漢武帝獨尊儒學後，《論語》的地位日益提高。《論語》的三種傳本在官府都有人傳授。漢元帝時張禹（？—前5年）為太子講授《論語》，其編《張侯論》，隨太子繼位（是為成帝）其地位益尊。此時，《論語》被視為“五經之轄，六藝之喉衿”（趙岐《孟子題辭》），即達到五經非《論語》則無以運行的地步。東漢時被列為六經之一，後又列為七經之一（《孝經》名為經，但漢人稱為傳，後也被列為經，與詩、書、易、禮、春秋、論語合為七經）。
漢代還出現兩種影響較大的《論語》合編改訂本。一為《張侯論》，由西漢末安昌侯張禹混合《齊論》《魯論》，“刪其煩惑，除去《齊論·問王》《知道》二篇，從《魯論》二十篇為定”（《隋書·經籍誌》）。張禹師事夏侯建，夏侯建師事夏侯勝，他們是代代傳授而較有根據的。一為東漢末鄭玄（127—200）注本《論語》，鄭注本主要根據《張侯論》本，而複以《齊論》《古論》校之，並為之注，遂流行至今。鄭玄《論語注》曾盛行當時，但已亡佚，現在所能見到的隻是許多輯佚本。
《論語》在漢代已有注本，相傳孔安國曾為《古文論語》撰訓解，但世不傳。馬融也為《古文論語》作注。包鹹、周氏為《張侯論》撰作章句。鄭玄以《張侯論》為本，參考《齊論》《古論》，而為之注，曾盛行於當時。可是這些注本早佚。其部分義釋保留在三國魏何晏（190—249）諸人之《論語集解》中。清馬國翰《玉函山房輯佚書》有鄭注之輯佚本。敦煌千佛洞石室也發現有鄭注之殘本。
西漢之後，《論語》已經成為經典，沒人再敢妄加編刪改動了。無論文字是否通順，意思是否一貫，大家能做的就是注釋，並在“微言”中尋找“大義”。《論語》的內在邏輯和思想深度，完全淹沒在了漢代以來浩如煙海的注釋中。
魏晉時期，魏何晏與孫邕、鄭衝、曹羲、荀爽五人合作《論語集解》，雜采漢魏經師孔安國、包鹹、周氏、馬融、鄭玄、陳群、王肅、周生烈八家之說，而將自己意見列在最後，為研究《論語》思想的重要參考。唐以後開始隻署何晏一人之名。此書宋代亡佚，直到清末，才得日本正平本回到中國，現已收入《十三經注疏》。魏王肅也撰《論語解》，與鄭注故意立異，但今不傳。《論語集解》中可見說之部分。
南北朝時期，南朝梁皇侃（488—545年）編《論語義疏》，以《論語集解》為主，而兼采老莊、玄學、佛語之說入疏，可證《集解》所集諸儒之說。南宋時曾亡佚，清乾隆間複由日本覓回。
宋代邢昺（932—1010）根據皇侃《論語義疏》，翦其枝蔓，輔以義理，撰《論語正義》，開義理說經風氣之先。但邢疏已經不若《義疏》的多存古義了。清阮元（1764—1849）有校勘，見《重刊宋本十三經注疏》。南宋紹熙元年（1190年），朱熹把《論語》和《大學》《中庸》《孟子》合為“四書”刊印。朱熹輯集宋儒十一家學說，撰《論語集注》，重義理但也並非不注意訓詁，對後世有較大的影響。
元延祐年間複科舉，以《四書集注》試士，此後《論語》文句變為八股教條。如康有為所說：“蓋千年來，自學子束發誦讀，至於天下推施奉行，皆奉《論語》為孔教大宗正統。”（《論語注》）
清代《論語》注本甚多，但以焦循（1763—1820年）《論語通釋》較為精審，以劉寶楠（1791—1855年）《論語正義》最為詳博。近代康有為（1858—1927）《論語注》尊今文經學，其引證以今文學為主，正偽古之謬，發大同之漸。
近人注本多不受漢學、宋學之囿，並注意詮釋之簡潔、通俗。其中以楊伯峻《論語譯注》與錢穆《論語新解》流傳較廣。
自古至今，《論語》各種注本約有三千餘種，真正的汗牛充棟、學海書山。
《論語》在中國思想史、文化史、教育史上都產生過很大影響，其思想內容、思維方式與價值取向也影響著中華民族的心理素質。
毛澤東說“孔夫子的《論語》傳下來了”，看似簡單的一句話，卻點出了《論語》二千年的傳播史，揭示了《論語》在傳統文化中的曆史地位。他把《論語》與“五經”“十三經”“二十四史”放在一起來考量，是把它們看作子學、經學、史學代表作來看待，是放在傳統文化至高點上來看待。