1929年,為反擊“廢止中醫案”,中醫組織請願團到南京請願,請求麵見蔣介石。“時蔣主席已赴三全大會,由國府要員代見,略謂主席對於貴團請願,極為重視雲雲”。
據請願代表之一的陳存仁記載,蔣介石在3月23日接見了請願團,蔣介石說：“我對中醫中藥絕對擁護。”還說：“我小時候有病都是請中醫看的,現在有時也服中藥。”他還指示國民政府文官處批示：“撤銷一切禁錮中醫法令。”證諸史實,這恐怕是對12月第二次請願時的誤記。第一次請願的結果,據時人記載實際是廢醫議案“雖無明令取消,而亦停止進行”教衛兩部坑焚國醫之痛史。
1929年12月,因教育部將中醫學校改為傳習所和衛生部禁止中醫稱醫院等問題,中醫界進行了第二次請願。請願團報告載,12月20日,“先至國府,蔣主席特派親信秘書朱文中君延見。代表等縷述請願意旨後,朱君即謂主席對於此來請願,極為注意,良以中國醫藥具有悠久之曆史,著有優良之治效,政府自當依據民眾之信仰與需要,促其發揚光大。據呈各節,主席極肯負責令知主管機關,予以維護雲雲”。報告也未記載有蔣介石接見之事,可能與蔣介石要求批諭發表之前不要發布謁見消息有關。12月23日請願團獲得了國民政府文官處有關“撤銷一切禁錮中醫法令”的公函,全文如下：
“奉主席交下來呈,為請願團撤銷禁錮中國醫藥之法令,摒絕消滅中國醫藥之策略,以維民族而保民生一案。奉諭,據呈教育部將中醫學校改為傳習所,衛生部將中醫院改為醫室,又禁止中醫參用西械西藥,使中醫國藥事業,無由進展,殊違總理保持固有智能,發揚光大之遺訓,應交行政院,分飭各該部,將前項布告與命令撤銷,並交立法院參考等因。除函交外,相應錄諭函達查照。”
此段內容不久由蔣氏以4652號訓令發出，訓令中在“立法院參考”後還增加以下一段：“中醫精神之貫注,心靈所覺察,決非科學之法則所能說明,機體之精良所能檢驗。是中醫不獨確有保存之價值,足以在世界醫藥學術占一地位。況總理創三民主義以救國,首重民生,今中國受外人經濟力之壓迫,每年漏卮有十二萬萬之巨,自西藥銷行中國後,年增一年,吾人略有心肝,應如何從積極方麵,力圖補救？若不提倡中醫,使中醫藥成為有係統醫藥,則此全國出產之藥品,與及全國數百萬之藥商,勢必因之而消滅,於民生問題,關係甚大。”
蔣氏這番言論,令中醫藥界極受鼓舞。因此,每逢中西醫爭持不下的重要時刻,中醫對蔣氏都有所寄望。但是,在圍繞《中醫條例》等的各次紛爭中,卻一直未見到蔣有何關注或回應。不過1936年《中醫條例》之公布,則是在汪精衛離任而他兼任行政院長之時。1937年，他也曾為《國醫砥柱月刊》六十期紀念號題詞“廣濟人群”，這至少表明他並不反對中醫。而據說經常為蔣氏診病的醫生金頌盤，對中西醫都十分精通，隻是不知有否為蔣介石開過中藥。
抗戰後,中醫藥界多次發起請願,其中1946年底湖南省中醫藥界組織發起赴南京請願要求中西醫平等待遇,獲得蔣介石批“分別交辦,妥慎處理”八字,中醫界興奮地認為“如是則我中醫藥界請願之目的不難達到,自有無限之光榮的前途矣!”
1948年3月17日“國醫節”,蔣介石又意外地特頒訓詞說：“國醫節創始於民國二十年,十八年來我中醫界同人沉潛堅貞,精進不懈,紹述軒農和緩之宗風,致力濟世活人之偉業,中西相輔,藝學兼長,其於民族保健之功,良足稱道。此次全國各地舉行盛大紀念,所望淬礪奮發,窮究極研,本數千年之寶貴經驗,而予以有係統之科學詮證,然後我國醫學乃能粲然大明,並與世界各國齊架而無愧矣!願共勉之。中正寅銑印。”
由此可見，蔣介石對中醫應該是持較為肯定態度的。但他隻是做一些表態，並沒有在實質上采取措施改善中醫處境，恐怕是擔心被蒙上“守舊”之名。另外,如果留意蔣介石對中醫有所積極表示的時機，就會發現往往都是他在政治上的關鍵時刻。
1929年中醫請願時,蔣正麵臨閻錫山、馮玉祥等人的挑戰,迫切需要鞏固國民政府。據當時接見請願團的林森說：“國民政府奠都南京之後,第一件引起全國反對的大案件,就是你們這件事情。昨天四川方麵有過一個電報到中央,說四川的經濟以國藥出產為大宗,要是一旦廢止中醫藥的話,就會失去四川民心。”國民黨三全大會秘書長葉楚傖也說,“北伐底定以後,忽然有一部分西醫提出廢止中醫問題,動搖了民間擁護政府的情緒,引起好多人因此事而反對政府,使政府受到許多打擊” ,還說最高當局(應指蔣介石)曾經當麵詢問時任衛生部長的薛篤弼，希望這一事件盡快平息。
1948年的國醫節,則正是“國民大會”召開前夕,蔣介石要在本屆大會上競選“總統”。而前段時期中醫請願不斷,1947年還鬧出了全國中醫師公會鄭曼青等闖入政府所在地絕食3日的大事。這個時候特頒訓詞,恐怕也是安撫中醫、爭取部分民意的一個手段吧。通觀民國時期蔣介石處理中西醫問題的手段,可以看出他並不反對中醫,但也不積極提倡,隻是在關鍵時刻出來表個態,更多體現的是政治權謀。