此時司馬光又舉薦了兩個人。一個是程頣，以校書郎為崇政殿說書；另一個是文彥博。文彥博已經八十一歲，致仕好幾年了，應司馬光之薦，太皇太後下詔文彥博肩輿赴闕。
朝政既已納入了太皇太後和司馬光所設計的軌道，所不足的是韓縝仍占著右仆射兼中書侍郎的位置。太皇太後麵諭左正言孫覺和右正言蘇轍，說：“進退大臣當存國體，韓縝雖不協人望，要須因其求去而後出之。”太皇太後此言一出，禦史便對韓縝發起了新一輪的攻擊。
司馬光是在大局既定、身居高位俯視群僚、誌得意滿之時得知王安石去世的消息的。盡管還在病中，他立即寫了一封短信告知呂公著，信中寫的是：
介甫文章節義，頗多過人，但性不曉事，而喜遂非。
今方矯其失，革其弊，不幸介甫謝世，反複之徒，必詆
毀百端。光以為朝廷特宜優加厚禮，以振起浮薄之風。
這封信顯出了司馬光的客觀與大度。稱“介甫”而不稱“王安石”，說“不幸介甫謝世”而不用“孰料”或是別的什麼詞，說明司馬光與王安石的關係原本也是親厚的。用優加厚禮來阻止跟風之人的詆毀，這是對朋友兼政敵的寬容。呂公著接信以後，卻是唏噓不止。呂公著不同於司馬光，他與王安石的交情也是十分親厚。當年司馬光在去洛陽之後曾上表大言王安石之非，實際上是集眾罵之大成。呂公著沒有與王安石正麵爭論過，更沒有公開言王安石之非。他的被黜是說了韓琦當效趙鞅提甲入京這句話，由頭卻是因呂惠卿話而起。時過境遷物是人非，舊事未忘斯人已逝，撫今追昔能不傷懷？呂公著遂又差人告知韓維，又引起了韓維的一番籲歎。
盡管韓縝在韓維麵前發了一通牢騷之後聲言不願讓出右相之位，不出三天，在他的案上已堆著厚厚一大摞禦史的彈文。禦史的口氣固然是越來越激烈，話也越來越難聽。明擺著禦史是要趕他滾蛋，再不識相，還不知禦史將罵出何種話來。與其如此，不如去個州郡，天高皇帝遠，老子此處第一。韓縝的乞出表送到太皇太後處，太皇太後立即批出：“縝自以恐妨賢路，故乞出外，視矝功要名而去者，縝為得進退之體，宜於製詞中申說此意。”
韓縝被太皇太後香噴噴的“呸”了一口，以觀文殿大學士知潁昌府去了。韓縝一走，門下侍郎呂公著升任右仆射兼中書侍郎，接替了韓縝的位置，韓維則又接替呂公著任門下侍郎。恰好文彥博到京，授太師、平章軍國重事。
在朝政掌握在司馬光和呂公著手中之後，禦史又瞄上了呂惠卿。宋神宗趙頊和王安石發起的熙寧變法，到此已受到了全麵清算。宋神宗固然是聖明天子沒有責任，王安石也不過是“不曉事，好遂非”，隻有呂惠卿是熙寧變法的罪魁禍首，十惡不赦，不拿他問罪拿誰問罪？
呂惠卿自司馬光執政，便知沒有他的好日子了。先是乞求宮觀，遂以資政殿大學士、正議大夫提舉嵩山崇福宮。這是一個閑職，不問政事，資政殿大學士的俸祿甚高，可以優遊如世外閑人了。但呂惠卿想避世是避不了的。蘇轍的一篇彈文洋洋大觀，劉摯、王岩叟相繼論其罪惡，太皇太後即下詔，降呂惠卿為中散大夫、光祿卿、分司南京，蘇州居住。蘇轍四人仍不依不饒，又加上了朱光庭、王覿，比呂惠卿為堯之四凶、魯之少正卯，必欲一黜到底。於是呂惠卿責授建寧軍節度副使，本州安置，不得簽書公事。黜呂惠卿而由蘇軾草製詞，“操刀三十年才剮得一個有肉漢”，蘇軾好不得意！說是“先帝始以堯之仁，姑試伯鯀，終以孔子之聖，不信宰予。”又說，“尚寬兩觀之誅，薄示三苗之竄”。真正是把呂惠卿打倒在地，再踏上一隻腳，叫他永世不得翻身了。
繼呂惠卿之後，禦史理所當然的要對鄧綰開刀，但給呂公著止住了：“人才實難，宜使自新”。對此，司馬光也沒有話說。現在的司馬光固然稱得上公務繁忙，他的病也是時好時犯，總也好不利索。有病痛纏身，這是很惱人的。望著病榻前小桌上堆放的公文，司馬光生起了時不我予的感慨。
春天在人們不知不覺中逝去，代之以炎熱的夏天。熱無所不在，天熱臥床尤其難耐。司馬光半躺在床上，女婢跪在床前給他打扇。他手裏捧著一件公文，因為老眼散光，讀得十分吃力。離床不遠放著一張小方桌，桌上放著一大摞公文和紙、硯、筆、墨，並已磨好了一池的墨，給司馬光準備著隨時可用。大約辰末巳初光景，門外一聲“中使到”，司馬光正掙紮著要起來，司馬康已帶著梁惟簡走了進來。
梁惟簡見司馬光穿著小衣，光著兩隻膀子，一名婢女正拿著公服侍候司馬光更衣，遂說道：“太皇太後說了，司馬大人可以坐著聽旨，公服先不必穿了。太皇太後召執政去垂拱殿議事，司馬大人可坐肩輿至垂拱殿門前。”
司馬光問道：“此時入宮議事，梁公公可知有何急事？”
梁惟簡說道：“太皇太後接到西夏國主秉常上表，說是要我大宋歸還蘭州和米脂一大片土地，太皇太後擔心邊界又生事端，是以急召執政商議對策。――咱家先走一步，司馬大人就來。”說畢，向司馬光打了一拱，向外走去。司馬光說了聲：“梁公公走好”，對司馬康說道：“康兒速備肩輿。”
司馬康吆喝一聲：“來人，備好肩輿。”又問司馬光，“爹爹你的身體……”
司馬光說道：“不妨。祇事體大，須立即進宮。”
女婢侍候司馬光冠、袍、帶、履結束定當，下人已備好肩輿，司馬康扶著司馬光躺在肩輿上，說聲“起”，那肩輿平穩抬起。司馬康親自擎著一把青涼傘一路跟隨而去。