看罷常三省所寫的彈劾奏疏後，萬曆皇帝勃然大怒，正欲下令治河臣潘季馴等人的罪，卻被母後所勸阻，讓他聽完張閣老的建議後再做定奪。
於是，首輔張居正將潘季馴的應辯疏也呈了上去，道：“陛下，切莫擔心！今年泗州一帶雨水並不算太大，目前略有消減，祖陵並無大礙！”
萬曆皇帝又將常三省的奏疏拿過來，仔細看了一遍，果然在奏疏中看到“自今淮流少減，遂謂祖陵無恙“這樣的字句，他這才鬆了口氣，道：“張愛卿，朕明白漕運是關係著國計民生的大事，可是泗州的安危也同等重要，不能將漕運通暢建立在犧牲泗州的基礎上！高家堰作為兩河工程的重要部分，朕一直有所擔心，它建成後是否會對當地百姓生活產生不良的影響？”
張居正道：“高堰蓄清刷黃工程乃吾輩首創，前無古人，借天然之力清淤保漕，目前來看效果顯著！對於泗州水災，正如潘季馴大人所言，水消而複漲，漲而複消，水性使然，與高堰建成並無顯著關聯！”
萬曆皇帝道：“那就好！朕要求你們所用之策必須周全妥帖，保漕運通暢，也要保泗州安全！”
在首輔張居正的斡旋下，這場危機基本上被化解了。顯然，這場危機之所以如此順利地被化解，除了與李太後和張首輔的幹預有關，另外一個重要的因素是潘季馴的這份應辯奏疏寫得好。潘季馴正是抓住常三省彈劾奏疏中提到的“自今淮流少減，遂謂祖陵無恙“這句話進行反駁，尖銳地指出：“既然稱少減，則消而複漲，漲而複消，乃水性必然之理，即徐州到邳縣河段間皆然，不獨泗州為然也。即山陝河南皆然，不獨徐邳為然也。有今歲異常之雨，則有今歲異常之水，三省等能使天之不雨乎？南都（南京）濱臨大江，蘇浙逼近滄海，五六月間街市可以行舟，一望巨浸，又聞湖北承天顯陵，水深六七尺，豈亦有高堰阻之乎？“
潘季馴的推理過程是這樣的：對方的論點是建高家堰必然引起淮河漲水，它們二者之間存在著直接的必然聯係；潘季馴的觀點是建高家堰與淮河漲水並無直接的必然聯係，天降大雨才是造成河水上漲的直接原因。今年雨水大，連湖北嘉靖皇爺爹娘的陵墓-顯陵也遭受水災，這難道也是因為修築高家堰的原因嗎？
這裏來普及一下曆史知識，明世宗嘉靖皇帝並非正宗嫡出，他是老皇帝的侄子，可以說他的皇位是從叔叔那裏繼承開的。嘉靖皇帝將自己的父親朱祐杬封為恭睿獻皇帝，將母親封為章聖皇太後，二老去世後，他將爹娘葬於他們原來的封地境內，也就是現在湖北鍾祥市郊的顯陵。顯陵與泗州遠隔千山萬水，今年也遭受洪災，因此可以說明陰晴圓缺、潮漲潮落這些自然現象才是導致泗州受災的主要原因，與高堰是否存在並無直接關係。
萬曆皇帝皇帝的氣基本消去了，但是還不放心，為了保險起見，朝廷最後決定派巡按禦史邵陛前往泗州一帶察看實情。
首輔張居正將皇上的氣理順了，這次危機也就即將過去。可是，餘震在朝臣們心中還沒有完全消除，大家在背地裏議論紛紛，有些投機分子想撈些政治資本趁機還參了潘季馴一本，無奈都被首輔張居正壓了下去。
對於泗州受災，朝臣中感到最震驚、最難過的人應該就是吏部左侍郎戚傑了。當初泗州百姓們聽聞朝廷要修築高家堰攔截淮河之水時，他們害怕泗州被淹，因此紛紛要外遷離開泗州，是自己一片好心用人格擔保說泗州不會有甚不測，讓百姓們安心居住，不要有其它想法。不料現在看來，這卻害了他們，如果百姓們早早地離開泗州，也不會發生這樣嚴重的群死群傷事件。唉，都是當時自己一句不負責的話，釀成這麼大的禍事來，有多少人因此人妻離子散、家破人亡啊！
戚傑心情不好，整日自責，也不想吃飯，不知不覺地就病倒了。於是，他向朝廷請了兩天假，在家臥床休養。不料，巡按禦史邵陛卻登門拜訪，道：“戚大人，邵某將前往你的家鄉泗州，你有否什麼東西要捎帶給你的爹娘？”
這邵陛與戚傑關係一般，兩人也打過一些交道，但不是太多，也就是相互認識而已。戚傑很是感動，忙道：“在下並無甚需要捎帶回去！隻是，泗州一帶遭此劫難，戚某感到無顏麵對家鄉父老，還請邵大人巡查回來，將情況如實彙報給朝廷，為泗州爭取一些補救措施來！”
邵陛答道：“這是邵某份內之事，一定會如實向朝廷彙報！然而，戚大人你也不要期望過高，高堰工程乃是張閣老首抓的重點工程，不可能為了拯救泗州，就將此即將全麵完工的大壩拆除泄洪！不過，為泗州爭取一些防洪資金倒是可行的！”