第一種說法：避亂說。
從遺址出土的木簡中，我們了解到，性情悍勇的蘇毗人經常侵略精絕國，威脅著精絕國的安全。由此可以推想，這一片綠洲中曾經戰亂不斷，為了躲避戰亂，精絕人放棄了這片世代居住的綠洲，然後遷往其他的地方居住。這種想法很合情理，但是仔細分析，這種情況似乎也存在著很多難以解釋的漏洞。首先，如果是有組織的撤退，為什麼撤退的人們沒有帶走重要的官方文書呢？而且在遺址現場，根本就沒有發現戰亂後的白骨，也沒有戰爭遺留下來的斷戟殘劍。這裏出土的死屍，他們的表情都是安詳平靜的，還有很多陪葬物品。城市房屋遺址也是完整的，排列整齊，完全沒有被戰亂破壞的痕跡。總之，現場的一切完好，證實了造成精絕古國消失的原因並非是由於戰亂。
第二種說法：環境惡化說。
相當一部分史學家從環境的角度分析精絕國的毀滅，西域幹旱的氣候以及土地的沙漠化，經常造成河流的改道，甚至消失。如果人類要想生存繁衍下去，水資源是必不可缺的生命根源。那麼是否可以這樣猜想：如果養育精絕人的尼雅河水量減少，或者改變了流向；再有風沙幹擾了精絕人的生活，從而最終迫使精絕人離開了家園呢？
《漢書·西域傳》曾經這樣描述精絕人居住的地方：“澤地濕熱，難以履涉，蘆葦茂密，無複途徑。”尼雅河是當地沙漠地區唯一的一條中型河流，精絕國遺址則在河流的北邊，這條河是從昆侖山上流淌下來的，它孕育了古精絕國的輝煌。若是這條河流消失或者改道的話，對精絕人會造成致命的打擊。如果真是這樣，當時的精絕國確實無法生存。在出土的佉盧文木簡中，人們甚至可以看到精絕人的“環保措施”。“砍伐活樹，罰馬一匹；砍伐樹杈，罰牛一頭。”精絕國開始用法律手段保護樹木，可以想象到，在當時，精絕人便已經意識到樹木、水源對人類生存的重要性。
從這裏也可以感受到精絕人生存的環境在逐步惡化，但是有學者提出，導致精絕人消失的不是環境惡化。因為影響水資源的因素主要有兩個：第一是河流的改道；第二是河的上遊出現了大規模的人群聚居，從而造成了河水的消耗。可至今為止，人類尚未在河的周圍發現其他民族聚集的痕跡，以及河流改道的痕跡。
精絕國文明的消失，不是因為戰亂，也不是因為環境的惡化，那麼精絕人為何會從他們世代居住的地方遷徙走呢？是什麼原因造成了精絕古國一夜之間從人間蒸發呢？
精絕國是西漢“絲綢之路”上的重地，它的輝煌是古代西域史上的一朵奇葩，然而這朵奇葩卻在一夜之間凋謝。直到今天，精絕國從人間蒸發之謎依然是曆史上難解的謎團。但正是它曾經的輝煌吸引著一代又一代的考古學家，讓他們能夠滿懷熱情地投入到精絕古國的研究探索之中。