泗州城的命運始終掌握在朝廷的手中，京杭大運河關係到大明王朝的興亡，如果犧牲小小的泗州城就能保證帝國經濟命脈的暢通，相信無論何時，每個當權者都會毫不猶豫地將泗州判了死刑。可是那個朝代，皇家祖陵就在泗州，張居正、潘季馴等人當然有所忌憚，他們膽戰心驚地在泗州城這個名字上打個叉號後，卻沒有立即執行死刑，而是曖昧地做了些修修補補的工作，這就給當地百姓一種泗州城不會被淹沒的錯覺，一種永世平安的幻想。
萬曆十年，一代明相張居正病逝。這張居正生前與李太後聯手，對萬曆小皇帝管教過於嚴格苛刻。張居正一死，萬曆皇帝被壓抑許久的個性終於得以釋放，這張首輔一手遮天近十年，可謂功高蓋主，他萬曆皇帝要將眾臣心目中的神靈打倒，這樣才能樹立起自己的威望。
大內太監馮寶是張首輔忠誠的狗腿子，萬曆皇帝首先拿馮寶開刀，將他貶到南京為先帝守靈，並下令抄了他的家。馮寶是個巨貪，這一抄家，萬曆皇帝大喜過望，當時從馮寶家就查出金銀百萬兩，珠寶無數和大量的田宅契書。
搜出這麼多寶貝，萬曆高興壞了。這個狗腿子居然能收斂這麼多錢財，那一人之下、萬人之上的張首輔家中更是窮不了。萬曆皇帝已經將張居正以往對他的恩情拋之腦後，馬上下令查抄京城張首輔的家，結果卻令人失望，搜出來的錢財卻少的可伶。
這時，親信太監對萬曆皇帝道：“張首輔隻所以稱霸近十年，才智定然非同常人，他應該料到會有這一天，所以早已將金銀財寶轉運到了老家！”
萬曆皇帝馬上下令派人動身，火速到湖北江陵去抄張居正的老家。當地官員聽聞京城巨變，為了討好公差大人，提前查封了張家，將張家一家老小二三十口囚禁到一間黑屋子裏。待公差到來打開大門時，發現幾個體弱的人已經餓死在屋子裏。
公差在張家搜查了一番，隻搜到了黃金二千多兩，白銀大約十萬兩。這與人們印象中張首輔的地位極度不相稱，公差們懷疑張家知道了消息，提前將主要財產轉移隱匿了起來。於是，他們將張居正的大兒子張敬修提了出來，進行嚴刑拷打，張敬修經受不住酷刑，便自縊而亡了。
張居正被抄家的同時，朝廷中張的黨羽也遭受到了嚴重的打擊，紛紛被彈劾罷官，或者鋃鐺入獄。而身在南京的潘季馴卻躲過了一劫，不但沒有遭受牽連，反而升了官，改任刑部尚書，加太子少保。
對於張居正，外人猶避之不及，而潘季馴卻慷慨上疏為張家申冤，他在奏疏中寫道：“居正母親年逾八十，旦暮莫必其命！”
萬曆皇帝還是有些同情心的，於是留空宅一所、田十頃，給張母養老。然而潘季馴卻遭到李植等人彈劾，說他是張的同黨，結果落職為民。
於是，潘季馴回了老家，與二夫人施氏和兒女團聚，過了三四年難得安適的田園日子。在此期間，兒子大複不負家人的期望考中了進士，出任溧陽縣令。
在潘季馴離開治河領域的這些日子裏，朝廷走馬觀花似的換了好幾個河督，可是局麵卻越來越亂。萬曆十六年，朝廷又想到了潘季馴，在工部給事中梅國樓等人的推薦下，潘季馴第四次出山治河。到任以後，他首先巡視“兩河”工程的近況，對薄弱的環節進行修築加固。此時的泗州城護城堤經過多年的洪水侵襲，已經是殘垣斷壁，麵目全非，重築邵公堤也被提上了日程。
在潘季馴奔走於治河工地的時候，家中傳來噩耗，二夫人施氏去世了。潘季馴與施氏聚少離多，可這個女人卻從不爭寵，在老家任勞任怨地料理家務，默默地在背後支持自己走到了現在。可是現在，他潘季馴卻沒有機會見到她最後一麵！
萬曆十八年黃河大水，洪水漫過徐州城堤，徐州城內積水數年。在潘季馴的主持下，開了魁山支河，排了城內多年的積水，使徐州城得以保全。百姓們感恩戴德，修建了潘公祠，並敲鑼打鼓慶祝工程完工。在要離開徐州時，潘季馴決定再次到雲龍山遊覽一番。
潘季馴帶了兩個隨從剛走到山腳，突然從旁邊的林蔭小道裏傳來女人的嬉鬧聲，接著一個小尼姑跑了出來，另外一個小尼姑緊追其後，一位老尼姑則在後麵喊道：“看你倆這般瘋癲，哪裏像出家人的模樣？”