要實現這一至高無上的終極目標，就必須徹底消滅一切可能危及其專製統治的政治勢力。為此，對外連年頻繁用兵，調遣數十萬大軍，三次征伐嶺南，占領包括現今兩廣地區及越南北部的“百越之地”，無限度地擴張疆土。如同西漢文章大家賈誼在《過秦論》中所形容的：“振長策而禦宇內，吞二周而亡諸侯，履至尊而製六合，執捶拊以鞭笞天下，威振四海。”
他聽信了裝神弄鬼的方士關於“亡秦者，胡也”的進言，以為防備匈奴的侵擾是當務之急，遂派遣大將蒙恬率領三十萬軍隊，北出朔漠，追擊匈奴七百餘裏，收複被占領的一切失地；並把昔日秦、趙、燕各國所築長城加以修繕，連接成西起甘肅臨洮、東至遼東邊陲的萬裏長城。建立起一個疆域空前廣闊的東到東海以及朝鮮，西至臨洮、羌中，南到日南郡北戶，北方據守黃河以為關塞，依傍著陰山，一直到遼東的以漢族為主體的多民族的封建大帝國。
為了加強中央集權，秦始皇否定了丞相王綰提出的恢複分封製的主張，實行郡縣製，分天下為三十六郡。郡置郡守，縣置縣令，中央設立“三公九卿”，協助皇帝處理政治、軍事、經濟等事務。這一政治體製，加強了皇帝對政權的有效控製，開創了帝權獨攬的封建專製主義的先河。
與此同時，為了防止敵對勢力的滋生，他還下令墮毀各地的城池，屠戮天下豪傑之士，收繳全國各地的兵器，把它們聚集在鹹陽，統一銷毀，熔鑄成樂器和十二座銅人，借以消除各種潛在的反抗力量。為了便於朝廷控製，還把關東六國的貴族、豪富十二萬戶，統一遷徙到秦都鹹陽附近，隨時偵察他們的動靜。並以鹹陽為中心，修築了兩條馳道：一條東通海邊，一條南入吳楚，以便哪個地方一旦發現叛亂動向與苗頭，即能迅速調動軍隊前去彈壓。
他采納了丞相李斯的主張，下令除醫藥、卜筮、種植之書和秦國史書外，其他書籍一律燒毀。對於相聚討論詩書者，在市上處死；推崇古代、誹謗當世的，誅殺全族；知情而不檢舉者，以同罪論。一年過後，由於發生了議論皇帝“天性剛戾、以刑殺為威”的方士相率叛逃的事件，始皇帝遂遷怒於儒生，以“或為妖言以亂黔首”的罪名，活埋了四百六十多人，製造了曆史上首例“焚書坑儒”事件。
這樣，就更加激起了人們的反抗。謗議叢生，讖言風起。有人在流星隕石上寫下了“始皇帝死而地分”的話。他遂派遣禦史逐戶審問、搜查，弄不清楚來由，便把住在隕石附近的所有居民，統統抓起來殺掉。緊接著，又有使者報稱，有人散布“今年祖龍死”的言論，這進一步加劇了他求生畏死、希冀長生的欲望。