“科甲”朋黨，是指在科舉和官場中形成的座主與門生以及同年關係而結成的朋黨。這種朋黨，在封建社會中由來已久，其影響很深很重。清朝建立以後，也繼續奉行科舉取士製度，因此“科甲”朋黨也很快隨之產生。早在順治帝當政時，就曾命吏部揭榜，申令“不許投拜為門生”，以“永絕朋黨之禍”。在康熙統治的晚年，朋黨之風愈演愈烈，其中很重要的一個方麵就是“科甲”朋黨的盛行。康熙說：朕當政四十多年，以爾諸臣的保奏中可以看出，你們都是各為自己的黨。他在五十五年九月諭大學士、九卿、詹事、科道等官時還說：“九卿及督撫提鎮內，居官貪婪，行止不端者，亦或有之。科道官員，即當從公參劾，乃或因係某大臣保舉，或因係某大臣門生故舊，彼此瞻徇情麵，並不題參。……”可見，因門生故舊而互相朋比黨援，是朋黨的一個重要方麵。朋黨，會敗壞吏治，損害君權，是專製君主所不能容忍的。
雍正在藩邸多年，直待四十五歲才繼位，對於康熙末年包括“科甲”朋黨在內的朋黨橫行的局麵，他是十分了解的。正如他後來所說：“朕在藩邸四十餘年，凡臣下之結黨懷奸，夤緣請托，欺罔蒙蔽，陰奉陽違，假公濟私，麵從背非，種種惡劣之習，皆朕所深知灼見。”特別是在雍正登基前，胤禩、胤禵在與他爭奪皇儲位置時，都以崇尚仁愛和禮賢下士相標榜，竭力籠絡一些科舉出身的官員和著名學者，以抬高自己的聲價。他們的這一招也的確有效，當康熙廢太子時，滿朝官員都傾心於胤禩，其中的漢人官僚絕大多數是科舉出身，胤禩的主張仁義，也深得士人之心。這些情況，必然造成雍正對科甲人的隱恨，從而在他以後對科甲人的政策中表現出來。
雍正元年正月，雍正剛繼位不久，諭誡大學士等說：國家培養人才，首先重視翰林學士，這些人必須品行端方，小心謹慎，方才不愧做官人的聲譽。聽說有些僥幸之徒，平日結黨營私，一到科舉考試的年份，就互相拉關係，求人照顧推薦，遇到不願觸犯法紀的謹慎之人，不肯與他們通同作弊，反倒製造流言蜚語，一起排斥打擊。因此他命令大學士張鵬翮，尚書田從典、徐元夢，左都禦史朱軾，侍郎張伯行、李紱，會同掌院學士，將翰林院、詹事府等官中不安本分、玷汙官吏應有品德的人查出，勒令其罷官回鄉，不得留情。
三年六月，長蘆巡鹽禦史莽鵠立上折陳奏，請求禁止官員投拜為門生。他說：
臣見鑽營附勢之徒，廣通聲氣，投拜門生，未中者遇科場則求關節，已仕者遇計典則圖薦舉，且有素不相睦，一拜師生，遂成膠漆，求分說情，每至以直為曲，徧徇庇護，罔顧法紀。
有無厭之輩，一遇門生升授外職，老師、世兄以及同年故舊，或親行探望，或差人索取，名曰“抽豐”。在門生情不能卻，送往迎來，周旋應接，非剝削民脂，即挪移正項，窮員虧空，從此漸多，倘稍為拒卻，人皆鄙笑，指為刻薄寡情。
莽鵠立的這一奏章，指斥了科舉製下形成的帥生問的不良風氣，以及官場的一種嚴重陋習，即原來並無師生關係的官員間，下級要拜朝中權貴為老師，以求得蔭庇和提攜。他還指出，一些官員的挪移虧空和盤剝民眾，其重要原因之一就是應付老師、同年的打抽豐。這樣就把反對“科甲”朋黨和雍正的整飭吏治和清理虧空聯係起來了。所以雍正看到後非常高興，批示說：“師生黨比之風，朕所深惡，此奏甚屬得理，與朕意合。”立即命九卿會議，采納莽鵠立的建議，嚴禁朝內外官員投拜為門生和打“抽豐”。
田文鏡字抑光，漢軍正藍旗人，他沒有考取過進士，二十二歲時，以監生出任福建長樂縣的縣丞，從此開始了政治生涯。終康熙之世，即他六十一歲以前，始終未擔任過什麼顯要官職，也沒有什麼重大業績。直到雍正繼位之後，他才開始受到重用，先是署理山西布政使，雍正二年正月調任河南布政使，八月署理河南巡撫，十二月正式受任此項職務，從此一直留在河南。田文鏡不入朋黨，沒有也不可能有師生、同年的援引，惟知感激雍正的識拔，忠心耿耿，力圖報效。他長期擔任地方小吏，老成練達，為政務實，治尚嚴刻，不避權貴，雷厲風行，因而獲得雍正的特殊寵信。
田文鏡到河南後執法甚嚴，二年中受他彈劾罷任的下屬官吏即達二十二人之多。他把師生朋比看作是弊端，因而對屬下科甲出身的官吏並不特殊禮遇，而是嚴格以他們所任官職的責任要求他們，稍不合意的就彈劾罷免，故史書說他“尤惡科舉儒緩，小忤意輒劾罷。”雍正三年十一月，他題參信陽州知州黃振國，說他“狂悖貪劣，實出異常”。第二年正月，他又秘密參奏汝寧府知府張玢，說他“浮而不實，漸加放縱”。同時又參奏息縣知縣邵言綸“任櫃書銀匠朦官作弊，重等收糧”，固始縣知縣汪誠“向鹽商借貸，至用十四兩小秤發賣私鹽”，陳州知州蔡維翰“怠惰偷安，並不清查保甲，盜案累累，亦不比緝”。黃振國、張玢、邵言綸、汪誠，都是康熙四十八年的進士。他接連參劾這樣多科甲出身官員，有些人遂聯係到田文鏡不許師生夤緣等主張，又以他不是科甲出身，因而就傳言他無端排斥士人，“不容讀書之人在豫省做官”，還說他想殺黃振國以滅口。事情也真湊巧，也是四十八年進士的廣西巡撫李紱，因奉調為直隸總督，於雍正四年三月間赴任路過河南，他聽到這種傳言後，就於田文鏡出迎時，當麵責問他：為什麼“有意蹂踐讀書人”。李紱到京後，於雍正召對時。即麵奏田文鏡負國殃民，說他所參劾的屬吏黃振國、邵言綸、汪諴等皆受冤蒙屈。雍正認真聽取，至午夜方罷。隨後，李紱又接連上疏參劾田文鏡，說他“性情僻暗，信用僉邪，賢否倒置”。李紱還說田文鏡把黃振國害死在獄中，以圖殺人滅口，因懇求雍正處理，以使“公道彰而人心勸”。
李紱字巨來，江西臨川人，年青時孤貧好學，讀書過目成誦，康熙四十八年中進士。曾任庶吉士、翰林院編修、內閣學士、左都副禦史等職。康熙六十年任會試副考官時，因發生落第舉子鬧事被彈劾，罷官，待罪於永定河工地。雍正在藩邸時，就聽說其“才品操守，為滿漢中所少”，因此繼位不久就複了他的官，讓他以侍郎銜管理戶部三庫，一個來月後就補授戶部左侍郎，不久又讓他兼兵部右侍郎，以後就出任督撫。當他就任直隸總督陛見時，雍正特別賜宴內庭，並賞他四團龍馬褂，五爪龍袍，賜其“畿輔旬宣膺重寄，扶風節鉞選名臣”的對聯。雍正在談到他與李紱的關係時，總說“爾不由旁人薦舉，為朕所特用之人”，“爾實非他人可比”，“汝之出處與眾不同”，並特別稱讚他“誠然不黨者李紱也”。因此，李紱參劾田文鏡的奏折，在當時是很有份量的。
雍正對田文鏡的為人深信不疑，但據李紱所參，又怕他受了屬員張球的欺騙，因此就將李紱的奏折截頭去尾，發與田文鏡看，要他審查張球。告誡田文鏡不要“護短”和“偏信”，在此案中，田文鏡已處於不利地位。老練的田文鏡為了反守為攻，上密折說此次事件，實在是由“科甲”朋黨所釀成，其大意是：一、參折內指斥張球為“市井無賴”，可知此人必為進士出身。邵言綸和汪誠都是己醜進士，或許和此人是同年。二、邵、汪之案發生於四年正月二十日，如果二人真有冤抑之處，此人早該具折參奏，不需要等到四月黃振國解送來京審訊時才具奏。黃振國也是己醜進士，所以此人表麵上是為邵、汪辯冤，暗地裏卻是要擾亂黃案的審訊，想以此證明臣所參奏的屬員都沒有事實根據。三、皇上屢次頒布特旨，要求解散朋黨，而此人這種照顧袒護同年，懷著私心、捏造事實參奏，就是私結朋黨的行為。現在捐納買官的辦法已經停止，將來科甲出身的官員會日益增多。如果他們這樣懷私挾詐，朋比為奸，今後遇到科甲官員貪汙苟且，各省的督撫大臣也都不敢題參了。雍正十分憎惡“科甲”朋黨，所以對田文鏡的話非常重視，並引起了他對新的朋黨問題的注意。於是雍正通過朱批奏折說田文鏡奏的很對，“浮言嘖嘖，朕亦聞之，此風何可滋長。”但他還不相信田文鏡一麵之詞，決心把事情弄個水落石出，於六月派遣刑部侍郎海壽、工部侍郎史貽直為欽差大臣，到河南審理黃振國等案。海壽等查明張球貪婪不法，證明田文鏡袒護張球，但對全案作出有利於田的審斷。欽差承審中，河南管河道佟鎮向欽差揭發田文鏡信用的道員陳世任。佟鎮是隆科多親屬，而隆又說過汪諴是好官，被參受冤抑。雍正早知道年羹堯、隆科多對田文鏡不滿，又見佟鎮以揭發陳世任為名反對田文鏡，遂聯係到隆科多，懷疑彈劾田文鏡是朋黨活動。欽差到河南，證實黃振國並沒有被田文鏡害死，而黃振國原是兵部尚書蔡珽在四川巡撫任內的屬員，大計被參革，由於蔡珽的推薦才得任知州，李紱聽傳聞為他叫屈，使雍正想到李紱與蔡珽的密切關係，懷疑他們搞朋黨，害怕再出現年、隆專擅的局麵。因此在田文鏡承認受張球欺騙的錯誤後，決心支持他，特地賜給風羊、荔枝，使河南“通省臣民驚為異數”，田文鏡也就在羞愧中振作起來，繼續貫徹雍正的方針政策。與此同時，李紱還在攻詰田文鏡，就袒護同年的說法為自己辯護，雍正討厭他的置辯，謂為“喋喋之辭，而見輕於朕”，加以申飭，並將他調離直隸總督要缺，改任工部侍郎。
翰林院檢討陳學海跟隨海壽、史貽直赴河南審查，不同意欽差的意見，回京後向浙江道監察禦史謝濟世說明了自己的看法，想上奏，又膽怯，謝濟世遂以“濟世”為己任，於四年十二月上疏劾奏田文鏡，“營私負國、貪虐不法十罪。”雍正把他的奏章擲還，即不讓他參劾，他卻堅持，雍正大怒，說他所奏內容，與李紱的完全相同，顯然是受人指使，“公然結為大黨，擾亂國政，顛倒是非”，為了嚴懲這種結黨排陷傾害的惡習，將謝濟世革職，發往阿爾泰軍前效力贖罪。
雍正認為謝濟世是受了李紱的指使，就把李、田互控案推向深入。他要查清李紱與謝濟世關係，命令廣西提督、署巡撫事韓良輔調查謝濟世在其家鄉的行止，了解李紱巡撫任內同謝的關係。韓沒有查出把柄，雍正仍不作罷，就以李紱在廣西、直隸任內事把他革職。七年，謝濟世在阿爾泰軍營承認參劾田文鏡是受李紱、蔡珽的支使，雍正就把李紱投入監獄。蔡珽降調之後，在川撫任上受知府程如絲之賄案發，又審出他袒護黃振國在川監斃二命、枷斃二命及杖斃一命的情罪，連及謝濟世事，雍正命把他判斬刑，監候處決，黃振國斬立決，張球絞監候。以後，乾隆即位，李紱恢複官籍，蔡珽獲釋。李、蔡一方受到了沉重打擊。雍正對田文鏡迭加升賞，五年，特授他為河南總督，加兵部尚書銜。田文鏡原籍正藍旗，抬入上三旗。六年升任河南山東總督，七年加太子太保，八年兼北河總督。田文鏡取得了完全的勝利。
李紱與田文鏡都是雍正的寵臣。雍正在李紱二年十二月初四日的奏折上批道：“汝與田文鏡二人，實難辜負朕恩也”。李紱在康熙末年待罪於永定河工地，雍正登極，立即給他侍郎銜管理戶部三庫，逾月補戶部左侍郎，再逾月又兼兵部右侍郎，以後任督撫，當他就任直隸總督陛見時，賜宴內庭，賞四團龍褂、五爪龍袍，賜對聯日：“畿輔旬宣膺重寄，扶風節鉞選名臣”。雍正談他同李紱的關係，總說“爾乃不由旁人薦舉，為朕所特用之人”，“爾實非他人可比”，“汝之出處與眾不同”，並特別稱讚他：“誠然不黨者李紱也”。兩個親信相爭，雍正開始想加調和，對挑起爭端的李紱說：過處在你，不在田文鏡，你不應當辯解了。但事態的發展，尤其是謝濟世的參預，使雍正肯定李紱和蔡珽搞了個科目人朋黨，從而注定了他們的慘敗。雍正打擊蔡、李、謝等人，實際上是有意識地以此事作為打擊朋黨的開端，他是要借此來整飭吏治和改變官風。
打擊科甲朋黨的真正原因
雍正認為：科甲出身的人營私作弊，還不如用非科甲出身的人，因為前者狡詐隱秘，互相袒護，不易識破，而後者即使作弊也容易暴露出來。所以他表示一定要把官場中科甲人的“唐宋元明積染之習，盡行洗滌”。
謝濟世參劾田文鏡的事件，引起了雍正對科甲人結黨問題的重視，因此在處置謝濟世後，他就以“科甲”朋黨事，曉諭漢人中科舉出身的官員。他說，“你們這些漢人，出於同年和師生的關係，結黨成風。平時緊密地聯結在一起，有事時就互相袒護，拉關係，求人情，違背公家的利益，包庇私人。這種壞風氣，已愈來愈嚴重。”他嚴厲警告說，本朝選拔賢能不止一個來源，不像明朝以任用科目出身的人為唯一途徑，如果科目出身的人徇私結黨，互相排擠傾陷，一定要擾亂國政，肆行無忌，那麼“朕為紀綱法度，風俗人心之計，豈肯容若輩朋比妄行！必致盡斥科目而後已”，“即有議朕為不重科目者，朕亦有所不恤。”這裏，他明確提出了反對“科甲”朋黨的重大任務，並表示了不惜廢除科舉取士製度的堅強決心。雍正為什麼如此痛恨“科甲”朋黨呢?雍正認為：科甲出身的人營私作弊，還不如用非科甲出身的人，因為前者狡詐隱秘，互相袒護，不易識破，而後者即使作弊也容易暴露出來。所以他表示一定要把官場中科甲人的“唐宋元明積染之習，盡行洗滌”。雍正深知乎甲人的朋比黨援，是唐宋以來的千年積習，為害甚大，不清除不得了，因而再一次強調了反對“科甲”朋黨的任務。
由於雍正深知科甲習氣的巨大危害，因此他在用人時，特別注意其是否有這種陋習，並且在密折中時時以此警誡大臣。雍正六年十一月，他在廣東布政使王士俊的奏折上批示說：“第一滌除科甲袒護之習為要務！”雍正七年一月。在福建巡撫劉世明的折上朱批說：“趙國麟一片忠誠，人品端方，但恐不免科甲向來習氣，當留心細看。”同年二月給廣東巡撫傅泰的諭旨說：“陶正中、於其珣恐蹈科甲陋習，當留心試用。”同月楊鯉奏折朱批：“王驀乃一幹員，但慮其科甲習氣未除，……”同年四月給趙國麟的諭旨：“盡力屏去科甲朋比、因循委靡、袒護沽譽諸陋習，朕所教誨指示者，隻此一語而已。”
為了懲治科甲陋習，雍正采取了擒賊先擒王的辦法，有意識地打擊科目領袖。懲治李紱是一明顯例子，壓抑打擊吏部尚書、雲貴總督管雲南巡撫事楊名時，則是又一典型事例。
楊名時，江南江陰人，為理學家李光地的得意門生，康熙三十年進士，在讀書人中享有很高聲望。他曆任翰林院檢討，順天學政、直隸巡撫、貴州布政使、雲南巡撫等職。雍正在給雲貴總督鄂爾泰的朱諭中，稱其為“有名人物，漢人領袖”，說自李光地等死後，海內如楊名時這樣的人已經很少了。朕今懲治科甲惡習，他挺身而出充當領袖，依仗他曆來的聲望，一定會因其素有包庇同黨的積習，違抗朕的旨意，即使張廷玉、朱軾等現任大學士，也都因為他是前輩而敬服和尊重他，因此若不懲治他，“惡習萬不能革”。
雍正四年，楊名時在寫題本時，誤將密諭寫入，遭到雍正嚴厲譴責。雍正五年閏三月撤銷他的職務，命他暫署雲南巡撫事務。這時楊名時奏請用鹽務盈餘銀兩修浚洱海河道，雍正對此大加責難，說他即將離任之時，才有這種請求，是為了給自己在地方上留下一個好名聲；他提出請求時不用秘密的折本，而用不保密的題本，是想要使人人皆知，以博取讚譽；他不願把好事留給後任，隻為自己沽名，所以他“但知有己而不知有人，並且不知有君，尚得（麵+見）顏自命為讀書人乎?”雍正還說，他既想討好地方，就命他自己出資修理洱海河道，他死後，就讓其子孫繼續承辦，使天下的人都知道沽名釣譽之徒不但自己一身獲罪，而且還會連累子孫。
同年秋天，新任雲南巡撫朱綱參奏楊名時任內虧空錢糧倉穀，雍正說虧空應當是布政使常德壽的事情，但楊名時對他不加彈劾，是樂於自負其責任，就勒令他賠償，而不與常德壽相幹。還責備他“存心卑鄙，無恥之極”，隻知道諂媚地方上的官民，而對於民生之好壞，吏治的得失，全不過問：又一味袒護科甲出身之人，顛倒是非，在任七年僅參一個進士出身之知縣，這是“隻圖一己之虛名，而不知綱常之大義。”
次年正月，雍正令楊名時進京，並為此特諭地方官民，在楊的行程中，“應相率而賤辱之”，不許以禮接待，不許為他嗚不平，不許造作謗語、揭帖。“倘仍有為其盅惑，而禮貌附合之者”，命雲貴總督鄂爾泰查拿究治。可見，雍正是蓄意要打擊楊名時，借以壓抑科甲出身的官吏。
雍正為了防止科目人壟斷仕途並堵塞“科甲”朋黨所由產生的途徑，還采取了以下三方麵的組織措施：
大開捐納之門，以捐納人員與科目人員並用。雍正五年六月，他頒發上諭說，近來科目出身的官員中，不但有許多因循苟且的人，而且貪贓枉法的人也不少，至於師友同年之間拉關係，求人情的風氣，更是到處都有，牢不可破。如果做官的盡是科目之人，那麼他們彼此勾結，損公營私，對於國計民生的危害就非常大。“古聖人立賢無方，各途皆有可用之才”，因此，今後除道、府、同知等大官不準捐納，其餘通判、知州、知縣及州同、縣丞等官都應準許捐納。
改變科道、吏部官專用科目出身者的舊例。清朝舊例，給事中、禦史和吏部司官，都是從科甲出身的人中選任。雍正認為這樣容易產生科甲黨援的弊病，而不能收用人的良好效果，因而下令改變這一辦法。經王公大臣們議定，今後凡這些官員出缺，不一定非從科甲出身者中選拔，而應不論科甲、貢（生）臨（生），但擇其中勤繁練達、立心正地的人補充。
規定師生回避和科甲陋習徇庇處分等條例。在封建時代，曆朝對官員的任用都有許多的規則，但從來沒有過師生回避的條例。雍正七年，禦史閻綋提出了外任回避的各種條款，雍正因而命令知府、知縣若為師生，自應回避，司道以下誼關師生者應申報督撫，督撫中有者應報吏部備案，以便於監督。隨後，吏部又定出師生陋習徇庇處分條例，規定若師生饋送徇庇，道府對州縣失查，督撫、兩司對道府失查，都要加以議處。雍正希望通過這些製度和措施，能夠收到防止科甲官員結黨營私的流弊。
雍正懲治科目，一再指責科甲惡習，除了朋比黨援以外，還有許多重要內容，雍正認為朋比黨援，徇私廢公，擾亂朝政；寬仁善柔，沽名釣譽，不務實政；因循苟且，不思進取，政務廢馳等都是科甲出身官員的惡習。而雍正是一個力圖革新康熙末年廢弛的政治，“振數百年的頹風”的君主，為此他主張興利除弊，反對因循苟且；強調忠君，反對朋黨；主張為政務實，反對沽名釣譽；主張政尚嚴猛，反對為政寬仁。科甲朋黨的種種習氣，和他的政治思想正好針鋒相對，兩者猶如水火，是完全不相容的。所以，雍正在雍正七年十月說：“朕早夜孜孜，欲使萬民各得其所，措天下於長治久安，何事不加整頓厘飭，務令秩然就理，豈容爾等科甲中黨援積習，為世道民生之害，而不望其翕然丕變乎?”在這裏雍正把反對科甲朋黨的惡習同他施政的目標和方針之間的關係，說得非常明確了。科甲朋黨惡習是他貫徹其政治綱領的大敵，這就是雍正所以要不遺餘力地打擊科甲朋黨的真正原因和實質。