性、自然性和階段性淘汰，用這種嚴格的質量否決製，從製度上保證了產品質量的不斷提高。
三九集團抓質量，最突出的是圍繞用戶需要不斷進行質量改進，創立消費者信賴的名牌。