許遵見黃仁叫朱阿雲在供詞上畫了押，再三斟酌，以“謀殺已傷，按問自首，罪減兩等”判刑上報，阿雲固然保全了一餘性命，不想竟激起了軒然大波，官司打到了當朝皇帝趙頊那裏。這便是阿雲一案的始末。
垂拱殿在紫宸殿西，藻井上濃重而又略顯陳舊的色彩，更顯得肅穆莊嚴。守候在垂拱殿外的入內內侍省押班蘭元振高喝一聲：“翰林侍讀學士司馬光、翰林學士兼侍講王安石奉旨見駕！”隨即，司馬光和王安石一前一後走了進來行禮如儀。趙頊見司馬光和王安石於端肅中見安詳，自有一種臨事不亂，處變不驚的大家風範，心裏暗暗稱讚：“真乃社稷之臣！”嘴裏說道：“賜坐。”接著，他微微含笑說道，“阿雲一案，朝中議論甚多，想必卿等已有定見？”
司馬光看了王安石一眼，從容說道：“邪物出世，雷霆震之；惡草欺苗，農夫殳之。刑以糾民，乃先王之道。謀殺已傷，依律當死。臣以為審刑院和刑部所議極是，許遵所判欠當。”
趙頊點點頭，問王安石：“卿以為如何？”
王安石說道：“謀殺已傷，審刑院和大理寺以死論，律也。刑以弼教，當從教化天下之大道。以阿雲一案而言，臣以為許遵以‘按問自首’從謀殺減罪兩等，給人以自新之路，實有寬仁為治之心，所判極是。大理寺、審刑院、刑部但引斷例，一切按而殺之，塞其自新之路，殆非罪疑惟輕之義。”
司馬光瞪了王安石一眼，他對王安石所言感到意外，語氣便漸勁急。他緊接著王安石的話說道：：“阿雲乃以婦弑夫，是為惡逆，罪無可恕，如何可減罪兩等？”
王安石說道：“阿雲行聘之時母服未除，與禮不合，隻能以常人論，不能判為惡逆。”
司馬光說道：“母服未除是實，但一經受聘，便有夫妻之名，阿雲行凶，也因此而起，故應判為惡逆，以儆效尤。”
王安石說道：“與禮不合便不能以夫妻論！按問自首，便應輕判！”
司馬光說道：“‘按問自首’，大宋刑律中無此條款，乃許遵異想天開。而此例一開，天下將何以製止徇情枉法之風？”
王安石一著不讓：“條款有無，可以增損。徇情枉法，無關條款。天下多恭親體仁之吏，賢良方正之士，何來徇情枉法之風？而奸險貪墨之輩，何朝沒有？”
司馬光說道：“大宋刑律乃先朝詔令，祖宗所製，不可輕改，豈可隨便增損？安石之言不當！”
王安石反駁道：“鹹平之刪，太宗詔令十存一二，何謂不可輕改？”
王安石和司馬光意見相左，王安石認同許遵所判，司馬光讚成大理寺、審刑院和刑部所斷，而且語鋒甚勁，竟是一場龍吟虎嘯。趙頊的目光在司馬光和王安石的臉上來回巡視，眉眼之間是抑製不住的笑意，他在心裏得意的高喊：“入吾彀中矣！入吾彀中矣！”趙頊心裏明白，王安石說鹹平之刪，已是心存忠厚。當年仁宗皇帝問輔臣：“先朝詔令不可輕改嗎？”宰相王曾說：“此乃奸人惑上之言，鹹平之刪，太宗詔令十存一二，何謂不可輕改？”王安石自重口德，也是給司馬光留點麵子。按趙頊私心，先朝詔令不能改，祖宗定製不能動，自己不能臨機處置，這皇帝還有什麼做頭？還說革什麼弊政？在這一點上，趙頊是讚成王安石的意見的。至於母服未除受聘一節，權且按“功疑從高，罪疑從輕”之義，可不作夫婦論。想到這裏，從容說道：“《書》曰：‘士製百姓於刑中，以教祗德’。先王用刑罰以糾其民，必溫慈惠和以行之，裁之以義，推之以仁。殺戳之威，非求民死，而求民生。是以立法之製嚴，用法之情恕。朕以王安石之言為是，可稱朕好生之誌。”
這是司馬光和王安石間的第一次爭論，是趙頊導演的第一次思想撞擊。他們一般的博覽群藉，學富五車，卻有著不同的感知，猶如生長在同一土地上而開出絕然不同顏色的兩朵花。
趙頊接著說道：“朕即詔告刑部、審刑院和大理寺，自今而後，謀殺已傷，按問、欲舉自首者，從謀殺減二等論。”