自從1769年歸入法國，島上居民在保利的指揮下，展開了反抗法國入侵者的戰鬥。拿破侖的父親夏爾.波拿巴就曾帶著妻子萊蒂齊亞.拉莫利諾參加當年反抗法國人的科西嘉保衛戰。1769年春，島上居民被迫向法國征服者屈服。夏爾帶著妻子順從了法國人的統治，加入了法國籍。這一年的8月15日，拿破侖出生了。從小拿破侖就繼承了父輩們的反叛性格，16歲那年，拿破侖暗暗下定決心，有朝一日他要像保利那樣，解放科西嘉，盡全力趕走法國人。拿破侖曾說：“我永遠不能原諒我父親，當過保利的副官，竟會同意科西嘉並入法國，他應該與保利共命運，隨同他倒下。隻是後來由於其撼動法國曆史的成就才讓他不再滿足於科西嘉獨立。
科西嘉島資源匱乏、工商業落後、稅收不足。島上的人均生產總值比法國全國平均數低30%，就業人口中有四分之一是國家公務員。自1786年成為法國領土以來，科西嘉島全靠法國政府的財政支持度日。法國每年撥給科西嘉的財政補助達114億法郎。長期以來，在法國人的眼裏，科西嘉一般是與貧窮、落後相聯係的，直至20世紀初，科西嘉人仍保留著氏族製的殘餘。主要從事畜牧業，兼事農業。亦從事漁業和旅遊業。習慣中，法國人在想起自己國家的時候，從來沒有意識到科西嘉的存在。與法國語言、風俗的迥然不同，則使科西嘉人往往有一種強烈的寄人籬下的感覺。
因此自從1769年歸入法國後，兩百多年來，島上的民族主義分子和地方分離主義分子的活動從未停止過，政治暗殺事件層出不窮。無論哪一屆政府，都為它傷透了腦筋。廣大民眾謀求科島獨立的偉大運動，近20多年來愈演愈烈，但一直被法國當局定性為恐怖活動，持續以高壓態勢加以鎮壓。
而伊萬.科隆納所領導的“科西嘉民族解放陣線”。是一個主要活動於科西嘉島的軍事組織。他們的行動主要針對法國，以爭取科西嘉島成為獨立國家為最終目的，包括要求法國政府將其被關押的成員移送到科西嘉島服刑等。法國政府視其為恐怖組織。不過雖然成立於該組織成立於1976年，並至今已製造數以千計的爆炸和襲擊。但是由於其內部各派有矛盾，內鬥不斷，因此這個縮寫為“FLNC”的獨立運動組織長期以來在世界乃至歐洲都還是默默無聞，與歐洲另一老牌獨立運動武裝力量—愛爾蘭共和軍不可同日而語。
這種情況直到伊萬.科隆納的出現才有所好轉，科西嘉人終於學會了一致對外。1996年1月的一次新聞發布會上，伊萬.科隆納第一次率領了600多武裝人員出席。第一次向巴黎展現了他們的力量，而2年之後法國中央政府駐科西嘉行政長官—艾利納克的遇刺，更令伊萬.科隆納在法國聲名遠播。1998年2月6日，艾利納克在阿雅克修的繁華街道被打死。憑心而論，艾利納克遇刺一案僅從表麵上就看頗多疑點。法國警方將艾利納克的死歸咎於伊萬.科隆納的理由是伊萬.科隆納曾在1977年率領5名遊擊隊員襲擊了法國在科西嘉島上的憲兵隊中心，在將兩名憲兵擄為人質的同時奪取憲兵隊兩支槍枝，其中一支獲證實被用來暗殺省長艾利納克。而凶手在殺死艾利納克後，故意將行凶武器留在被害者的身旁。
一支在自己手裏保存了11年之久的武器僅會輕易的丟棄，手中擁有600名武裝人員卻選擇自己動手，這一點在邏輯思維便無法成立的指控最終在時任法國內政部長薩科齊的眼中成為了鐵證，他不惜動用數以萬計的法國軍警進入科西嘉對伊萬.科隆納及其它8名嫌疑犯展開了長達4年的搜捕。
到1999年5月，多數疑犯均已落網，隻有科隆納依然在逃。警方為追捕科隆納曾遠涉重洋，一直追到秘魯和委內瑞拉，而法國國內所有的警署都懸掛著科隆納的照片。而在科西嘉各地牧場更部署數百個監視點。在猶如天羅地網的搜捕之中，法國警察最終在科隆納出生的凱紮克地區的普羅普裏亞諾附近的一個牧場將其逮捕。