雍正見時機已經成熟，準備定年的罪以便處置他。於是下令征詢各地方大員的意見。封疆大吏們自然都看皇帝的臉色行事，爭相上疏彈劾年羹堯。廣西巡撫李紱斥責年羹堯陰謀叵測，狂妄多端，人逆不道，法難寬免，要求將其誅戮。河南巡撫田文鏡在回奏中指責年羹堯種種悖逆、罄竹難書，而且貪得無從，唯利是圖，最後說“如此欺君罔上，不忠不法之臣，人人得而誅之。”各省總督、巡撫的回奏與李紱、田文鏡的差不多，都要求將年羹堯明正典刑，以彰國法。雍正以俯從群臣的請求為名，於九月間下令逮捕年羹堯，十一月將其押解到京。十二月，議政大臣們羅列年九十二條大罪，請求皇上將其立正典刑。這九十二條罪狀中：大逆之罪五；欺罔罪九；僭越罪十六；狂悖罪十三；專擅罪六；貪婪和侵蝕罪分別是十八和十五款；忌刎罪四。
年的第一大罪是圖謀不軌想做皇帝。這是臣下為助雍正殺年羹堯羅織出的罪名。年的同謀人是靜一道人和鄒魯等。鄒魯被審時稱“做皇帝的話，原是年羹堯想做皇帝，把讖語與靜一道人講過，即問小的：‘你看我數如何？’小的對他說：‘當然要做皇帝。’……”，可見這是強迫鄒魯回答，為的是給年羹堯加上大逆不道的罪名。雍正對此這樣說：“鄒魯乃無知小人，相與謀逆之情雖實，而事跡尚未昭著”。大逆不道罪第二條是年羹堯將雍正朱批藏匿，假稱被毀，而仿寫交回。萬事俱備後，雍正念年羹堯青海之功，不忍加以極刑，令其自裁。
雍正在給年羹堯的最後諭上講：“爾自盡後，稍有含怨之意，則佛書所謂永墮地獄者，雖萬劫亦不能消汝罪孽也”。雍正告訴年死也不要有怨言。年接到雍正的自裁令，都不敢相信自己的眼睛，遲遲不肯動手，他以為雍正會下旨赦免他，可一直沒有消息，在蔡珽的嚴加催促下，絕望地自縊，叱吒一世的年大將軍，當初何等威風，做夢也想不到落得如此下場。
雍正對年的家人還是從寬處理的，並沒有誅滅九族。其父年遐齡、兄年希堯革職，年富斬立決，其餘十五歲以上之子發遣廣西、雲南、貴州極邊煙瘴之地充軍，嫡親子孫將來長至十五歲者，皆次第照例發遣，永不赦回，亦不許為官。年妻因係宗室之女，發還母家。年堯父兄族中現任、候補文武官員者，俱革職。年羹堯及其子所有家產俱抄沒入官，將現銀一百一十萬兩送西安，補其各項侵欺案件虧空。鄒魯立斬，案內朋黨胡期恒等人分別罪情，處以不同的刑法。
年羹堯之案中，出力最甚的是他的對立麵蔡珽，連年自裁，也是蔡珽的監刑官。他一路高升，還得到了年的部分財產。可以說他也是其中得利最多的人。雍正正是利用他是年的仇人這一點才重用他。
為什麼整治年羹堯
雍正上台之後。勵精圖治，打擊朋黨，整頓吏治，推行新政，一心想大清興旺，而年羹堯身為寵臣，所作所為正與此相抵觸，所以不能見容於雍正。
雍正整治年羹堯並最終令其自裁，是不是也和其它皇帝一樣，對功臣隻能共苦不能同甘，有“鳥盡弓藏”之意呢?雍正上台之後，勵精圖治，打擊朋黨，整頓吏治，推行新政，一心想大清興旺，而年羹堯身為寵臣，所作所為正與此相抵觸，所以不能見容於雍正。
年羹堯的擅作威福不守臣節是導致他身敗名裂的第一個原因。年自裁之前，雍正諭之說：
……朕以爾實心為國，斷不欺罔，故盡去嫌疑，一心任用，爾作威福，植黨營私，如此辜恩負德，於心忍為乎?
處決年羹堯一年以後，雍正對此仍耿耿於懷，氣憤不已，在給臣下的奏折上寫道：
年羹堯深負朕恩，擅作威福，開賄賂之門，奔競之路，因種種敗露，不得已執法，以為人臣負恩罔上者戒，非為其權重權大疑懼而處治也。
年的擅作威福引起了雍正的極度不滿和疑懼。雖然雍正申明非為其權重權大疑懼而處治年羹堯，但封建王朝中最重君臣名分。“功高蓋主”“越職言事”為臣子大忌。年權重勢大，又不守本分，幹預朝中政務，攘奪朝臣權力，濫用朝廷名器，召來雍正的不滿是必然的。
雍正是個極為專製的皇帝，主張一人治天下，自尊心極強，非常重視自己的名譽。否則以他皇帝的身份，不會親自去撰寫一部《大義覺迷錄》。而年羹堯權尊又不自謹，使雍正的絕對權威受到了挑戰，如果雍正不整治年羹堯就會落個受人支配的名聲，甚至傀儡的惡名，雍正絕不能容忍的就是年羹堯的不守臣節。從實際情況上看，雍正並不懼怕年羹堯。“朕之不防年羹堯，非不為也，實有所不必也。”但雍正多少有點懷疑年有不軌之心，想密謀造反，他轉述“帝出三江口，嘉湖作戰場”的俗諺，把年與爭皇位聯係起來，正是這種心理的反映。所以雍正步步緊逼年羹堯，使其毫無還手之力，最終死在自己手裏。
雍正登位之前，參與了爭位鬥爭，深識朋黨之害，登基之後，嚴禁黨爭，而年羹堯卻營私結黨，危害政治的清明。這是雍正整治他的第二個原因。年羹堯仰仗自己權勢大，受恩寵，在官員的任用上，純憑私意，排斥異己，形成了以自己為中心的朋黨，除了胡期恒、王景灝、金啟勳、王篙、劉世奇、黃起憲，還有陝西按察使黃焜、甘肅按察使張適、神木道李世倬、鳳翔知府彭耀祖、西安撫民同知楊廷柏、延安知府李繼泰、涼州同知縣梁奕鴻、南鄭知縣嚴世傑、三元知縣劉子正、醴泉知縣馬灼、朝邑知縣王持權、川東道金德蔚、川南道周元勳、保守知府王國正、遵義通判崔鴻圖、重慶同知楊文斌、嘉定知州金式訓、資陽知縣靳光祚、南江知縣高世祿、巴縣知縣周仁舉、山西平陽知府董正坤、曲沃知縣魏世瑛、解州知州楊書、景州知州張基泰、興安鎮總兵武正安、襄陽鎮總兵張殿臣、四川提標中軍參將阮陽璟，此外還有邊宏烈、彭振義、趙建、周仲舉、郎廷槐、白訥、常璽、朱炯、趙成。這些人不一定都是死黨，但都與年羹堯休戚相關，榮辱與共。
這個集團的形成，嚴重影響朝廷政令的實施。起初痛恨朋黨的雍正，在年羹堯屢立戰功時，還能睜一眼閉一眼，此後雍正便不再容忍，嚴令年“解散黨羽，革麵洗心”。
雍正推行新政的主要內容，有一項就是整頓吏治，打擊貪贓枉法之徒。而年羹堯貪婪、暴取，民怨甚大。這成為雍正打擊他的第三個原因。青海叛亂平定以後，年羹堯在清理軍餉上，大作手腳，不將詳情奏報，專權處理，為自己的不法行徑做掩護，經統計他貪贓受賄、侵蝕錢糧，總計達數百萬兩之多，使國庫在戰亂時一度吃緊。雍正自然不會放過他。
三罪歸一，雍正對年羹堯毫不留情，將其置之於死地，也就不足為怪了。
囚禁隆科多
隆科多作為機密重臣，所作所為更為雍正注意。隆科多在選任官員方麵握有大權，這本身就容易與雍正發生衝突。再加上隆科多專斷攬權，一手遮天，使得雍正開始猜忌他。
和年羹堯一樣，曾被雍正恩寵又稱之為舅舅的隆科多，下場也很悲慘。雍正鐵腕禦臣。隆科多最終被雍正監禁致死，未能善終。
雍正生性多疑，對臣子的一舉一動，都密切注視。隆科多作為機要重臣，所作所為更為雍正注意，隆科多在選任官員方麵握有大權，這本身就容易與雍正發生衝突，再加上隆科多專斷攬權，一手遮天，使得雍正開始猜忌他。在吏部，所有官員對隆科多都“莫敢仰視”，一切公事的處理全由隆科多做主，人們對他經辦的銓選，以其姓佟，專稱“佟選”，可見他的專權。
不僅如此，隆科多有很多方麵因權勢增大而開始不檢點。一次果郡王胤禮進宮，隆科多見了，站起來表示致敬。胤禮未看到，與他同行的領侍衛內大臣馬爾賽告訴了他，他便欠身而過。在康熙時，隆科多見到皇子都是跪一足請安，而這時對雍正的親信弟兄也隻是起立而已。對其他皇子的恭敬之情可想而知了。馬爾賽告訴胤禮隆科多起立致敬，意思是讓胤禮有所表示，以便討好隆科多。這種小事可見隆科多得勢之後的專橫和驕縱。
隆科多比年羹堯聰明之處在於他了解雍正的性格和做事方法，盡管如此他依舊沒有逃出雍正的手掌。
隆科多知道雍正的性格喜怒無常，預料臫的地位不會穩固，因而在許多事情上都留有後手。雍正好抄人之家，隆科多怕輪到自己頭上，早就把聚集的財產分散藏到各親友家和西山的寺廟裏。雍正明察秋毫，這件事不知怎麼又讓他知道了，因此更認定隆科多不守君臣大義。隆科多曾主動提出辭掉其步軍統領的兼職。當時年羹堯尚為雍正所寵信，雍正就這件事情對年羹堯說：“朕並未露一點，連風也不曾吹，是他自己的主意。”又說：“鞏泰近日與舅舅亦不甚親密”，想用他接替隆科多。選擇這樣的人來繼任步軍統領，分明是不讓隆科多再對這個職務發生任何影響。雍正說不是自己要讓隆科多辭職，這完全是欺人之談。隆科多一定是感覺到雍正對自己有所不滿，以辭職爭取主動以便脫身，由此看來隆科多比年羹堯有所克製，更明察事理。但以權謀私、擅作威福又使他同年羹堯一樣逃脫不了雍正的懲治。
在嚴責年羹堯的時候，雍正常常隆、年並提，如同他們同時受恩寵一樣，此時又同時受難。雍正指責隆科多的主要罪過是，隆科多屢參胤禩，意欲置之死地，同時又包庇其黨羽鄂倫岱等人。其居心不良，是要借皇恩籠絡胤禩的黨人，收為自己的黨羽，因此宣布，今後對隆科多“不複信任。”
不久，在懲治年羹堯兒子的同時，也撤消了隆科多次子玉柱的乾清門頭等侍衛、總理侍衛事兼鑾儀使等職。真正處理隆戈多的罪名是包庇年羹堯。這是多麼大的諷刺，當初隆、年二人是雍正強行捏合到一起的，而今又要以此為罪名打擊隆科多。
事情的起因是吏部議處年羹堯妄參陝西驛傳道金南瑛之罪，先後兩個提案，雍正認為前議過輕，後議過重，如此錯亂，雍正推斷必是“舅舅隆科多有意擾亂之故”。雍正以此為契機，削去隆科多太保銜及一等阿達哈哈番世職，並命令他前往阿蘭善山修城墾地。雍正對管理此地的官員宋可進指示“隆科多亦如年羹堯一般貪詐負恩，攬權樹黨，擅作威福”，他現在到達你處，盡管你曾經是他屬下的人員，但“似此誑君背主小人，相見時不須絲毫致敬盡禮。”此時雍正已把隆與年一樣看待了，隻是還沒有時間處理。
四年正月，雍正給了隆科多一次立功贖罪的機會。命其前往阿爾泰嶺，與策妄阿拉布坦議定準噶爾和喀爾喀遊牧地界，事情辦完後，同預計前來的俄國使臣會議劃定兩國邊界之事。雍正許諾，如果隆科多真心實意辦事，想改正從前的過失，一定寬免其罪。事實上，隆科多此行任務完成得非常出色。八月，隆科多做為清朝代表與俄國代表進行談判。不久俄方代表由伯爵四格伴送進京祝賀雍正登基，隆科多留在邊疆等候繼續會談。薩瓦要求俄國商隊和庫爾齊茨基主教隨使團進京，遭到隆科多嚴辭拒絕。第二年五月，薩瓦回到會談地點，隆科多率郡王策淩、四格、兵部侍郎圖理琛與之談判。隆科多為維護國家的領土主權，堅決要求俄國歸還侵占中國的大片蒙古地區。但談判當中，雍正把隆科多召回並逮捕。因為此間隆科多的罪行接二連三地被揭出，惹惱了雍正，首先是刑部在審問隆科多家仆時，得知隆科多接受了年羹堯、總督高世顯、覺羅滿保、巡撫甘國壁、蘇克濟、奉天府程光珠、道員張其仁及知府姚讓等禮物。此事雍正尚能容忍，但不久隆科多私藏“玉牒”底本的事情被揭露出來。玉牒是皇家宗譜，非常神聖，“除宗人府衙門，外人不得私看，雖有公事應看者，應具奏前往，敬捧閱看”隆科多將它私藏在家，犯了大不敬之罪。由於當時隆科多正與俄國談判，許多大臣建議雍正議界完畢再處理隆，雍正不聽，將其召回逮捕，雍正不知此舉讓國家損失了大片疆土，因為隆科多走後，其他代表不能堅持維護國家利益的原則，對俄做了許多讓步，中、俄簽訂了《布邊斯奇條約》。隆科多被召回使俄國獲得了很多利益。
隆科多在談判中堅決維護國家利益，忠於清朝和皇帝，但這一切並沒有贏得雍正的諒解。雍正也沒有兌現當初許下的諾言。抓住私藏“玉牒”一事作文章，懲治隆科多。
十月，在雍正的授意下，眾大臣議定隆科多四十一條大罪。其中大不敬罪五，即私藏玉牒，將康熙所賜禦書貼在廂房，自比諸葛亮等，欺罔罪四條，紊亂朝政罪三項，奸黨罪六條，不法罪七款，貪婪罪十六項。共收受紅寶石一，金八百兩，銀四十九萬七千八百兩。諸王大臣奏請將隆科多立即斬首，雍正沒有準奏。命將隆科多永遠圈禁，禁所設在暢春園附近，大約是說他對康熙有罪，守在園外以思過。其贓銀數十萬兩，於家產中追補。奪其長子嶽興阿一等阿達哈哈番世爵，玉柱發遣黑龍江當差。六年六月，隆科多死於禁所，雍正賜金治喪。
“生殺之權，操之在朕”
隨著政權穩固，雍正認為條件已成熟，實現大權獨攬的時機到了，於是步步緊逼，嚴懲年、隆二人及其黨羽。是為了收回和加強封建君主的權利。
雍正懲治年、隆，其實際目的為了獨攬大權，鞏固自己的統治。在這場權力鬥爭中，雍正曾說過“生殺之權，操之在朕”的話，表明了他真實的意圖。
繼位之初，政權未穩固，情況十分特殊，雍正認為暫時隻能假手於人，加之年、隆二人在繼位鬥爭中確實立有汗馬功勞，於是雍正重用和寵信二人，給予了他們正常情況下臣子不應有的權力。像“年選”、“佟選”，真可與吳三桂的“西選”相比。年羹堯的權力更直追當年的大將軍王胤禵，他還在其職權範圍以外幹涉朝廷和其他官員的職務。他們權力的膨脹，是在皇帝允許的前提下恃功驕恣的結果，雍正本人負有很大的責任，難以辭其咎。所以雍正也不斷自責，說年羹堯之負恩，“殊令朕愧見天下臣工。”後來又說：年羹堯、隆科多“之妄謬，皆由朕之信任太過”，“朕今深恨辨之不早，寵之太過，愧悔交集，竟無辭以謝天下，惟有自咎而已。”在定隆科多之罪時，又諭諸王大臣及內閣、九卿等說：“隆科多忍負皇考及朕高厚之恩，肆行不法，朕既誤加信任於初，又不曾嚴行禁約於繼，今唯有朕身引過而已。”
從另一方麵講，年隆二人不能自我限製，因功高位尊，皇帝寵信而忘乎所以，做出許多超越臣子本分的事，是自己釀成的殺身大禍。
隨著政權穩固，雍正認為條件已成熟，實現大權獨攬的時機到了，於是步步緊逼，嚴懲年、隆二人及其黨羽。是為了收回和加強封建君主的權利。年、隆案中的所謂僭越、狂悖、專擅、欺罔、奸黨等罪，都是指控他們擅權驕縱，明確他們的一部分特權是不應有的，以此儆戒臣下，保證自己大權獨攬。
雍正通過大興年、隆之獄確實做到了這一點，把一切罪過都歸結到年、隆個人身上，清除了專擅的權臣，解散了他們的朋黨，實現了他“一人治天下”的願望。
關於雍正殺年、禁隆之事，社會上流傳著這樣一種看法，即認為二人曾幫助雍正改詔篡位，雍正怕他們把此事傳揚出去，於己不利，故殺之以了卻這樁心事。這種說法很難令人信服，一則沒有任何史料能證明雍正確實是改詔篡位，二人為其幫凶；二則即使雍正是改詔篡位，也不存在他怕二人揭發的問題。年、隆若要自行稱帝，以此要挾雍正，披露真象，也就等於自我暴露，自我倒黴，他們絕不會幹這種蠢事。如果他們要投奔新主子，拿這樁秘密事件作進見禮，但他們又沒有另尋新主的跡象。雍正當時的地位已完全穩固，二人的生殺與奪全憑雍正的喜怒，他們絕不敢有任何異動，雍正完全無須做殺人滅口之事。
總之，在這場權力鬥爭中雍正是根據不同時期的政權狀況采取了不同的策略。加之本人明察秋毫、陰險殘忍。最終完全取得了勝利。鞏固了自己的統治。