由於帶有了更為明顯的民族色彩，因此這場戰爭也變得更為殘酷。以克羅地亞軍隊為一方，南斯拉夫人民軍與克羅地亞塞族武裝為一方，雙方在克羅地亞全境展開了一場海陸空天的大戰，坦克、戰鬥機、軍艦甚至地對地導彈均被投入了戰場。與斯洛文尼亞獨立時，南斯拉夫人民軍的措手不及相比，克羅地亞戰爭爆發之前，南斯拉夫人民軍已經完成了充分的準備。
在克羅地亞民主共同體上台後幾天之內，南斯拉夫人民軍接管了克羅地亞地方防禦部隊的大部分武器彈藥，並將其轉移到人民軍的軍營；同時對部分部隊進行了重新部署：第1軍區駐紮在波黑共和國莫斯塔爾的第10摩托化旅、巴尼亞盧卡的第329裝甲旅和海岸軍區駐紮在克寧的第221摩托化旅均進入了A級戰備。司令部設在在克羅地亞首都薩格勒布的南斯拉夫人民軍第5軍區也解散了原屬克羅地亞地方防禦部隊的第6工人步兵師和薩格勒布城防司令部，整個薩格勒布及其周邊地區都被置於新建立的南斯拉夫人民軍第10軍控製之下。第5軍區下屬的第265機械化旅、第13摩托化旅、第1裝甲旅、第580炮兵旅、第288反坦克炮兵旅均進入了A級戰備。這些部隊均得到命令隨時準備應付克羅地亞獨立所帶來的突發事件。
與此同時克羅地亞塞族也組建了自己的武裝力量。在原克羅地亞地方防禦部隊塞族成員的基礎上，以塞族為主的克拉伊納自治區建立了自己的三個戰區部隊。因此克羅地亞遠沒有斯洛文尼亞的好運氣，其獨立運動開展伊始，人數占優的克羅地亞軍隊便連連失利。如果不是隸屬於德國軍方的情報人員，敏銳的抓住了南斯拉夫聯邦致命的弱點的話，克羅地亞的獨立運動很可能胎死腹中。
與西方國家所大肆宣傳的所謂南斯拉夫人民軍協助塞族武裝屠殺克羅地亞居民的報道相反。大批駐守克羅地亞的南斯拉夫人民軍恰恰成為了德國眼中最好的突破口。由於南斯拉夫人民軍人民軍提前解除了克羅地亞地方防禦部隊的武裝，因此雖然進口的大量德國製造的輕武器，但是克羅地亞軍隊缺乏重武器，塞族武裝又早有準備，驍勇的塞爾維亞人以聚居區為據點四處攻擊，克羅地亞方麵竟一時難以抵擋。
因此在克羅地亞境內的衝突中，南斯拉夫人民軍的動向舉足輕重。如果南斯拉夫人民軍真的倒向塞族武裝。那麼克羅地亞的獨立便會成為泡影。但是此時雖然南斯拉夫聯邦中央的權威已經受到削弱，但是以總理馬爾科維奇為首的聯邦政府依然在運作，而馬爾科維奇本身是來自波黑的克羅地亞族人，他仍然是努力挽回聯邦的。這一點與在西方支持下上台的聯邦主席團主席兼克羅地亞代表梅西奇不同，後者一直在努力使克羅地亞獨立，甚至以聯邦主席團主席的身份為克羅地亞軍隊采購軍火。而聯邦國防部長卡迪耶維奇大將則是出身克羅地亞的南斯拉夫人（父親是塞族，母親是克羅地亞族），同樣屬於南斯拉夫人民軍中的溫和派，在他們的授意之下南斯拉夫人民軍此時的行動仍然局限於執行聯邦中央所下達的維持當地穩定、阻止交火進一步擴大的任務。
看中了南斯拉夫人民軍的軟弱，在德國的授意之下，克羅地亞政府要求南斯拉夫人民軍立即撤離克羅地亞領土，在遭到了拒絕之後，克羅地亞軍隊立即對其領土上的南軍各軍營與軍事基地展開了圍攻，這即是克羅地亞戰爭期間著名的“軍營圍攻戰”。有過了成功分解東德人民軍的經驗之後，德國人掌握了社會主義陣營的人民軍隊的弱點。這樣的軍隊雖然富有戰鬥力和紀律，但往往無法以無辜的平民為對手，憑借著婦孺為盾牌，克羅地亞軍隊可以通過攻占軍營獲得其急需的重武器裝備。而如果南斯拉夫人民軍真的展開無差別攻擊，那麼西方則以之為理由直接介入。
果然因為大多數南斯拉夫人民軍的軍營都處於人口稠密地帶，擁有大量的坦克和重炮的人民軍在遭到圍攻後仍然保持著較為克製的態度。而克羅地亞軍隊對攻擊軍營行動進行了周密的計劃：首先切斷各軍營的水電與糧食供應，並對軍營進行包圍；通過談判或其他手段迫使人民軍主動撤離軍營；如果遭到拒絕，就煽動附近居民進行強攻。在這樣的戰術麵前，僅僅6天36個南斯拉夫人民軍的軍營和26個其他軍用設施或被攻占或宣布投降。除了極個別的情況，大部分戰鬥中克羅地亞軍隊的傷亡非常小，幾乎都在個位數。而克羅地亞軍隊在攻擊南斯拉夫人民軍的軍營的過程之中卻獲取了大批重武器，隨後用於和南斯拉夫人民軍以及塞族武裝的戰鬥。