這樣一座古城，為什麼會被人遺棄了呢？即使失去了對商道的控製權，可是，它的繁華也並沒有因此受到很大的影響，而且，即使它已經不再繁華，也仍然可以當作城市繼續存在下去，古羅馬人為什麼要放棄這座城市？對此，學者們給出了幾個原因。
第一個原因：多次地震導致佩特拉城不安全，人們不得不離開。
經過研究，考古學家們提出了各種的假想。導致城市衰亡，並使人類放棄城市的原因是天災。公元363年，一場地震降臨在佩特拉城。地震後，曾經美麗的城市，大多數建築淪為廢墟。參加過發掘的拜占廷學者比紐菲瑪說道：“沿著柱廊街道，看看那些倒塌的商店你就明白了。怕麻煩的店主們寧可在倒塌的房屋前重建房屋，也不願意清理廢石，這是城市秩序、財富衰退的體現。”這次地震後，城市主人並沒有放棄，到了公元551年，佩特拉城第二次遭到地震的威脅，全城遭到了毀滅性的破壞，再也無法重建。
第二個原因：土地沙漠化，風沙席卷了佩特拉城。
1991年，一群亞利桑那的科學家們在《貝塚》一書中提出了佩特拉城市被遺棄的理由。他們研究過那些鼠、兔和齧齒類動物的貝塚或者說巢穴。這一類動物都有收集棍子、植物、骨頭以及糞便的生活習性。動物們的巢穴被尿水浸濕，尿液中的化學物質硬化後，可形成一種令穴中東西腐爛的膠狀物質，這種物質被稱為“貝塚”。據研究發現，有些貝塚存在了近4萬年之久，裏麵盛滿了貝塚形成時期的植物、花粉等標本，每一個貝塚都可以作為揭示曆史的時間證據。從佩特拉城的貝塚中，他們發現，在納巴泰人時代，橡膠樹遍布四周山野，然而到了羅馬時代，為了建房和獲取燃料，他們砍伐了大量的樹木，致使大麵積的灌木林草坡帶變成了荒漠，很多森林因為過度砍伐而消失了。公元900年，畜牧業急速發展起來，導致生態惡化，灌木叢和草地大麵積消失，沙漠化逐漸嚴重起來。科學家們認為環境惡化是導致佩特拉城衰亡的重要因素，當環境無法提供足夠的食物和燃料時，為了生存下去，城市中的居民隻好遷徙到別處去了。
學者們還留意到了一根拔地而起的花崗岩石柱，拜占廷學者比紐菲瑪說：“約旦國內並沒有花崗石，這些石塊來自埃及。看著那根花崗岩石柱，我常常在想，地下麵究竟埋藏著什麼。一座皇宮？一座教堂？無論你走到佩特拉城的何處，你都會麵對這樣一些謎題。”
到目前為止，佩特拉城還未被人類全部發掘，在這座岩石雕鑿的城市之下，是否會有更多的驚喜、更多的謎團等待著人類去探索呢？佩特拉城的雕鑿技術十分發達，讓現代人吃驚之餘也在驚歎古代人的智慧。