在《論語集注》中以《學而篇》用力最深，認為“此為書之首篇，故所記多務本之意，乃入道之門，積德之基，學者之先務也”（《論語集注·學而篇》按語）。朱熹在解釋孔子的“君子務本，本立而道生。孝悌也者，其為仁之本與”的話時，說道：“仁者愛之理，心之德也……孝悌乃是為仁之本，學者務此，則仁道自此而生。”以“愛之理，心之德”的概括解釋孔子的“仁”。頗具道學家義理之學的特色。
朱熹傾畢生心力注《四書》，前後經過四十餘年，畢力鑽研，死而後已。朱熹稱其“集注”乃多年研究成果，“沈潛反複，蓋亦有年，一旦恍然似有以得其要領者，然後乃敢會眾說而折其中”。而且“脈絡貫通，詳略相因，巨細畢舉，而凡諸說之同異得失，亦得以曲暢旁通而各極其趣”（《四書集注·中庸章句序》）。“四書”經過他的反複研究，頗為完整，條理貫通，無所不備。
南宋紹熙元年（1190年），朱熹知漳州，刊刻四書，“四書”之名由此確立。“四書”的產生，確立孔子思想的主導地位，使中華文化由“五經時代”發展到了“四書時代”。“四書”突出《論語》、孔子和孔子思想。
朱熹集注《四書》，其主要目的是借此宣揚程朱理學思想。在注釋中，選取前人注解並附己意，多從義理上發揮。他把理學家特有的許多概念和思想加給《四書》，如在《大學章句》一節中，加進了他認為原文缺佚的“致知在格物，物格而後知至” （《四書集注·大學章句》）的思想命題。此書注意從整體上探求與把握原書的思想體係，剖析疑似，辨別毫厘，而疏於名物訓詁。書中就哲學、政治、教育等方麵大量發揮理學論點，力圖賦予孔孟思想以理學色彩。
朱熹死後，《四書集注》逐漸風行，被視為“六經之階梯”。南宋以後被曆代封建統治者所推崇。南宋寧宗嘉定五年（1212年），把《論語集注》和《孟子集注》列入學官，作為法定的教科書。明清時期理學成為官方哲學，占據著封建思想的統治地位，禦定此書為讀注本，為學官教科書和科舉考試的標準答案。《四書集注》被統治者捧到了一句一字皆為真理的高度，對中國封建社會後期思想產生了深遠巨大的影響，是研究儒家學統及朱熹思想的一部重要著作。
1958年11月21日，毛澤東在武昌會議上談到有實無名問題時說：
有實無名，可不可以比方一個人學問很高，如孔夫子、耶穌、釋迦牟尼，誰也沒有給他們安博士頭銜，並不妨礙他們行博士之實，孔子是後來漢朝董仲舒捧起來的，以後不太靈了。到了唐朝好一點，特別是宋朝朱熹以後，聖人地位就定了。到了明清兩代才被封為大成至聖文宣王之位……（許全興：《毛澤東與孔夫子》，人民出版社2003年版，第331頁）
毛澤東雖然評說朱熹沒有具體講到《論語集注》，但是說“宋朝朱熹以後，（孔子的）聖人地位就定了”，顯然主要是肯定了《論語集注》在維護鞏固孔子地位中的曆史性作用。
毛澤東談《論語》，談“朱注”，談朱熹在《論語》集注疏解中的功勞和貢獻，表明他對“朱注”和《論語》傳播史是相當熟悉的。