除了這些政論家，漢代史學家的記述和研究也在有意無意中強化了秦始皇的暴君形象。漢代進行秦史研究的時候，各種事件剛剛過去不久，留下了許多第一手史料和遺跡。這種研究史料的方法，優勢是史料翔實，大多比較可靠，但是缺點也很明顯，其中最主要的表現就是抑秦揚漢，感情色彩很濃。這種史實的剪輯和描述方式在很大程度上容易讓後世者誤解。這種表現，就連治史嚴謹的《史記》也沒有例外。司馬遷認為“秦王懷貪鄙之心，行自奮之智，不信功臣，不親士民，廢王道，立私權，禁文書而酷刑法，先詐力而後仁義，以暴虐為天下始”。
反對的聲音
從東漢末年到隋統一中國的近400年中，中國處於地方割據和國家分裂的狀態。特別是唐王朝建國開始，唐太宗李世民對隋煬帝的暴政有過深刻的揭露和抨擊，這和漢初劉邦重視以秦亡為借鑒有著極為相似的情形。唐太宗及其群臣指責秦始皇“背師古之訓，棄先王之道”。他們還將秦王朝看作超出曆史常規之外的反常現象，將其稱之為“暴秦運距閏餘”。因此，唐太宗常常以秦始皇為戒，他說：“秦始皇平六國，隋煬帝富有四海，既驕且逸，一朝而敗，吾亦何得自驕也？言念於此，不覺惕焉震懼！”
待到盛唐之後，對秦始皇以及他所開創的事業的評價與初唐時期已經有所不同，這其中最明顯的就是大詩人李白曾經寫下了“秦王掃六合，虎視何雄哉”這樣著名讚揚秦始皇的著名詩句。而參與王叔文等人革新運動的大文學柳宗元也寫下了著名的《封建論》一文，這標誌著對秦始皇的全麵評價進入一個全新的階段。
安史之亂之後，唐王朝所麵臨的一個重大問題就是藩鎮割據勢力。在此期間，柳宗元寫下了著名的《封建論》一文。他在文中論證了中央集權製的郡縣製度，說它的出現是曆史發展的必然產物，也是秦始皇的一大曆史功績，同時也科學地闡述了秦王朝短命而亡的原因。他在這篇文章中是這樣寫的：
秦有天下，裂都會而為之郡邑，廢侯衛而為之守宰。據天下之雄圖，都六合之上遊，攝製四海，運於掌握之內，此其所以為得也。不數載而天下大壞，其有由矣。……天下相合，殺守劫令而並起，咎在人怨，非郡邑之製失也。
漢有天下，矯秦之枉，徇周之製，剖海內而立宗子……時則有叛國而無叛郡。秦製之得，亦以明矣。繼漢而帝者，雖百代可知也。
……
秦之所以革之者，其為製，公之大者也；其情，私也，私其一己之威也，私其盡蓄於我也。然而天下之端自秦始。
對於秦始皇曆史功績的評價，其實西漢以來的某些儒者就已經談到了統一六國與郡縣天下，然而他們強調的都是統一六國。但是柳宗元卻能夠見微知著，他在統一六國與郡縣天下二者之間，強調的是郡縣天下，這其實就是抓住了問題的主要方麵，也是對秦始皇曆史功績進行評價的重要突破。
最值得稱道的是，柳宗元在充分肯定秦始皇的主要曆史功績也就是奉行郡縣製的同時，他又科學地回答了秦王朝短命而亡的根源是施政方針上的酷刑與繁重的徭役賦稅而引起的人怨，這與郡縣製度本身無關。在指出秦的短命而亡與郡縣製度無關時，也是對評價秦始皇的一大突破。
柳宗元對秦始皇所進行的全麵評價，被後世的一些進步學者、思想家以及政治家所接受，並有所深入與發展。宋代著名政治家王安石，他對秦始皇廢除封國、郡縣天下的曆史功績予以充分的肯定，稱其為“聖人複起，不能易也”。明代的另外一個政治家，同時也是改革家的張居正，他在評價秦始皇的曆史功績時就已經明確指出：“其創製立法，至今守之為利。”
到了明代著名的進步思想家李贄，他在評價秦始皇時曾經說過：“始皇出世，李斯相之。天崩地坼，掀翻一個世界。是聖是魔，未可輕議。”李贄所說的“未可輕議”指的就是不可貶低秦始皇的曆史功績，另外一個著名的明末思想家王夫之也認為，郡縣製度延續了2000多年而不能更改，古往今來都習以為安，這是大勢所趨，不符合曆史規律是不能做到這一點的。
王夫之對秦始皇的功過評價，站在了他所處的那個時代所能達到的最高點，不僅對秦始皇實行郡縣製的功過做出了全麵的評價，而且展望了未來，在議論之中閃爍著民本主義思想的光輝。王夫之從曆史發展的觀點看問題，對秦始皇廢分封、行郡縣予以充分的肯定，因而稱讚“秦王之勇略，老大而功成”，說“嬴政統一六宇，賢於五帝三王也遠矣”。
近代以來，許多研究者開始摒棄以儒家為代表的傳統政治價值觀、曆史觀、大幅度調整原先史評的尺度和視角，開始認為秦始皇有了值得肯定的人格特征和政治行為。這種觀點以章太炎為典型代表。
章太炎在自己撰寫的《秦政記》中，他針對各種徹底否定秦始皇的種種議論，以駁論的形式，對秦始皇做了更為細致的點評。章太炎的關注點與其他人有所不同，他注意秦始皇與漢代皇帝的作為，使他的一些論點更具有說服力。章太炎主要肯定了秦始皇與秦政的幾個優秀傳統，其中最明顯的就是他認為秦政的最大特點是守法而治。在章太炎的論述中可以看出，他對秦始皇的肯定之論主要是針對賈誼的《過秦論》等徹底否定秦始皇的政論而發。在一片否定聲中作駁論文章，出現這種情況也是可以理解的。
功過究竟是哪般
對曆史人物一生中的不同時期都給予不同評價並做出具體的分析，這無疑是評價曆史人物時最應當遵守的原則。否則，這便不能對曆史人物做出全麵而正確的評價。
秦始皇的一生，可以以統一六國為界限，可以劃分為前後兩期；每期之後又可以劃分為前後兩個階段：前期以嬴政親政劃線，後期以秦王朝建立之初的製度建設及其基本完成進行劃線。
從公元前246年秦王嬴政即位到公元前238年親政的9年時間裏，這一時期屬於丞相呂不韋以及嫪毐專斷秦國大權。而自秦始皇親政以後，他在前輩留下的基礎之上，堅定不移地執行秦國的既定國策，執行正確的軍事和政治路線，重用人才，以前人不曾有過的勇氣和氣魄一舉統一六國，完成了曆史所賦予的重大使命。
從22歲到39歲，秦始皇朝氣蓬勃，重用賢才，虛心納諫，完全是一副明君的表現。在這一期間，無論是秦國內部還是山東六國，沒有人說秦始皇推行的是暴政，是一個暴君。
秦帝國建立之初的前六年，秦始皇為了建立一個嶄新的、中央集權製的君主專製國家，表現出了卓越氣概，也可以說是秦始皇一生之中最為輝煌的時刻，而他的曆史功績和各種由此引發的評論也基於此。
物極必反，事物往往也是從達到頂點後開始向反方向轉化的。當秦始皇在努力將秦王朝推向高峰的時候，他性格中的另外一麵展現了出來。特別是在他生命中最後的7年裏，那個雄才大略的秦始皇不見了。
這個轉變也不是不可理解，人在內心的深處都有貪圖享樂的念頭，當六國尚未全部滅亡、全新的製度都還沒有建立的時候，秦始皇本身是具有極強的危機感的。然而，當這一切都不存在的時候，他內心的憂患意識也開始逐漸消失。他從一個普通的國君成了天下的主宰，是不折不扣的勝利者。尤其是在成就前無古人的事業後，他逐漸地以為自己成了萬能的神，從而看不清向前的路該怎麼走了。在生命的最後時間裏，他幾乎沒有任何一項值得稱讚的政策頒布，這和前期明顯不同。然而，秦始皇的晚年並不能代表他的一生。