雖然李成梁己經解職，但是努爾哈赤和李家仍然保持密切聯係。
萬曆二十年抗倭援朝戰爭爆發後，李成梁的長子李如鬆率軍赴朝作戰。努爾哈赤申請派兵跟隨李如鬆入朝，明廷沒有批準。
努爾哈赤為什麼要申請赴朝作戰，是誰出的主意，朝廷為什麼不批準，不得而知，但是這件事情充分顯示了努爾哈赤與李家不同尋常的關係。
此外，努爾哈赤的侄女嫁給了李成梁二子李如柏為妾，並生有一子，努爾哈赤與李家好上加親。
萬曆二十五年冬，李如鬆從朝鮮戰場得勝歸來，接替董一元任遼東總兵，海西四部一看努爾哈赤的靠山回來了，急忙見風使舵，一同派出使者到費阿拉向努爾哈赤謝罪，他們的使者對努爾哈赤說：“以前是我們不對，以至兵敗損名，從今以後，我們要和好如初，互相結親。”
第二年四月，蒙古土蠻寇犯遼東，李如鬆率輕騎遠出搗巢，中伏戰死，其弟李如梅接任遼東總兵。也許是受到李如鬆戰死的影響，李如梅變得明哲保身，很少出戰，不久因“擁兵畏敵”之罪被撤。
萬曆二十九年，李成梁老樹開花，以七十五歲高齡，再次出任遼東總兵，在遼東又鎮守了八年。
努爾哈赤利用這一段時間取得了對海西女真的絕對優勢，滅哈達、輝發、蠶食烏拉，兼並女真的野心逐漸暴露。
萬曆三十四年，李成梁放棄六堡，把居民遷到內地，部分居民不肯離去，李成梁派兵驅趕，殺死不從令者，李成梁卻以招複逃人為名向朝廷報功，增秩受賞。
對於放棄六堡這件事，大多數人持否定態度，認為這是李成梁自毀長城，將八百裏國土拱手讓於努爾哈赤，是賣國行為。但從另一個角度看，李成梁此舉也是為了遏製努爾哈赤。
明朝遏製女真的手段主要有二：一是經濟手段；二是軍事手段。
李成梁與努爾哈赤的特殊關係，不可能撕破臉皮大打出手，隻有采取經濟手段。
六堡作為明朝與女真的結合部，是漢人與女真人聯係的橋頭堡，明朝先進的生產力和先進文化通過六堡傳到建州女真地區，客觀上促進了建州女真的發展壯大。
這種促進不僅體現在經濟文化上，也體現在人口素質上。六堡地區經過幾十年的發展，人口不斷增加，己經達到六萬戶，人口在二十萬以上。建州人口稀少，一旦打仗就沒有人從事生產，極其需要人員來發展生產，擴充隊伍，因此人口對建州來說是很寶貴的財富，隨著努爾哈赤占領的地盤越來越大，這種需求也不斷增長。
建州女真地廣人稀，物產豐富，吸引了不少漢族人逃往建州，建州女真人漢化程度較高，與漢人隔閡很小，對於來自天朝上國的漢人，並不排拆，努爾哈赤更是從小與漢人打交道，能識漢字，說漢語，常與漢人打成一片。