在削弱乃至排除內閣與議政王大臣會議參與國家政務的決策權後，皆“總彙”於軍機處，而軍機處則牢牢地控製在雍正之手，如“人之使臂，臂之使指”，一切權力皆由雍正自操，軍機處官員真正成了他的辦事人員，唯雍正之命是從，如雍正所說：“生殺之權，操之自朕。”雍正建立了君主獨裁的政治體製，把封建專製推向了頂峰。比較明清兩代的內閣與軍機處，很明顯，明時內閣，權屬於閣臣，對君權尚有很強的約束力；軍機處雖為政府權力的“總彙”，其權屬君主，故對君權沒有任何約束力，相反，軍機大臣處於層層製約與皇帝的嚴格監視之下，無不小心敬慎，奉公守法。曆代曾屢屢出現的權臣專政，外戚專權，宦官幹政等難以克服的政治弊端，自雍正設軍機處以後，自行根絕。僅此一點，其父聖祖也略為稍遜。聖祖時，猶有鼇拜、明珠、索額圖等人攬權，稍作威福，雖未釀成大禍，也暴露了曆代通常所見的弊端。雍正設軍機處，建立了君主高度專製的運行機製，保證了中央集權，實行了政治上與思想上的“一元化”統治，特別是最高層的統治集團維持了長期的穩定與統一，避免了由此而引起的政治動亂和社會的騷動，給百姓帶來了持久地休養生息，推動社會向著繁榮的方向前進。因此，在當時的曆史條件下，雍正創設軍機處所帶來的始料不到的後果，不無積極意義。
一統八旗
雍正在對管主的使用中，很快發現管主、皇帝及八旗內官員存在著很大矛盾。管旗務的諸王因身份崇高，還影響皇帝對旗民直接統治的權力，而管主又同都統等官員職權難分，往往互相磨擦，不免要常常耽誤公事，於是雍正采取了一係列措施，改革旗內事務。
八旗是清太祖努爾哈赤在統一各女真部落（即後來的滿族）過程中，為了便於管理和征戰而創立的一種全民皆兵的製度。
努爾哈赤非常精明。他把屬於自己的所有兵民分編成八個旗，即正黃旗、鑲黃旗、正紅旗、鑲紅旗、正藍旗、鑲藍旗、正白旗、鑲白旗，而各旗的旗主都由自己的子侄來擔任。旗民在旗主的統轄下，平時耕獵為民，戰時披甲當兵。旗主對下有完全的統治權，對上效忠努爾哈赤。
八旗製度對清朝的創立起過重要作用，但在清太宗皇太極建立“大清”國後，特別是清軍入關以後，它的弊端也日漸顯示出來。因為旗主與旗下有嚴格的主從關係，皇帝如要調發旗下人員，必須通過旗主。旗下隸屬於旗主，同皇帝是間接關係，也就是說旗下有兩個主人，即旗主和皇帝。各旗內親王、貝勒、公是世襲的，他們世代掌管著所在的旗。這樣在對待旗民的統治上，皇帝要直接掌管旗民，加強皇權，旗主要維持對旗下的所有權，因而產生皇權與旗主權的矛盾。在皇太極死後，多爾袞就曾以正白旗旗主的資格，聯合同母弟多鐸所主的鑲白旗，並勾結了兩個黃旗內部的若幹分子，搶奪了清朝的實際政權，先當輔政，後當攝政，終於自稱“皇父”，把順治皇帝當作兒子看待。
多爾袞死後，順治、康熙兩朝皇帝都力圖削弱旗主權力。順治將原多爾袞掌管的正白旗接管過來，加上原來由皇太極掌管的正黃旗、鑲黃旗，形成由“天子自將”的“上三旗”。而上三旗之外的其他五旗，則相對被稱為“下五旗”。康熙統治時期，又派皇子到下五旗中作管主，代替原來的旗主，實際上削弱了旗主的權力。所以雍正以前，八旗旗主勢力逐漸衰微，已無力與皇權抗衡，但是他們還擁有一部分權力，影響著皇權在八旗中的進一步行使。
雍正皇帝繼位之初，承襲康熙皇帝遺策，任用自己的親信、兄弟和王公管理八旗事務，如任用康親王崇安管理正藍旗三旗事務，任用皇十七弟果郡王胤禮管理鑲紅旗事務。雍正皇帝自以為這樣任用親信、兄弟和王公管理八旗事務能平安無事，但他在對管主的使用中，很快發現管主、皇帝及八旗內官員存在著很大矛盾。管旗務的諸王因身份崇高，還影響皇帝對旗民直接統治的權力，而管主又同都統等官員職權難分，往往互相磨擦，不免要常常耽誤公事，於是雍正采取了一係列措施，改革旗內事務：
雍正六年，雍正皇帝當機立斷，減少管主，取消了信郡王德昭、崇安、錫保等人管理旗務的權力。
七年，雍正皇帝任命莊親王胤祿管理鑲白旗滿洲都統事務。
九年，雍正皇帝又改命莊親王胤祿管理正紅旗滿洲都統事務。
十年，雍正皇帝任命平郡王福彭管理鑲藍旗滿洲都統事務。
雍正皇帝任用莊親王胤祿、平郡王福彭是管理都統事務，與管理旗務大不相同。管理旗務，管主是八旗都統的太上皇；對管主，都統得俯首貼耳，唯命是從。而管理都統事務，本身相當於都統，或是兼職都統，即使高於都統，在管理八旗旗民上也高不到哪兒去。都統是八旗的軍政長官。是一種職務，負責掌管八旗的政令施行，戶口的稽查，旗人的教養訓導，官爵的薦任，軍糧器械的征收以及協助皇帝管理旗務。他們由皇帝臨時任命，不能世襲，與所在旗之旗民是官民關係，而不是主從關係。胤祿是雍正皇帝的第十六弟，又以親王的身份管理都統事務，表明皇子、親王在八旗中地位的降低，表明管主被取消。雍正皇帝將旗務的控製權也掌握在自己的手中。
剝奪王公權力
削弱八旗王公與屬下的私屬關係，在雍正初年是有其特殊意義的。雍正皇帝借整頓八旗。收回王公任用屬人的權力，所以這又是他打擊皇帝朋黨的一個重要內容。
到雍正皇帝統治時期為止，清代管理八旗事務人員經曆了三個階段的變化，即從旗主到管主，從管主到宗室貴族管理都統事務。每一次變化，都是旗內主從關係的進一步削弱，旗主不再具有原先的旗內自主卡義，皇帝將它剝奪得一幹二淨了。這三部曲是皇權在八旗內（最主要是下五旗）強化的過程，而雍正皇帝利用宗室貴胄管理都統的辦法，正是八旗（尤其是下五旗）私屬關係的終結。這是八旗製度內皇權、旗主權彼消此長過程的主旋律，圍繞著這一主線，雍正皇帝還采取了許多行之有效的相應措施。
八旗都統，清文為“固山額真”，印信即以此為文。而“額真”在滿語意為“主”的意思。雍正元年給事中碩塞條奏道：“額真二字，所關騰的含義頗深，不是臣下可以隨便使用的。”請求皇帝禁止臣下使用，並另行改名。雍正皇帝欣然接受這一建議，命令將“固山額真”改為“固山昂邦”，意為總管，即漢文的都統；又將“伊都額真”改為“伊都章京”，意為領班。臣下不能稱“主”，天下隻能尊奉一個主人——皇帝，以此而達到正名分、崇君王的目的。“固山額真”，是努爾哈赤建立八旗製度時的老名稱，以後的都統早已不複存在旗主之意，至此，雍正又在文字上加以改變，從意識形態上革除了旗主僅剩的一縷痕跡，從而也標誌旗主權力的實際喪失。
佐領作為八旗基層牛錄的主官，職位雖然不是很高，但地位十分重要。特別是原管佐領（即勳舊佐領），係清朝開國時期率眾歸來的，被編為牛錄；由於佐領在一個家族是世襲的，從而使它永遠掌握這個基層組織。而世管佐領，即早期投入滿洲後金政權的部眾，佐領也是世襲的。這在八旗中，本認為這是天經地義的事情，但是雍正皇帝於四年下令：對於世襲佐領中年幼的、愚昧的、年老體弱不能辦事的，隻給其佐領俸祿、世管佐領的世襲罔替。這樣雍正皇帝對八旗各級主人下手，褫奪了他們的統治權。
對於八旗王公與屬下的關係，雍正皇帝作了一係列規定。雍正元年，雍正皇帝禁止王公在所屬佐領內濫派差役，隻允許王公挑選人員充任護衛、典儀、親軍等，不許兼管家務；若用作內務府的包衣官職，或命令跟隨子侄，都要陳列名單，向皇帝請旨，並且要通知該旗都統，由都統複奏皇上。如果王公屬下犯罪，王公要奏請皇上，交由刑部處理。雍正皇帝還特別強調道：“不請旨，是絕對不行的。”從而剝奪了王公對屬下的任意使用權和處罰權。二年，雍正皇帝又下令，不允許下五旗王公聽信讒言，將屬下妄加殘害，或借端送到刑部治罪；若有這樣的事情發生，則將這些被害者撤離原主門下。同時還規定：王公屬下有被問罪發遣的，不允許發配到該王公打牲處所，免得他們發生聯係，私自回到該王公門上。政府懲治王公屬下，不容許原主包庇；王公迫害屬下，政府又不容其肆惡。一言以蔽之，就是不允許王公與屬下有不正常的關係。
雍正皇帝還對王公所擁有的護軍、領催、馬甲等下屬人數進行限製。雍正二年，雍正皇帝下令：親王隻能擁有護軍、領催四十名，馬甲一百六十名；郡王隻能擁有護軍、領催三十名，馬甲一百二十名；貝勒為護軍、領催六十名，馬甲八十名；貝子為護軍、領催十六名，馬甲六十四名；鎮國公為護軍、領催十二名，馬甲四十八名；輔國公護軍、領催八名，馬甲三十二名。這些都比以前的數目減少了。同年，雍正皇帝還下令：諸王所屬佐領，凡是移出諸王所屬之旗，其佐領內一切人員不得再與舊主往來，否則從重治罪。如果說前麵幾點在於限製王公同現在所屬人員的關係的話，那麼這最後一點則是限製王公同舊部的關係，使王公對他們不能發揮影響。
雍正皇帝還特地對王公敲詐勒索下屬進行了一係列規定。元年，雍正皇帝發布命令：五旗諸王不體恤門下人在外省做司道府縣官的，向他們分別索取，或者縱容門下管事人員肆意貪求，允許該等官員向皇帝密奏揭發。雍正二年，皇帝發現星尼公爵向屬人王承勳勒取幾千兩銀子，為此特發上諭，他說，星尼不過是一個公爵，王承勳不過州縣官而已，居然勒索這麼多銀子；如果主人是王府，屬人是地方大員，則不知要多少了。皇帝特別就此事警告王公，如果不以此為戒，改正過錯，一定將五旗王府的佐領下人一起裁撤，永世不再啟用。雍正十一年，太原知府劉崇元告發他的佐領李永安，說他在回北京時，李永安到他家索去銀子一百二十兩，還有馬匹和衣物；以後，李永安又派人到他任所勒索，索取騾頭、潞綢，還要白銀三二百兩。雍正皇帝大怒，下令對李永安嚴行查處。
削弱八旗王公與屬下的私屬關係，在雍正初年是有其特殊意義的。雍正皇帝在嚴禁諸王濫用役使屬人時說：早年諸王對屬下還知道加恩撫恤，而朕的兄弟分給包衣佐領的人很少，但是差役繁多，這樣造成極壞的影響，其餘王公都紛紛仿效他們。雍正皇帝把他的諸兄弟視為濫役屬人的罪魁禍首，借此整頓八旗，收回王公任用屬人的權力，所以這又是他打擊皇帝朋黨的一個重要內容。雍正皇帝把嚴禁王公勒索屬下，納入了清查錢糧、打擊貪贓、肅清吏治的措施之中。他指責王公的勒逼造成旗下官員的貪贓枉法：“旗下官員為應付王公的勒逼而竭盡其力，不能做到潔身自好；而許多官員虧空公帑，犯罪免職者都多出於此。”由此可見雍正皇帝在繼位之初，急急忙忙地改革旗務，同打擊朋黨、整整吏治緊密結合、息息相關。
雍正的“獨”字謀略
雍正繼位之初，政權很不穩固，他在諸王大臣中的威信也不高，要想剔除前朝積弊，在政治上出現一個嶄新的局麵，他必須樹立自己的絕對權威。為此，雍正毫不手軟地懲治了一切與朋黨有牽連的王公大臣。
雍正具有剛毅果斷的性格。他常常教誨臣下，辦事要拿定主意，不能瞻前顧後，遊移不決，莫衷一是。如雍正五年，雍正在浙閩總督高其倬的奏折上寫了一段很長的文字，批評他優柔寡斷：
觀汝辦理諸務，必先將兩邊情理論一精詳，周圍弊效講一透徹，方欲興此一利，而又慮彼一害，甫欲除彼一害，而又不忍棄此一利，翼轉遊移，毫無定見。若是則天下無可辦之事矣。夫人之處世如行路，然斷不能自始至終盡遇坦途順境，既無風雨困頓，又無山川險阻，所以古人多詠行路難，蓋大有寓意存焉。凡舉一事，他人之擾亂沮撓已不可當，何堪自複猶豫疑難，百端交集，如蠶吐絲，以縛其身耶！世間事，要當審擇一是處，力行之，其餘利害是非，概弗左盼右顧，一切擾亂沮撓，不為纖毫搖動，操此堅耐不拔之誌以往，庶幾有成。及事成後，害者利矣，非者是矣。無知沮撓之輩，不屏自息矣。今汝則不然，一味優柔不斷，依違莫決，朕甚憂汝不克勝任，有關國家用人之得失也，奈何！奈何！
這一朱批貫穿了反對優柔寡斷思想，表明雍正主張辦事不怕艱難，不顧阻撓，認準了就幹。
他的這一性格，表現在政治上就是決策果斷。對一件事情的利弊，一旦有所把握，就做出裁決，即如山東巡撫黃炳創議實行攤丁入糧，他認為時機不成熟，不準許，數月後李維鈞又提出來，促使他進一步思考這一問題，及至議出實施辦法，立即決策施行。又如山西巡撫諾岷倡議火耗歸公，遭到廷臣的強烈反對，他表示支持。朝臣沒法，退了一步，希望先作試行，雍正講可行就行，試什麼，於是全麵推行。拖泥帶水，顛三倒四，猶豫不決，和他的性格不相容。他辦起事來，說幹就幹，幹就像幹的樣子。如他為推行新政策和整頓吏治，大批的罷黜不稱職官員和破格引進人材。別人批評他“進人太驟，退人太速”，也毫不顧恤。這種堅毅性格，才便於衝破反對勢力的阻撓，堅定地實施他的政策。凡是做開了的事情，他就堅持下去，力求達到目的，所以他的重大的社會政策都沒有改變。
有人批評雍正，“性高傲而又猜忌，自以為天下事無不知無不能者”。有人指斥他“以黑為白”，“群臣莫能矯其非”，“為人自聖”。還有人把雍正說成是獨斷專行、剛愎自用的暴君、獨夫。昕不得不同意見，不能采納臣下的建議。這樣說並不完全符合事實。雍正常對許多問題的決策，事先同有關官員商討，就中他進行考慮，吸收眾人的意見。前述在朱批奏折中討論政事，已說明了這一點。他對於有些事情中的錯誤也是樂於承認的。年羹堯的事情發生之後，他在多種場合表示自己識人不準，用人不當。兩廣總督孔毓珣因與年羹堯有往來而引罪，雍正則說：“朕無識人之明，誤寵匪類，正自引咎不暇，何顏複株連無辜。”認錯的態度是誠懇的。再如四年九月甘肅巡撫石文焯建議在該地開爐鑄造製錢，以便禁絕私錢，雍正朱批不允，不久，在石文焯的十一月的一份奏折的批示就改變了態度，他寫道：“禁止私錢一事，果如所議，錢法既清，而民用亦裕，區畫甚屬妥協。彼時朕慮未周詳，故諭暫緩，今已準部議矣。”老老實實承認自己原來考慮不周全，很自然地把事情改過來。雍正對他的納諫問題向大臣作過表白：“朕非文過飾非之人。人非聖賢，熟能無過。爾等果能指摘朕過，騰心甚喜。君子之過也如日月之食，人皆見之，及其更也，人皆仰之。改過是天下第一等好事，有何係吝！”把他完全看成是文過飾非、剛愎自用的人，與事實不合。
和這種“獨夫”性格密切相關的，是雍正以“一人治天下”的思想。雍正繼位之初，政權很不穩固，他在諸王大臣中的威信也不高，要想剔除前朝積弊，在政治上出現一個嶄新的局麵，他必須樹立自己的絕對權威。
為此，雍正毫不手軟地懲治了一切與朋黨有牽連的王公大臣。雍正是從朋黨鬥爭中過來的，深知它的禍國亂家的危害。他曾說：“朕在藩邸四十餘年，凡臣下之結黨懷奸，夤緣請托，欺罔蒙蔽，陽奉陰違，假公濟私，麵從背非，種種惡劣之習，皆朕所深知灼見。”雍正當然力圖改變這種狀況。他有一個最有力的法寶，就是充分使用君主的法定權力，並以軍臣大義名分來要求和製馭臣下。為了讓臣下們認識到朋黨的危害，同時也為了從道義上孤立對手，雍正二年七月，雍正宣布了他親書的《朋黨論》，並要求臣下對這篇文告“洗心滌慮，詳玩熟體”，為此特諭諸王貝勒滿漢文武大臣，他說：
朕即位後，於初禦門聽政日，即麵諭諸王文武大臣，諄諄以朋黨為戒，今一年以來，此風猶未盡除。聖祖仁皇帝亦時以朋黨訓誡廷臣，俱不能仰體聖心，每分別門戶，彼此傾陷，分為兩三黨，各有私人，一時無知之流，不入於此，即入於彼。朕在藩邸時，黽勉獨立，深以朋黨為戒，不入其內，從不示恩，亦無結怨，設若朕當年在朋黨之內，今日何顏對諸臣降此諭旨乎?……
夫朋友亦五倫之一，往來交際，原所不廢，但投分相好，止可施於平日，至於朝廷公事，則宜秉公持正，不可稍涉黨援之私。朕今《禦製朋黨論》一篇頒示，爾等須洗心滌慮，詳玩熟體。如自信素不預朋黨者，則當益加勉勵，如或不能自保，則當痛改前非，務期君臣一德一心，同好惡，公是非，斷不可存門戶之見。……
朕之用人加恩，容有未當之處，或不能保其將來，至於治人以罪，無不詳慎。……夫朕用一人，而非其黨者嫉之，罰一人，是其黨者庇之，使榮辱不關於賞罰，則國法安在乎！嗣後朋黨之習，務期盡除。爾等須捫心自問，不可陽奉陰違，以致欺君罔上，悖理違天。毋謂朕恩寬大，罪不加眾，倘自幹國法，萬不能寬。
《禦製朋黨論》集中地體現了他“一人治天下”的君主專製思想：
朕惟天尊地卑，而君臣之分定。為人臣者，義當惟知有君，惟知有君則其情固結不可解，而能與君同好惡，夫是之謂一德一心而上下交。乃有心懷二三，不能與君同好惡，以至於上下之情睽，而尊卑之分逆，則皆朋黨之習為之害也。
夫人君之好惡，惟求其至公而已矣。……人臣乃敢溺私心，樹朋黨，各徇其好惡以為是非，至使人君懲偏聽之生奸，謂反不如獨見之公也，朋黨之罪，可勝誅乎?……
宋歐陽修朋黨論創為邪說，日君子以同道為朋。夫罔上行私，安得謂道?修之所謂道，亦小人之道耳，自有此論，而小人之為朋者，皆得假同道之名，以濟其同利之實，朕以為君子無朋，惟小人則有之，且如修之論，將使終其黨者，則為君子，解散而不終於黨者，反為小人乎?朋黨之風至於流極而不可挽，實修階之厲也。設修在今日而為此論，朕必誅之以正其惑世之罪。
朕願滿漢文武大小諸臣，合為一心，共竭忠悃，與君同其好惡之公，恪遵大易論語之明訓，而盡去其朋比黨援之積習，庶肅然有以凜尊卑之分，歡然有以洽上下之情。虞廷賡歌颺拜，明良喜起之休風，豈不再見於今日哉！
雍正在文中強調，人臣應以君主的是非為是非，若敢於私樹朋黨，各自按照自己小集團的利益去判定是非，那就是“罔上行私”，犯了背叛君主的不忠之罪。他還說，人臣結黨，譏訕朝政，擾亂了君主的視聽，而朋黨之間互相攻擊，則幹預了君主用人去人的權柄。總之，朋黨幹擾了朝政，妨礙君權的充分發揮，所以他說：“朋黨之惡，可勝誅乎?”對朋黨惡習，可謂深惡痛絕。
清除科甲朋黨
雍正打擊蔡、李、謝等人，實際上是有意識地以此事作為打擊朋黨的開端，他是要借此來整飭吏治和改變官風。
雍正在其統治的第四年，完成了兩個大規模的反對朋黨的鬥爭，徹底整垮了胤禩集團、年羹堯集團。這兩個鬥爭結束後不久，又出現了直隸總督李紱彈劾河南巡撫田文鏡的案子，引出了第三次打擊朋黨的事件，即反對科甲官員朋黨的鬥爭。