這年夏天陰雨連綿，淮河大水，泗州護城堤全線崩潰，城內水深數丈，百姓們如鳥獸散，多被淹溺，幸存者則抱著木頭逃往對岸的盱山；官員們情況稍好些，他們駕著小船如浮鷗般在浪濤中向對岸行駛，後來駐紮到盱山上辦公。百姓們逃難在外，借居在淮河南岸，他們希望像以往水災一樣，待洪水退去，就可以返回城裏居住。可是這次他們想錯了，洪水並沒有任何消退的跡象，泗州城一直浸泡在汪洋之中，這一等便是九十七年。
在清代，泗州是安徽省直隸州屬，下轄盱眙、五河、天長三縣，州城位於州境內的南端，與盱眙隔河相望。泗州城水退無望，朝廷開始謀劃籌建新的泗州城，但是他們卻在選址上犯了難。一種方案是將州屬牽至盱眙，這樣就不需要另外建城，隻需要動項建設州文武衛署，壇廟，監庫等即可。但這種方案缺點也很明顯，現在洪澤湖已經是個超級規模的大湖泊，所有濟渡之頭鋪河都與洪澤湖相通，水麵寬闊，風浪凶險，非得順風不渡，百姓往來淮河兩岸辦事很不方便。另外，如果州衙牽到盱城，隔著數十裏河麵，官衙門對屬境遙為治理，聲息難通，也很困難。
另一種方案是，在州屬境內中部地區的雙溝或者包家集建城，這樣可以很好地管轄所屬各地。但是，這一方案要花費大量的人力物力，並且該處居民不足萬戶，似尚未足以能成方州重鎮。
兩種方案一直沒有定論，直到泗州城沉陷九十七年後（公元1777年），安徽巡撫閔鄂元上疏請求裁虹並泗，這才結束了泗州州衙寄居在盱山的曆史。
虹縣是鳳陽府直接管轄的一個小縣，邑小事簡，與泗州壤地毗連。閔鄂元在奏疏中建議將虹縣一缺裁去，降級為虹鄉，改為泗州直隸之城，兩州縣合二為一，則衙署倉庫壇廟等一切設施可不改移或重建。合並後，其地方之廣袤，田賦之多寡，較之安徽省其它直屬州縣，如六安、鳳陽、合肥等，規模基本相當。而且，對轄區各地也無鞭長莫及之憂。如此一轉移間，則該州管轄地方並無河湖阻隔，一切公事均得氣脈相通，官民兩得其便。
另外，泗州所下轄盱眙、天長、五河三縣，仍歸該州就近管轄，均毋須另議更張。
泗州這個名稱一直沿用至中華民國，後改泗州為泗縣。
1940年10月，中共皖東北地委和專署建立，泗州境內先後設置了泗縣、泗南、泗宿、泗陽、洪澤等敵後抗日根據地邊區縣。
1949年4月，以泗南縣、泗宿縣的大部分區域及洪澤湖管理局、泗陽縣龍集、界集區等地合並正式建立泗洪縣。
目前，泗縣屬於安徽省，而泗洪以及泗陽等縣則屬於江蘇省。