潘季馴又臭又硬，梁夢龍這趟拜訪算是白來了！於是，他悻悻地回去向次輔張居正彙報具體情況。張居正非常惱怒，好一個不識時務的家夥，老夫的忍耐是有限的，暫且給你一些時日考慮考慮，到那時還無所改變，也就別怪老夫我不客氣了，定將你驅出朝廷！
卻說潘季馴用他的束水攻沙理論來治理黃河，築近堤以束水，築遙堤以防潰決，經過一番努力河歸故道，漕運又通，耗時近二年的邳州段黃河治理工程宣告結束。這個治理工程募民夫五萬，治理正河八十裏，築縷堤三萬餘丈。工程結束後，潘季馴於是上奏疏給朝廷，請求對這些參與工程的有功之臣進行論功行賞。
不料，朝廷中竟無一人肯相信它的真實可靠性。也難怪大家都不相信，以前，這黃河治理都是補了漏，漏了補，沒有什麼長效的法子。這潘大人不是神仙，又能比前人好到哪裏去呢？當高拱把此事告訴隆慶皇帝時，隆慶皇帝也是將信將疑，道：“今歲漕運比往常更遲，何為輒報工完？估計貪功心切，想濫竽充數吧？派人去查查虛實，再議此事！“
皇上的這一番話，基本上是給這個工程的性質定下了基調。聖旨下到了工部，工部尚書朱衡一直對潘季馴有成見，於是回複皇上道：“河道暢通與淤塞情況，要以漕糧運輸快慢為唯一檢驗標準！並非所謂的築口導流便可搪塞過去。臣請派禮科左給事中雒遵到邳州等處查勘河工，先命潘季馴戴罪管事，待複勘結果出來再決定他的去留！”
辛辛苦苦治河一二年，幾乎把命都送掉了，不但沒有得到任何獎勵，反而得了個莫須有的罪名遭貶，還要接受言官們的審查。潘季馴惱怒至極，心情壞透了。而此時，一封來自次輔張居正的書信，更是讓他忍無可忍。
書信中，張居正口氣嚴厲，責備潘季馴保運工作失誤，造成了重大損失；其次，強硬地要求潘季馴立即放棄目前的治黃計劃，集中全力勘測泇運新河的工程路線，為以後的開工做好準備。張居正在信中寫道：在你管理治河期間，運舟漂覆已有近百艘，漕糧損失四萬石有餘，數年來損耗漕糧之和也不過如此。國計攸關，日夕懸切。今海道已經確定行不通，河患又無寧時，不得已，複尋泇河之議。目前開工在即，希望你能配合朝廷，做好開工前的準備工作！
潘季馴看罷，憤然提筆疾書，重申了自己的治河理念，斷然回絕次輔張居正的要求。
這個家夥太不容易合作，既然不能為我所用，那老夫就廢了他！張居正想到這裏，於是就去找工部尚書朱衡商量對策。
這給事中雒遵是張居正的人，於是他剛從河上勘工完畢回京後，張居正就授意他彈劾潘季馴，請求罷總理河道都禦史潘季馴，以及漕運都禦史陳炌。理由是：“運船漂沒之故。他的解釋如下：王家口初決之時，黃水盡從漫坡經流，南出小河口。如果潘季馴稍緩築堤一個月，漫坡水深適航，則漕船可以盡出漫坡，避新溜之險。
對黃河的潰堤進行修堵卻是個罪過！這種解釋現在看起來很滑稽，而在當時一切為漕運讓路的情況下，卻又非常合情合理。
給事中雒遵將彈劾奏疏遞交上去後，張居正望著空中南飛的孤雁冷笑道：“潘季馴啊，老夫給你反省的機會已經夠多了！落到如此地步，也是你咎由自取！”