於是，當傑斐遜聽說西班牙要把路易斯安那退還給法國時，他立即警覺起來。對當時的美國來說，路易斯安那在西班牙的控製中是可以容忍的，但如果被拿破侖領導的強大法國接手的話，美國人在新奧爾良的利益就難以保障，那後果將不堪設想。
1800年，傑斐遜擔心的事情發生了：法國與西班牙簽訂了一項秘密協議，西班牙把路易斯安那還給了法國。於是，法國開始計劃在北美實施新的冒險，拿破侖打算把路易斯安那變為法國的殖民地。由此看來，如果傑斐遜不購買路易斯安那的話，那麼美國的利益將會大大受挫，也就是說，傑斐遜當時已經不得不去購買路易斯安那了。
1801年，當傑斐遜和美國國務卿莫迪遜獲悉，軟弱的西班牙最後向拿破侖屈服並表示願意把路易斯安那賣給法國時，他們認為形勢十分嚴峻。因為，當時拿破侖與英國的戰爭已經結束了，拿破侖已經把工作的重心轉向了開發“新世界帝國”的方向。拿破侖早就看好了路易斯安那，他一心想著要把那裏作為法國的海地和聖多明各殖民地的食品供應基地。1802年，西班牙的官員切斷了密西西比河地區與美國的貿易，傑斐遜意料中的事情發生了，美國麵臨著巨大的危機。莫迪遜也感覺到了形勢不妙，密西西比河是哈得遜、波托馬和所有大西洋國家航運河流的彙聚點，現在看來，不管是誰控製了密西西比河，他們都能立刻切斷美國在西部地區的發展。於是，傑斐遜和莫迪遜施展了各種外交手段，開始了購買路易斯安那的各種努力。
當然，傑斐遜和莫迪遜購買路易斯安那還有別的理由，那就是為了遏製法國在美洲勢力的發展和擴大。1802年，托森特·奧維特領導了海地起義，打算推翻法國人對海地的殖民統治。莫迪遜明白，如果拿破侖失去了產糖的海地島嶼，作為穀倉的路易斯安那就會變得毫無價值，而且相當於後方起火，法國就會留下無數後患。於是，他馬上抓住這個大好時機，對海地起義進行秘密資助，支持海地人民抵抗法國殖民者。最後，雖然法國抓捕了起義領導人托森特·奧維特，但起義者仍然斷續戰鬥著。這場激烈的反抗鬥爭，再加上當地傳染病突發，拿破侖的軍隊在1803年受到重創，撤出了小島，拿破侖曾經抱怨地說：“這該死的糖，該死的咖啡，該死的殖民地！”
莫迪遜的這一支持，不僅給法國以重創，而且還使傑斐遜順利打通了通往西部的道路，買下了路易斯安那。由此看來，無論是追於形勢，不惜重金購買路易斯安那，還是出於對外擴張的野心，總之，傑斐遜為美國人獲得了巨大的利益，現在看來，那筆重金也就不算什麼了，任憑後人去評論吧。