麵對目前的治河亂象，張居正很不滿意，於是寫信催促河總傅希摯，讓他快一點拿出整套治河方案來。傅希摯倉促上任，還沒有做好思想準備，哪有什麼成熟的治理方案？但張首輔一再催逼，傅希摯隻得硬著頭皮而為之，他將當時流行的各種觀點不要分析地統統列出，然後呈奏上去。
張居正接到呈奏，對傅希摯的消極態度很惱怒，罵道：“如此奏表，三歲小兒尚可為止，我大明要你這個總督又有何用？”
張居正惱怒至極，真想馬上廢了這個治河總督。但是，他一時又找不到合適的接任者，也隻好耐著性子去調教這個廢物。在張居正的逼迫下，傅希摯隻好表明自己的立場，請求新開泇河，以避開黃河侵擾之險。
他的觀點一提出來，馬上遭到了朝野內外的指責。這新開泇河的觀點由原老工部尚書朱衡所提，後由由翁大立正式呈奏給朝廷，已經被證明是勞民傷財且並不可行的方略。現在舊事重提，這是要倒行逆施，棄黃河水患於不顧啊！
俗話說，水火無情，正當朝臣們爭辯不休的時候，這年八月，黃河與淮河同時發洪水，同時大決溢。黃河在碭山及邵家口、曹家莊、韓登家口一帶決堤，淮河則在高家堰一帶決口，徐州、邳州、淮河一帶皆被淹，南北漂沒上千裏。運河上下河道淤塞，漕運受阻數年。
首輔張居正這才意識到，將一個門外漢派到治河崗位付出的代價有多慘重！傅希摯對河道治理一竅不通，現在讓他拿出個妥協的治河方案來已是枉然。於是，張居正一邊督促傅希摯按現有的方法繼續治理，一邊召集群臣集思廣議尋求一個更為長遠的治河方略來。
在這千頭萬緒、混亂不堪的局麵下，河督傅希摯和漕督王宗沐卻還不消停，兩人矛盾摩擦不斷。張居正對漕督王宗沐就逐漸有了些看法，想當初你說萬恭桀驁不馴，不易合作，老夫就將他撤掉，換上了性格溫和的傅希摯。現在你與傅希摯還這般吵吵鬧鬧，看來不是別人毛病，而是你本人有問題了！
於是，張居正開始考慮將漕運總督王宗沐撤掉。這時，吏部給他推薦了一個人，此人名叫吳桂芳，原為兩廣軍務提督兼任巡撫，後因病回老家休養，現已康複。這個吳桂芳做事雷厲風行，頗有魄力。張居正對此人很滿意，就在萬曆三年冬撤了王宗沐的職，由吳桂芳代替接替漕運總督一職。
萬曆四年八月，黃河再決崔鎮，宿遷、沛縣、清河一帶兩岸堤壩多壞，黃河日漸淤積，淮河受到影響，淮水被迫南流。新任的漕運總督吳桂芳認為，黃淮兩河現在隻有雲梯關一條通道入海，河水入海不暢，應該利用崔鎮決口，使之衝刷成河，為老黃河尋求暢捷的入海之路。同時，他還建議增開青草灣以及借老黃河的舊道以拓廣入海的路，修建高郵東西兩條堤壩來積蓄湖水。
不料這時，一向無甚主見的河督傅希摯卻跳了出來，請求堵塞崔鎮決口，束河水歸槽。另外還有一些不知趣的家夥，也紛紛上疏加入到討論中，有人建議導淮河入長江，來避開黃河的侵擾；有人主張開挑黃河淤淺，堵塞高家堰決堤，讓淮河、泗水兩大水係之水全部流入清口，以來衝刷黃河淤積。吳桂芳到任後，好不容易出現一段時間的較為穩定的局麵，現在又開始亂了！
無奈之下，張居正又想到了換人這一招，於是將傅希摯調離，另派他人接任河道總督一職。不料，這新任的河總還是不能與漕總吳桂芳搞好關係，看來這不是人的問題，而是體製有問題。張居正經過一番深思熟慮之後，決定撤去河道總督一職的設置，將河、漕衙門合為一體，全部交給吳桂芳指揮管理。河漕治理工作由工部管轄，工部尚書朱衡告老還鄉後，張居正對吳桂芳寄予了厚望，將他提拔為工部尚書兼任河漕總督，現在所有的障礙已經清除，希望他能大展拳腳，一改目前河道治理混亂的局麵。
對於朝廷的提拔和重用，吳桂芳也特別感恩戴德，他信心倍增，決心大幹一場，不辜負朝廷的厚望。然而不幸的是，不久之後，他突然舊疾複，病情越來越多嚴重，最終不治而亡。
現在，治河領域情況更加糟糕了，居然出現了後繼無人的局麵！
張居正的心情特別差，想想這幾年來他為河道治理操碎了心，然而治河官員像走馬觀燈似的換了一茬又一茬，從朱衡、萬恭、王宗沐、劉應節等，到後麵的傅希摯、吳桂芳，居然沒有一個人能擔其大任。這漕河是大明的經濟命脈，關係到大明的生死，不能一日不治，可是到哪裏去尋找合適的人選呢？