但本經除鳩摩羅什、玄奘本外的譯本，則又都是“序分”“正宗分”“流通分”齊全的。因此，鳩摩羅什本與玄奘本稱為“小本”，以後的譯本稱為“大本”。方光錩先生在其編纂的《般若心經譯注集成·前言》中引用沈九成撰《般若波羅蜜多心經疏義》的說法，“謂《般若心經》原本非‘經’，而是‘咒’，故沒有序分與正宗分”，後世譯者以為是略本，添加了一些內容，而成廣本。方先生認為此說“解釋了為什麼玄奘之前，人們所譯皆為小本，而玄奘之後所譯皆為大本。”他又以三國時吳國支謙的譯本名為《摩訶般若波羅蜜咒經》，姚秦鳩摩羅什的譯本名為《摩訶般若波羅蜜大明咒經》，而玄奘譯本名中之“心”，梵文音為“紇利那野”，也可譯作“真言”、“心咒”，來支持這一說法。玄奘於益州空惠寺得授此經，似可以作為此經是短小的“咒經”的佐證。
但沈九成先生說此經是“咒”而非“經”，沒有序分和正宗分，也就是隻有應用的流通分，與本經的實際不符。本經雖短，卻不是僅有講應用的流通分部分，還是以講佛理的正宗分為主要部分。隻有“故知般若波羅蜜多，是大神咒”以後部分才是流通分部分。這一點非常重要，因為本經所講佛理內容，其實比《金剛經》還要深奧。僅說本經是“咒”（“咒”還可以譯為秘密語，即一般人難以理解），實際降低了本經重大的理論意義。所以，還是以“咒經”說為好。
在經藏中，稱為咒經的有不少，這些咒經，有長有短，但基本上是一卷本。然而都是序分、正宗分、流通分三分科齊全，與本經的大本相似。不過，這些咒經的正宗分卻是應所問事而授咒，不像本經的正宗分卻是簡明扼要的闡說般若佛理。因此，如果說本經是咒經，也是咒經中比較特殊的，特殊性恰恰在於其側重於“經”（佛教理論）而非“咒”。
本經在咒經中的這種特殊性，我認為是由本經方便宣說般若佛理的宗旨所決定的。沈九成先生認為《心經》鳩摩羅什譯本（《摩訶般若波羅蜜大明咒經》）是從《摩訶般若波羅蜜經》中集錄出來的；我認為，從般若佛理與文字般若的角度說，不僅《心經》可以認為是《大般若經》的一部分，就是《金剛經》也可以認為是《大般若經》的一部分，隻要我們把《大般若經》看作佛教“般若”學說的集大成者。若具體考據本經與《金剛經》與《大般若經》是不是在同一次法會中說的，本經與《金剛經》是不是《大般若經》部分內容的異譯或集錄，則會有緣木求魚之弊。
在玄奘譯《大般若經·第二分善現品第六之三》中有一段經文：
是菩薩摩訶薩如是修行甚深般若波羅蜜多時，不見色，不見受想行識；不見眼處，不見耳、鼻、舌、身、意處；不見色處，不見聲、香、味、觸、法處；不見眼界，不見耳、鼻、舌、身、意界；不見色界，不見聲、香、味、觸、法界；不見眼識界，不見耳、鼻、舌、身、意識界；不見地界，不見水、火、風、空識界；不見無明，不見行、識、名色、六處、觸、受、愛、取、有、生、老病死。不見貪欲，不見嗔、恚、愚、癡；不見我，不見有情命者、生者、養者，士夫、補特伽羅、意生、儒童，作者、受者，知者、見者；不見欲界，不見色、無色界；不見聲聞及聲聞法；不見獨覺及獨覺法；不見菩薩及菩薩法；不見諸佛及諸佛法；不見無上正等菩提。如是善現，諸菩薩摩訶薩於一切法都無所見。無所見故，其心不驚不恐不怖。於一切法心不沉沒，亦不憂悔。