蘇格拉底認識到雅典民主製的局限——由於人們的決策往往建立在個人的感覺和情緒之上，所以人民的決定不一定都合乎理性，他們很可能會意氣用事，這樣就不能產生真正的正義和民主。因此，他反對雅典的“無限民主”和“直接民主”，堅持主張“精英民主”。他認為，一個國家應該由那些“有智慧和學識的人”來管理。他的這種思想雖然違背當時雅典的民主政治，但並未因此受到責難，因為當時的雅典人人都有思想和言論的自由。然而，到了公元前5世紀末，雅典民主政治遭到兩次顛覆，雅典民主派人士對反民主思想越來越恐懼，兩次挫折也打擊了他們與反民主思想抗衡的信心。最後幹脆用最極端的方式來消滅對手，繼而上演了蘇格拉底被毒死這一幕慘劇。
盡管這些都是後人的分析，但也不無道理，畢竟蘇格拉底的思想確實與當時雅典的民主政治相違背，他的民主思想已經遠遠超越了古希臘的民主思想的理論。因此，當時的絕大多數人還無法理解他的思想，至少陪審團裏的那281人是無法理解的，他們認為蘇格拉底的思想就是對神的不敬，就是在毒害青少年。還有，古希臘戲劇大師阿裏斯托芬在著名劇作《雲》中，就把蘇格拉底描述成一個蠱惑青少年的能手，這對蘇格拉底之死也許起到了推波助瀾的作用。
值得一提的是，蘇格拉底其實也許有避免被判死刑的機會。當時，雅典民眾法庭的審判程序是：原告和被告先各自陳述自己的理由，陪審團聽取雙方的陳述後，投票表決被告是否有罪。如果表決有罪，再由原告和被告各自提出處罰被告的刑罰，最後再由陪審團投票選擇適合被告罪過的刑罰。
蘇格拉底被判有罪後，他本可以自己提出願意接受比較重的懲罰，比如流放，以此來博得陪審團的同情，這樣也許還可以免於死罪。但是，他提出的懲罰卻是“政府把他作為有益者供養起來”，還要給他提供免費的餐飲，同時提出的罰款數目也很少，隻有3000德拉克馬(古希臘貨幣單位)。蘇格拉底的弟子和朋友都勸過他，要他提出一個重的懲罰和高額的罰款，他們會為他出錢，但蘇格拉底卻拒絕了。他提出的懲罰無疑激怒了陪審團，陪審團自然不會對他手下留情了。
在判決以後，蘇格拉底也是有機會逃走的，他的弟子和朋友也都為他的逃跑做好了安排，但卻再次遭到他的拒絕。他寧願選擇死。但這又是為什麼呢？有人說，這是因為蘇格拉底忠誠於自己的思想，他不會為了活命向他的反對者屈服的，因為他認為自己無罪，要他認罪或逃跑，無疑是對他人格的侮辱。當然，這也是人們的猜想，並無實證可查。
關於蘇格拉底的生平和學說，自古以來就有許多不同版本的記載和說法，我們很難斷定哪一個才是事情的真相。所以，他的死至今仍是學術界討論最多的問題之一。